[發明專利]一種用于鑒定椰子高矮品種的SNP位點及應用

有效

• 申請號: 202110607720.4
• 申請日: 2021-06-01
• 公開（公告）號: CN113215298B
• 公開（公告）日: 2022-04-15
• 發明（設計）人: 羅杰;王守創;楊君;郭昊;劉賢青;龍湍;孫麗松
• 申請（專利權）人: 海南大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 成都方圓聿聯專利代理事務所(普通合伙) 51241
• 代理人: 李鵬

本發明公開了一種用于鑒定椰子高矮品種的SNP位點及應用，本發明發現椰子Cn.GA20ox基因上游啟動子序列的一個多態性位點與椰子株高表型存在緊密關聯，通過檢測這個多態性位點可以高效鑒定高矮椰子品種，本發明還公開了高矮椰子品種分子水平的鑒定方法，通過提取椰子基因組DNA，以提取得到的DNA為模板，設計基于SNP的KASP(Kompetitive Allele Specific PCR，競爭性等位基因特異性PCR)引物，和通用反向引物一起進行PCR擴增目的片段，利用熒光探針可實現SNP的分型，從而達到高效精準鑒定高矮椰子品種的目的。

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種用于鑒定椰子高矮品種的SNP位點及應用。

背景技術

椰子(Cocos nucifera L.)為棕櫚科椰子屬植物，為重要的熱帶木本油料作物，具有極高的經濟價值，全株各部分都有用途：椰肉可榨油、生食、作菜，也可制成椰奶、椰蓉、椰絲、椰子醬罐頭和椰子糖、餅干，椰子水可作清涼飲料，椰纖維可制毛刷、地毯、纜繩等，椰殼可制成各種工藝品、高級活性炭，樹干可作建筑材料，葉子可蓋屋頂或編織，椰子樹形優美，是熱帶地區綠化美化環境的優良樹種，椰子根可入藥，椰子水除飲用外，因含有生長物質，是組織培養的良好促進劑。

椰子分為高種椰子和矮種椰子，其中高種椰子是世界上種植量最大的商品性椰子。高種椰子植株高15-30米，基部膨大，異株授粉，7-8年開始結果，含油率高，經濟壽命長達70-80年。矮種椰子按果實和葉片顏色分為紅矮、黃矮和綠矮三類。植株高約5-15米，自花授粉，3-4年開始結果，果小而多，椰肉薄、軟，含油率低，經濟壽命30-40年，主要作水果、雜交親本和觀賞用。我國椰子種植已有2000多年的歷史，從上世紀50年代就開始有少量引進，在80年代后大量引種，并在中國熱帶農業科學院椰子研究所建立了椰子種質圃。現椰子種植主要在海南省的文昌縣、瓊海市、萬寧縣、陵水縣、三亞市等,廣東上川與下川島、云南西雙版納、廣西北海、臺灣南部等地也有零星種植。目前我國椰子種植面積為50萬畝，年產椰果2.43億個，加工需求量卻超過25億個果實，所以我國椰子產業發展在很大程度上依賴進口提供。

株高是椰子育種最重要的農藝性狀之一，直接決定椰子的產量。目前椰子育種主要采用傳統育種方式，存在周期長、效率低等缺點，基于SNP的分子標記育種可以在DNA水平上進行快速篩選，顯著提高椰子高矮的鑒定效率和準確度，并且可以在椰子苗期鑒定出具有優良性狀的個體，從而縮短育種周期，加快育種進程。由此發現用于鑒定椰子高矮品種的SNP位點，提高了篩選效果就成本亟待解決的問題。

發明內容

本發明所要解決的技術問題為：如何提供一種高效準確鑒定椰子高矮品種的SNP位點及其應用。

本發明的技術方案為：椰子高矮性狀相關單核苷酸多態性SNP位點，位于椰子Cn.GA20ox基因啟動子上游，定位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列的第382位，該位點堿基由T/C，此位點的多態性與株高性狀顯著關聯。

上述所述的SNP位點在椰子高矮性狀選育上的應用。

進一步地，提取待鑒定椰子基因組DNA，以提取得到的基因組DNA為模板，設計基于該SNP的KASP正向引物F1、F2和通用反向引物R一起進行PCR擴增目的片段，利用熒光探針實現SNP的分型，當基因型為TT時為高種椰子品種，當基因型為CC時為矮種椰子品種。

進一步地，KASP正向引物F1的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，KASP正向引物F2的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，KASP通用反向引物R的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

進一步地，所述正向引物F1前端為FAM標記，正向引物F2前端為HEX標記。

與現有技術相比，本發明具有以下有益效果：