[發(fā)明專利]一種基于鐵死亡水平評價膠質母細胞瘤患者免疫治療反應性的系統(tǒng)及分析方法

在審

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• 申請日: 2021-06-08
• 公開（公告）號: CN113421613A
• 公開（公告）日: 2021-09-21
• 發(fā)明（設計）人: 劉天奇;朱晨;陳新;程文;吳安華
• 申請（專利權）人: 吳安華
• 主分類號: G16B40/00
• 分類號: G16B40/00;G16B15/30;G16B25/00;G16B50/30;G16H10/20;G16H50/20;G16H70/40;C12Q1/6869
• 代理公司: 大連星海專利事務所有限公司 21208
• 代理人: 郭海英

1.一種基于鐵死亡水平評價膠質母細胞瘤患者免疫治療反應性的系統(tǒng)，它包括輸入模塊、分析模塊和輸出模塊，其特征在于，

所述輸入模塊用于輸入待測樣本的轉錄組測序數(shù)據(jù)；

所述分析模塊以待測樣本的鐵死亡特征性基因集的基因表達數(shù)據(jù)為輸入，采用ssGSEA算法計算待測樣本的鐵死亡評分，并將待測樣本的鐵死亡評分與對照值進行比較，以大于或小于對照值確定待測樣本的免疫治療反應性和是否具有免疫抑制性微環(huán)境；

所述輸出模塊用于輸出待測樣本的免疫治療反應性和是否具有免疫抑制性微環(huán)境的結果；

所述鐵死亡特征性基因集包含ACSL1、ACSL3、ACSL4、ACSL5、ACSL6、ALOX15、ATG5、ATG7、CP、CYBB、FTH1、FTL、FTMT、GCLC、GCLM、GPX4、GSS、HMOX1、LPCAT3、MAP1LC3A、MAP1LC3B、MAP1LC3C、NCOA4、PCBP1、PCBP2、PRNP、SAT1、SAT2、SLC11A2、SLC39A14、SLC39A8、SLC3A2、SLC40A1、SLC7A11、STEAP3、TF、TFRC、TP53、VDAC2和VDAC3。

2.一種基于鐵死亡水平評價膠質母細胞瘤患者免疫治療反應性的分析方法，其特征在于，包含以下步驟：

e）收集膠質母細胞瘤患者的組織樣本，對組織塊進行轉錄組測序；

f）輸入轉錄組測序數(shù)據(jù)，通過ssGSEA算法基于鐵死亡特征性基因集計算膠質母細胞瘤患者的鐵死亡評分；

g）將步驟f得到的膠質母細胞瘤患者的鐵死亡評分與對照值進行比較，如果高于對照值，確定該膠質母細胞瘤患者具有免疫抑制性微環(huán)境，對免疫調控點靶向治療反應性差，如果低于對照值，確定該膠質母細胞瘤患者的免疫微環(huán)境為激活狀態(tài)，對免疫調控點靶向治療敏感；

所述鐵死亡特征性基因集包含ACSL1、ACSL3、ACSL4、ACSL5、ACSL6、ALOX15、ATG5、ATG7、CP、CYBB、FTH1、FTL、FTMT、GCLC、GCLM、GPX4、GSS、HMOX1、LPCAT3、MAP1LC3A、MAP1LC3B、MAP1LC3C、NCOA4、PCBP1、PCBP2、PRNP、SAT1、SAT2、SLC11A2、SLC39A14、SLC39A8、SLC3A2、SLC40A1、SLC7A11、STEAP3、TF、TFRC、TP53、VDAC2和VDAC3。

3.根據(jù)權利要求1所述的一種基于鐵死亡水平評價膠質母細胞瘤患者免疫治療反應性的系統(tǒng)或根據(jù)要求2所述的一種基于鐵死亡水平評價膠質母細胞瘤患者免疫治療反應性的分析方法，其特征在于，所述對照值采用以下步驟確定：

a）獲取樣本數(shù)據(jù)集，以CGGA、TCGA、GSE6011和Rembrandt四個膠質瘤數(shù)據(jù)庫的1750例數(shù)據(jù)作為樣本數(shù)據(jù)集，所述1750例數(shù)據(jù)包含每例樣本的基因表達數(shù)據(jù)；

b）計算鐵死亡評分，以樣本數(shù)據(jù)集的鐵死亡特征性基因集的基因表達數(shù)據(jù)為輸入，用ssGSEA算法計算步驟a中每例樣本的鐵死亡評分；

c）確定對照值，計算步驟b中所有膠質母細胞瘤患者鐵死亡評分的中位值作為對照值。