[發明專利]梨品種特異性分子標記及其篩選方法和應用

有效

• 申請號: 202110694322.0
• 申請日: 2021-06-22
• 公開（公告）號: CN113355445B
• 公開（公告）日: 2022-09-27
• 發明（設計）人: 毛偉;張英杰;吳永興;厲龍飛;龐薇;劉帥;鐘醒宇
• 申請（專利權）人: 山東大豐園農業有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6809;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京知企鴻蒙專利代理事務所(普通合伙) 11692
• 代理人: 劉帥帥

本發明公開了12個梨品種特異性分子標記及其篩選方法和應用，包括下列步驟：（1）取葉片提取基因組DNA；（2）按照簡化基因組測序技術Super?GBS方法構建文庫，文庫質檢合格后上機測序；（3）對測序數據進行過濾后，使用GATK獲得SNP位點，并對SNP進行過濾，以提高SNP的準確性；（4）根據每個品種的分型結果篩選12個梨品種中至少有一個品種與其他品種不同的位點；（5）根據上述篩選策略，最終篩選到4479個鑒定12個梨品種的SNP位點，在這些SNP位點當中，根據每個位點能夠區分梨品種的類別可以組合出幾千組能夠高效鑒別12個梨品種的SNP位點標記群；（6）基于這些位點標記開發出兩種簡便、快速、可靠鑒定12個梨品種的方法，為確保科研部門、苗木繁育和果園種植企業準確識別、控制梨品種奠定技術基礎。

技術領域

本發明涉及12個梨品種特異性分子標記及其篩選方法和應用，屬于生物技術領域。

背景技術

梨為薔薇科(Rosaceae)梨亞科(Pomaceae)梨屬(Pyrus L.)植物，是我國主栽果樹之一，栽培面積和產量僅次于蘋果。我國是世界梨的三大起源中心之一，也是梨生產第一大國，產量占全球總量的65％。梨屬植物分為歐洲種群、地中海種群、中亞種群、東亞種群四大種群。秋子梨系統、西洋梨系統、白梨系統、砂梨系統是目前梨樹的主要栽培品種。梨品種選育歷史較長，目前在我國常見的品種有100多個，品種多、結構不合理，品種更新速度慢；良種苗木繁育體系不健全，苗木質量缺乏保障，梨園管理多采用傳統模式，省力化栽培管理技術研發及應用不足是我國梨發展的制約因素。近年來，隨著國外優良品種和栽培技術的引進，以及分子輔助育種技術應用，新優品種和栽培管理模式正在逐步進入和替代傳統育種、繁育和種植模式。

本發明中的12個梨品種選自近年來我國主要梨種植產區推廣的新優品種，性狀優良，品質高端，占據梨產品的高端市場，是品種繁育部門和企業果園生產的主流產品。因此對這些品種品系的準確識別鑒定，對科研部門新品種選育、資源苗圃建立、企業苗木繁育銷售、果園苗木種植生產等環節具有重大意義。

發明內容

本發明提供12個梨品種的特異性分子標記位點及其篩選方法和應用，共篩選到4479個品種特異性的SNP標記，基于這些標記開發出兩種簡便、快速、可靠鑒定12個梨品種的方法，為從源頭上準確控制梨品種奠定技術基礎。

本發明采用下述技術方案予以實現：

提供一種利用簡化基因組測序技術Super-GBS篩選12個梨品種的特異性分子標記的方法，包括如下步驟：

(1)利用品種已知且準確的秋月梨、黃金梨、皇冠、早酥、錦豐、新梨7號、玉露香、香梨、華金、豊水、JUMBO新高和幸水梨品種為樣品，取葉片提取基因組DNA；

(2)按照簡化基因組測序技術Super-GBS方法構建文庫，文庫質檢合格后上機測序；

(3)對測序數據進行過濾后，使用GATK獲得SNP位點；

(4)對SNP進行過濾，過濾條件為：SNP測序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位點；剔除SNP分型缺失率高于20％的位點；剔除所有樣品中分型一致的位點；

(5)根據每個品種的分型結果，篩選每個品種內所有個體分型完全一致、分型一致位點沒有個體缺失，且與其他品種不同的位點；最終篩選到4479個SNP位點，具體見表1；

(6)利用4479個SNP位點或者其中的部分SNP位點構建進化樹和聚類分析。

表1中，表頭部分的數字1-12分別表示的品種是秋月梨、豊水、JUMBO新高、幸水、黃金梨、皇冠、早酥、錦豐、新梨7號、玉露香、香梨、華金。

其次，本發明提供一種利用PCR方法鑒定12個梨品種的方法，包括如下步驟：

(1)從表1的SNP位點中篩選幾個SNP位點組合成能夠鑒定12個梨品種的位點群；