[發明專利]與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP及其特異性引物和應用

有效

• 申請號: 202110607899.3
• 申請日: 2021-06-01
• 公開（公告）號: CN113215299B
• 公開（公告）日: 2022-09-27
• 發明（設計）人: 曹亞從;王立浩;于海龍;程鋒;張寶璽;張正海;張亢;陳姝敏;張偉麗;景雅欣
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院蔬菜花卉研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京法信智言知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 11737
• 代理人: 尹超群

本發明涉及分子標記領域，具體涉及與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP及其特異性引物和應用。本發明通過對311份一年生辣椒材料進行全基因組關聯分析，找到了位于6號染色體上與控制辣椒素含量顯著相關的SNP位點，并確定了候選基因Capana06g001204，在此基因上有1個與辣椒素含量顯著關聯的SNP位點，設計了相關CAPS引物加以應用。本研究利用大樣本量進行關聯分析，使得SNP相關分子標記具有更廣泛的應用范圍。

技術領域

本發明涉及分子標記領域，具體涉及與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP及其特異性引物和應用。

背景技術

辣椒果實辣味的形成由于辣椒素類物質的合成，辣椒素類物質含量在辣椒中呈現出數量性狀遺傳，前人報道辣椒素類物質含量定位到了較多的數量性狀位點(Quantitativetrait locus,QTL)，Yarnes等(2012)將辣椒素類物質含量定位到了6個染色體上的12個QTL位點；Ben Chaim等(2006)將其定位到4號染色體；Blum等通過BSA(Bulkedsegregant analysis)將一個主效QTL定位到7號染色體，Zhu等(2019)也在7號染色體定位到了控制辣椒素類物質含量的主效QTL，并確定了候選基因Pun3，此基因為轉錄因子MYB31；Nimmakayala等(2016)利用94份辣椒材料，通過全基因組關聯分析(Genome wideassociated study,GWAS)，找到了14個與辣椒素和二氫辣椒素含量顯著關聯的SNPs；Lee等(2016)將辣椒素含量的QTL位點定位到3號和6號染色體，將二氫辣椒素含量的QTL位點定位到2號染色體。通過前人的報道可知，辣椒素類物質含量的遺傳比較復雜，在不同的遺傳背景下有很大的差異，在多個染色體多個區段均有控制相關性狀的基因，對于此遺傳性狀相關基因及分子標記的利用需要結合不同的遺傳背景。

發明內容

本發明的目的是提供與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP的應用。

本發明的再一目的是提供與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP的特異性引物。

本發明的再一目的提供上述與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP的特異性引物的應用。

本發明的再一目的提供鑒定辣椒果實辣椒素含量的方法。

本發明提供了與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP的應用，其中，在染色體22820065bp位點處的堿基為T時，則辣椒素含量小于2000mg/kg；此處堿基為C時，則辣椒素的含量大于2000mg/kg。

根據本發明的與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP的特異性引物的核苷酸序列為：

前引物為F：5’CCTTCTGCTTAGGAGAGACACGACA3’，后引物為R：5’CCCACATTCTGCCTTTGCCATGAAT3’。

本發明提供了上述特異性引物的應用，所述特異性引物用于鑒定辣椒果實的辣椒素含量。

本發明提供了鑒定辣椒果實的辣椒素含量的方法，所述方法包括使用與控制辣椒果實辣椒素含量緊密連鎖SNP的特異性引物進行PCR鑒定的步驟，所述特異性引物的核苷酸序列為：

前引物為F：5’CCTTCTGCTTAGGAGAGACACGACA3’，后引物為R：5’CCCACATTCTGCCTTTGCCATGAAT3’。

根據本發明的鑒定辣椒果實的辣椒素含量的方法，其中，PCR擴增產物為140bp，PCR產物經SspI酶切產物，所述SNP位點為堿基T時，可以酶切開，酶切產物經呈現2條條帶，則辣椒素小于2000mg/kg；SNP位點為變異類型堿基，即為C時，不能酶切開，酶切產物經瓊脂糖凝膠電泳呈現1條條帶，辣椒素的含量大于2000mg/kg。