[發明專利]一種SNP分型檢測方法

有效

• 申請號: 202110594294.5
• 申請日: 2021-05-28
• 公開（公告）號: CN113215223B
• 公開（公告）日: 2022-10-18
• 發明（設計）人: 周巍;何沛中;丁巽;汪旭;徐皖星
• 申請（專利權）人: 生捷科技（杭州）有限公司;生捷科技（嘉興）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6837
• 分類號: C12Q1/6837;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京市漢坤律師事務所 11602
• 代理人: 張琳琳;吳麗麗

本公開提供了SNP分型檢測方法，包括：(I)使待測DNA與基因芯片雜交，基因芯片上固定有磷酸化的芯片探針，芯片探針朝外的5’端最后一個堿基為U堿基，芯片探針中緊鄰U堿基下游3’方向的序列與待測DNA中緊鄰SNP位點上游5’方向的序列反向互補，SNP位點與U堿基的位置相對應；(II)加入隨機引物或特異性引物、dNTP和DNA聚合酶，合成與待測DNA中緊鄰SNP位點下游3’方向的序列反向互補的序列；(III)加入能夠催化U堿基切割的酶和能夠催化AP位點的3’和5’端磷酸二酯鍵斷裂的酶，在U堿基的位置處產生核苷酸缺口；(IV)加入DNA聚合酶和DNA連接酶，以及帶有生物標記物的dATP、dTTP、dCTP、dGTP、dUTP中的一種或多種；(V)針對所述生物標記物對基因芯片進行檢測，以確定SNP位點的基因型。

技術領域

本公開提供了一種SNP分型檢測方法。

背景技術

單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，SNP)是在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性，即DNA序列中單個堿基的差別。在自然界中，SNP廣泛存在，對于SNP的檢測分析在藥物研制、臨床檢驗和基因突變診斷等方面具有重要意義。

目前的SNP檢測方法大致可以分為兩大類：一大類是基于凝膠電泳的傳統經典的SNP檢測方法，以單鏈構象多態性、變性梯度凝膠電泳、酶切擴增多態性序列、等位基因特異性PCR等為代表；另一大類是高通量、自動化程度較高的SNP檢測方法，以直接測序、基因芯片、變性高效液相色譜、質譜檢測技術、高分辨率溶解曲線等為代表。

基因芯片技術是半導體工業技術里的微細加工技術和分子生物學的結合，在一個基片表面集成了大量密集排列的基因探針。利用基因芯片的SNP檢測方法根據已知的SNP位點設計兩種或者多種探針，將設計好的探針固定在特殊的載體上，基于雜交、引物延伸、連接等不同的方式實現對SNP位點的分型檢測。該方法實現了快速、高效、并行的多態信息分析，是常用的一種高通量SNP分析方法。

發明內容

本公開可以提供一種SNP分型檢測方法，所述方法包括以下步驟：

(I)使待測DNA與基因芯片雜交，所述基因芯片上固定有磷酸化的芯片探針，所述芯片探針朝外的5’端最后一個堿基為U堿基，所述芯片探針中緊鄰U堿基下游3’方向的序列與所述待測DNA中緊鄰SNP位點上游5’方向的序列反向互補，所述SNP位點與U堿基的位置相對應；

(II)加入隨機引物或特異性引物、dNTP和DNA聚合酶，合成與所述待測DNA中緊鄰所述SNP位點下游3’方向的序列反向互補的序列；

(III)加入能夠催化U堿基切割的酶和能夠催化AP位點的3’和5’端磷酸二酯鍵斷裂的酶，在所述U堿基的位置處產生核苷酸缺口；

(IV)加入DNA聚合酶和DNA連接酶，以及帶有生物標記物的dATP、dTTP、dCTP、dGTP、dUTP中的一種或多種；

(V)針對所述生物標記物對基因芯片進行檢測，以確定所述SNP位點的基因型。

本公開還可以提供包含5’端最后一個堿基為U堿基的芯片探針的基因芯片用于SNP分型檢測的用途，其中所述芯片探針中緊鄰U堿基下游3’方向的序列與待測DNA中緊鄰SNP位點上游5’方向的序列反向互補，所述SNP位點與U堿基的位置相對應。

附圖說明

圖1示出了：現有技術中通過經典連接法對A/C、A/G、T/C或T/G型的SNP進行分型的原理圖，其中顯色探針覆蓋SNP位點，捕獲探針未覆蓋SNP位點，還單獨示出了所使用的四種顯色探針。

圖2示出了：現有技術中通過經典連接法對A/T或C/G型的SNP進行分型的原理圖，其中捕獲探針覆蓋SNP位點，顯色探針未覆蓋SNP位點。

圖3示出了：根據本公開的SNP分型檢測方法的原理圖。