[發(fā)明專利]參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法、存儲介質(zhì)、電子設備

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110662956.8
• 申請日: 2021-06-15
• 公開（公告）號: CN113393903A
• 公開（公告）日: 2021-09-14
• 發(fā)明（設計）人: 戚良
• 申請（專利權）人: 上海君誼生物科技有限公司
• 主分類號: G16B50/00
• 分類號: G16B50/00;G16B20/20;G16B20/50
• 代理公司: 上海隆天律師事務所 31282
• 代理人: 鐘宗

1.一種參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法，其特征在于，包括如下步驟：

S2、獲取公共數(shù)據(jù)庫中的SNP位點信息,對SNP位點進行篩選，得到導致編碼氨基酸改變的SNP位點列表；

S3、在SNP位點列表中根據(jù)樣品的蛋白豐度篩選出表達量高的蛋白質(zhì)的SNP位點；

S4、生成篩選后的SNP位點列表對應的可遺傳變異肽，將所述可遺傳變異肽加入公共蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的參考蛋白質(zhì)序列，以生成基于樣品的參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，所述參考蛋白數(shù)據(jù)庫包含所述可遺傳變異肽。

2.根據(jù)權利要求1所述的參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法，其特征在于所述步驟S2包括如下步驟：

S201、獲取公共數(shù)據(jù)庫的SNP位點信息；

S202、對所述公共數(shù)據(jù)庫的SNP位點信息進行篩選，得到導致編碼氨基酸改變的SNP位點列表。

3.根據(jù)權利要求2所述的參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法，其特征在于所述步驟S2還包括如下步驟：篩選人群突變頻率大于等于預設閾值的SNP位點，所述人群突變頻率包括次要等位基因頻率或人群頻率。

4.根據(jù)權利要求3所述的參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法，其特征在于所述步驟S2還包括如下步驟：所述預設閾值為0.005至0.5中的任意數(shù)。

5.根據(jù)權利要求1所述的參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法，其特征在于所述步驟S3包括如下步驟：

S301、對樣品質(zhì)譜數(shù)據(jù)進行常規(guī)蛋白質(zhì)組學分析得到蛋白定量信息；

S302、根據(jù)蛋白定量信息，計算每個蛋白的總表達量，按表達量進行篩選，以得到基于樣品的易被檢測到的蛋白列表；

S303、根據(jù)所述蛋白列表對SNP位點列表進行篩選，僅保留所述蛋白列表中對應蛋白的SNP位點信息。

6.根據(jù)權利要求1所述的參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法，其特征在于所述步驟S4包括如下步驟：

S401、對篩選出的SNP位點列表，利用對樣品處理所用的酶，對SNP位點的原始蛋白質(zhì)序列和突變后的蛋白質(zhì)序列進行理論酶切，比較獲得兩者特異性的肽段，以生成可遺傳變異肽；

S402、下載公共蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的參考蛋白質(zhì)序列，將不在參考蛋白質(zhì)序列中的可遺傳變異肽添加到參考蛋白質(zhì)序列中，以生成所述參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。

7.根據(jù)權利要求1至6中任意一項所述的參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法，其特征在于所述步驟S4包括如下步驟：

將所有所述可遺傳變異肽匯集為可遺傳變異肽列表，所述可遺傳變異肽列表中包括所述可遺傳變異肽對應的SNP位點。

8.一種參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫,所述參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫通過所述權利要求1至6中任意一項所述參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法構建得到。

9.一種基于蛋白質(zhì)組學測定SNP位點的方法，使用通過所述權利要求7所述的參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法構建得到參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫以及可遺傳變異肽列表，其特征在于，包括如下步驟：

S1、對樣品進行蛋白質(zhì)提取，用質(zhì)譜儀進行蛋白質(zhì)組學檢測，采集質(zhì)譜數(shù)據(jù)；

S5、將所述質(zhì)譜數(shù)據(jù)在所述參考蛋白序列數(shù)據(jù)庫中進行搜庫，得到匹配的肽段圖譜對應的樣品肽段列表；

S6、將樣品肽段列表與所述可遺傳變異肽列表進行對比，以根據(jù)所述可遺傳變異肽得到所述樣品包含的SNP位點。

10.一種電子設備，其特征在于，包括：

處理器；以及

存儲器，用于存儲所述處理器的可執(zhí)行指令；

其中，所述處理器配置為經(jīng)由執(zhí)行所述可執(zhí)行指令來執(zhí)行權利要求1至7中任意一項所述參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法。

11.一種計算機可讀存儲介質(zhì)，其上存儲有計算機程序，其特征在于，所述計算機程序被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)權利要求1至7中任意一項所述參考蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的構建方法。