[發明專利]基于多肽結構性指標預測新抗原的方法

在審

• 申請號: 202110696098.9
• 申請日: 2021-06-23
• 公開（公告）號: CN113533741A
• 公開（公告）日: 2021-10-22
• 發明（設計）人: 萬季;李東;汪健;趙釗;潘有東;王弈
• 申請（專利權）人: 深圳市新合生物醫療科技有限公司
• 主分類號: G01N33/68
• 分類號: G01N33/68;G16B30/00
• 代理公司: 北京冠和權律師事務所 11399
• 代理人: 田春龍

1.基于多肽結構性指標預測新抗原的方法，其特征在于，包括以下步驟：

S01，獲取樣品測序數據；

S02，識別樣品體細胞變異；

S03，樣品變異過濾；

S04，翻譯變異序列為蛋白質；

S05，蛋白片段分割，并過濾人類正常蛋白質組中多肽；

S06，預測蛋白片段結構；

S07，計算相應多肽結構性指標；

S08，篩選新抗原。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，S01中，對腫瘤樣品以及正常對照樣品進行DNA測序，獲取樣品測序數據，樣本測序數據中包括多個重疊或部分重疊的短讀序列。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其特征在于，S01中，獲取腫瘤樣品不小于500X深度測序數據以及正常對照200X深度測序數據；

和/或，S01中，采用全外顯子測序或者Panel捕獲測序。

4.根據權利要求1-3任一所述的方法，其特征在于，S02中，包括以下步驟：

S21，將腫瘤樣品以及正常對照樣品測序數據分別比對到參考基因組，定位短讀序列在參考基因組上面的位置；

S22，對比對結果文件進行去除PCR重復處理；

S23，識別樣品細胞變異；

優選地，還包括對樣品測序數據進行過濾，去除低質量以及包含有接頭或測序引物序列的reads，以及對比對結果進行堿基質量校正。

5.根據權利要求1-4任一所述的方法，其特征在于，S03中，包括以下步驟：

S31，過濾掉可信度較差的變異；

S32，根據注釋結果過濾位于基因間區和內含子的變異以及同義變異；

優選地，所述可信度較差的變異包括變異支持reads數較少、同時出現在正常對照樣品中的變異。

6.根據權利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，S04中，在過濾后能產生蛋白質序列變化的變異結果中，根據基因組突變信息以及注釋信息，構建突變轉錄本并根據翻譯規則進行翻譯，得到突變蛋白質序列。

7.根據權利要求1-6任一所述的方法，其特征在于，其特征在于，S05中，將得到的蛋白序列分割成長度為9～12的Kmer，并過濾人類正常蛋白質組中多肽。

8.根據權利要求1-7任一所述的方法，其特征在于，S06中，利用軟件pep-fold將分割后的蛋白質序列輸入，根據相應算法，可以得到該多肽的三級結構圖以及蛋白質三維結構數據文件。

9.根據權利要求1-8任一所述的方法，其特征在于，S07中，利用Gromacs軟件得到結構性指標的結果文件，通過分析，篩選出具有免疫原性的多肽。

10.根據權利要求1-9任一所述的方法，其特征在于，S08中，包括以下步驟：

S81，利用RMSF對多肽進行初步篩選；

S82，再利用SASA進行進一步的篩選；

優選地，篩選SASA的差值在0.2到1nm²之間的多肽。