[發明專利]一種使用DNA特征序列鑒定植物的方法

有效

• 申請號: 202110607746.9
• 申請日: 2021-06-01
• 公開（公告）號: CN113322340B
• 公開（公告）日: 2022-09-27
• 發明（設計）人: 袁媛;華中一;蔣超;黃璐琦
• 申請（專利權）人: 中國中醫科學院中藥研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 閆書寧

1.一種輔助鑒定待測藥用植物物種的方法，為檢測待測藥用植物的葉綠體基因組中是否含有目標物種的DSS或其反向互補序列，進行如下判斷：如果待測藥用植物的葉綠體基因組中含有目標物種的DSS或其反向互補序列，則待測藥用植物的物種為或疑似為目標物種；如果待測藥用植物的葉綠體基因組中不含有目標物種的DSS或其反向互補序列，則待測藥用植物的物種不為或疑似不為目標物種；

所述目標物種的DSS為長度為20-100bp、目標物種的核酸序列中存在且非目標物種的核酸序列中不存在的核酸序列片段；

獲得目標物種的DSS的步驟依次如下：

(1)從數據庫下載或大量數據中分析獲取若干個藥用植物物種的葉綠體基因組序列；

(2)針對同一藥用植物物種，從每個藥用植物個體的葉綠體基因組序列上的每個位點開始截取長度為40bp的序列片段；將所有個體產生的片段合并，進行100％相似度聚類，保留在所有個體中出現的序列片段，命名為藥用植物物種的序列片段組合；

(3)將若干個藥用植物物種的序列片段組合合并，進行100％相似度聚類；如果某藥用植物物種的某序列片段與其他藥用植物物種的序列片段組合中的任一序列片段無法聚類，則該序列片段為該物種的DSS；

(4)每個藥用植物物種制備三種高通量數據集，分別為通用背景數據集、近緣物種數據集和物種數據集；其中通用背景數據集和近緣物種數據集來自于非目標物種；通用背景數據集包含來自常見作物、水果、蔬菜的測序序列的數據集；近緣物種數據集包含來自同屬其他藥用植物測序序列的數據集；物種數據集為來自本物種測序序列的數據集；檢測步驟(3)獲得的該物種的DSS是否存在于通用背景數據集、近緣物種數據集和物種數據集中，如果該物種的DSS存在于物種數據集中且不存在于通用背景數據集和近緣物種數據集中，則該物種的DSS為目標物種的可靠DSS；

所述檢測待測藥用植物的葉綠體基因組中是否含有目標物種的DSS或其反向互補序列的方法為A1)或A2)：

A1)根據目標物種的DSS在葉綠體基因組中的位置合成上游引物和下游引物組成的特異引物對，之后采用特異引物對對待測藥用植物的葉綠體基因組進行PCR擴增，得到PCR擴增產物；測序；

A2)直接測序。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于：所述目標物種為白術。

3.如權利要求2所述的方法，其特征在于：所述白術的DSS為DSS1、DSS2、DSS3、DSS4或DSS5；

DSS1的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；

DSS2的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示；

DSS3的核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示；

DSS4的核苷酸序列如SEQ ID NO:10所示；

DSS5的核苷酸序列如SEQ ID NO:13所示。

4.如權利要求3所述的方法，其特征在于：

檢測DSS1的特異引物對為引物對1，由SEQ ID NO:2所示的單鏈DNA分子和SEQ ID NO:3所示的單鏈DNA分子組成；

檢測DSS2的特異引物對為引物對2，由SEQ ID NO:5所示的單鏈DNA分子和SEQ ID NO:6所示的單鏈DNA分子組成；

檢測DSS3的特異引物對為引物對3，由SEQ ID NO:8所示的單鏈DNA分子和SEQ ID NO:9所示的單鏈DNA分子組成；

檢測DSS4的特異引物對為引物對4，由SEQ ID NO:11所示的單鏈DNA分子和SEQ ID NO:12所示的單鏈DNA分子組成；

檢測DSS5的特異引物對為引物對5，由SEQ ID NO:14所示的單鏈DNA分子和SEQ ID NO:15所示的單鏈DNA分子組成。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于：所述目標物種為人參。