[發明專利]一種用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記及應用在審
| 申請號： | 202110687624.5 | 申請日： | 2021-06-21 |
| 公開（公告）號： | CN113293218A | 公開（公告）日： | 2021-08-24 |
| 發明（設計）人： | 張世勇;陳校輝;鐘立強;王明華;劉洪巖;邵俊杰;邊文冀 | 申請（專利權）人： | 江蘇省淡水水產研究所 |
| 主分類號： | C12Q1/6888 | 分類號： | C12Q1/6888;C12N15/11 |
| 代理公司： | 江蘇德善律師事務所 32488 | 代理人： | 趙鵬 |
| 地址： | 210017 *** | 國省代碼： | 江蘇;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 用于 選擇 斑點 叉尾鮰 增重 性狀 snp 分子 標記 應用 | ||
1.用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記，其特征在于：位于
2.如權利要求1所述的用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記，其特征在于：第一個SNPs標記位于20號染色體的第14 657 971個堿基處，突變類型為C/G，命名為g.20.14657971 CT，其核苷酸序列如序列SEQ ID NO .1所示；和/或，
第二個SNPs標記位于20號染色體的第14 658 012個堿基處，突變類型為C/T，命名為g.20. 14658012 CG，其核苷酸序列如序列SEQ ID NO .2所示。
3.如權利要求2所述的用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記，其特征在于：所述第一個SNPs標記的序列第11位堿基Y是C或T，所述第二個SNPs標記的序列第11位堿基S是C或G。
4.如權利要求1-3任一項所述的用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記，其特征在于：SNP位點的基因型為TG和/或CC型。
5.權利要求1-3任一項所述的用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記的篩選方法，其特征在于：包括以下步驟，
1) 提取待測魚樣本的DNA，構建斑點叉尾鮰基因組重測序文庫，在BGISEQ-500測序平臺上對所有文庫進行PE150雙端測序；
2) 獲得待測魚樣本的每月增重量；
3) 測序數據過濾與SNPs分型：測序的原始數據經過濾和質控后，與斑點叉尾鮰參考基因組比對，使用GATK軟件檢測SNPs，ANNOVAR軟件注釋捕獲到的變異，VCFtools軟件確定遺傳變異的遺傳位置；
4) 生長性狀全基因組關聯分析：使用SNP Variation Suit v8.5.0軟件的單位點混合線性模型GWAS（EMMAX）進行增重性狀的全基因組關聯分析，獲得目標SNP分子標記。
6.如權利要求5所述的用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記的篩選方法，其特征在于：將獲得的所述目標SNP分子標記使用SHEsis軟件進行連鎖分析。
7.權利要求1-3任一項所述的用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記的應用。
8.如權利要求7所述的用于選擇斑點叉尾鮰增重性狀的SNP分子標記的應用，其特征在于：用于斑點叉尾鮰分子標記輔助育種，選擇具有增重優勢的個體作為苗種繁育的親本。
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