[發明專利]基于FXR的何首烏中肝毒性化合物的快速篩選方法有效

申請號：	202110654754.9	申請日：	2021-06-11
公開（公告）號：	CN113380344B	公開（公告）日：	2023-09-19
發明（設計）人：	汪祺;馬雙成;文海若;李勇;楊建波;于建東;姚令文	申請（專利權）人：	中國食品藥品檢定研究院
主分類號：	G16C20/64	分類號：	G16C20/64;G16C20/30;G16C20/90;G16C20/20;G16C20/50;G16C10/00;G16B15/30;G16B50/30
代理公司：	北京悅和知識產權代理有限公司 11714	代理人：	司麗春
地址：	100050***	國省代碼：	北京;11
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摘要：
搜索關鍵詞：	基于 fxr 何首烏毒性化合物快速篩選方法
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【權利要求書】：

1.一種基于計算機分子對接技術的何首烏中肝毒性化合物的篩選方法，其包括以下步驟：(1)獲得何首烏中至少一種待檢化合物的三維化學結構；(2)獲得法尼醇X受體的蛋白晶體結構，并確定法尼醇X受體的活性位點；(3)將所述待檢化合物和具有法尼醇X受體抑制效應的陽性化合物分別與所述活性位點進行計算機分子對接，獲得對接打分；(4)所述待檢化合物判定為肝毒性化合物的條件是：所述待檢化合物的對接打分達到對接判定值。

2.根據權利要求1所述的方法，步驟(1)還包括對所述待檢化合物進行預處理的步驟，所述預處理包括三維結構生成、結構優化、和/或刪除重復結構；步驟(2)還包括所述蛋白晶體結構進行預處理的步驟，所述預處理包括結構優化、和/或質子化。

3.根據權利要求2所述的方法，采用Discovery?Studio2.5軟件對所述待檢化合物的化學結構和蛋白晶體結構進行預處理。

4.根據權利要求2所述的方法，步驟(2)中所述蛋白晶體結構是PDB數據庫中編號為1OSV、分辨率為的蛋白晶體結構。

5.根據權利要求1所述的方法，步驟(2)中所述活性位點根據FXR抑制劑結合位點Tyr366、Tyr358、Ser329和His444定義。

6.根據權利要求5所述的方法，步驟(2)中所述活性位點定義為：半徑為位點的三維坐標位置為8.084294，36.617749，22.334710。

7.根據權利要求1所述的方法，步驟(3)中所述計算機分子對接采用LibDock軟件。

8.根據權利要求1所述的方法，步驟(4)中所述對接判定值為陽性化合物對接打分的至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％或至少90％。

9.根據權利要求1所述的方法，所述陽性化合物是DY268或甘氨酸-β-多酚酸。

10.根據權利要求1所述的方法，當所述陽性化合物是DY268時，所述對接判定值為陽性化合物對接打分的至少80％。

11.根據權利要求1所述的方法，當所述陽性化合物是DY268時，所述對接判定值為陽性化合物對接打分的至少85％。

12.根據權利要求1所述的方法，當所述陽性化合物是DY268時，所述對接判定值為陽性化合物對接打分的至少90％。

13.根據權利要求1所述的方法，當采用LibDock軟件進行分子對接且所述陽性化合物是DY268時，所述待檢化合物判定為肝毒性化合物的條件是：所述待檢化合物的對接打分達到至少110或至少124。