[發明專利]一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法

在審

• 申請號: 202110582098.6
• 申請日: 2021-05-26
• 公開（公告）號: CN113380325A
• 公開（公告）日: 2021-09-10
• 發明（設計）人: 劉文佳;應南嬌;李姍珊;邵夢潔
• 申請（專利權）人: 杭州電子科技大學
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50;G16B20/20;G16B40/00
• 代理公司: 杭州杭誠專利事務所有限公司 33109
• 代理人: 劉正君

1.一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法，其特征是，包括如下步驟：

步驟S1：首先將數據進行預處理，獲取原始密碼子數據集C_1;

步驟S2：通過CMD算法獲取單個堿基突變后的密碼子數據集C₂；

步驟S3：通過CMD算法獲得氨基酸數據集S₁和S₂;

步驟S4：對氨基酸數據集S1和S2進行比對；

步驟S5：輸出氨基酸突變數據。

2.根據權利要求1所述的一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法，其特征是，所述密碼子數據集C1中儲存了堿基位點信息，所述堿基位點信息包括：堿基位點所在的位置、堿基位點的起始位點、堿基位點的終止位點。

3.根據權利要求1或2所述的一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法，其特征是，所述步驟S1所述的數據預處理包括如下步驟：

步驟S11：輸入全基因組參考序列數據；

步驟S12：讀取數據，所述讀取的數據為密碼子的堿基位點信息。

4.根據權利要求3所述的一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法，其特征是，所述步驟S2包括如下步驟：

步驟S21：通過定義函數定位突變堿基，用突變堿基密碼子替換數據集C₁中的對應位置的堿基位點信息。

5.根據權利要求4所述的一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法，其特征是，所述步驟S3包括如下步驟：

步驟S31：讀取氨基酸數據；

步驟S32: 遍歷密碼子數據集C₁和密碼子數據集C₂;

步驟S33：分別找出數據集C₁和數據集C₂所編碼的氨基酸，分別記為數據集S₁和數據集S₂。

6.根據權利要求5所述的一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法，其特征是，所述步驟S4包括如下步驟：

步驟S41：遍歷數據集S₁和數據集S₂;

步驟S42：判斷數據集S1和數據集S2中對應的兩個氨基酸是否相同；若是，輸出S，若否，輸出NS；

步驟S43：將數據集S1、數據集S2和步驟S42的判斷結果存儲在輸出文件中；

步驟S44：判斷數據集S1和數據集S2是否為空，若是，輸出步驟S43的輸出文件，若否，則回到步驟S41。

7.根據權利要求6所述的一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法，其特征是，步驟S21中所述的定義函數為：

def replaceString (string, number, replace)；

其中，string表示密碼子字符串；number表示密碼子中突變的堿基位數；replace表示突變的堿基。

8.根據權利要求7所述的一種基于密碼子突變位點檢測氨基酸突變的方法，其特征是，步驟S12中所述的讀取數據包括用“fileobject.readlines([sizeint])” 讀取數據。