[發(fā)明專利]一種水稻萌發(fā)耐淹性主效QTL及分子標記的選取方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110576120.6
• 申請日: 2021-05-26
• 公開（公告）號: CN113106146A
• 公開（公告）日: 2021-07-13
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張靜;李晨;呂樹偉;江立群;毛興學(xué);劉清;孫炳蕊;陳文豐;范芝蘭;潘大建
• 申請（專利權(quán)）人: 廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院水稻研究所
• 主分類號: C12Q1/6811
• 分類號: C12Q1/6811;C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京眾達德權(quán)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11570
• 代理人: 張曉冬

1.一種水稻萌發(fā)耐淹性主效QTL及分子標記的選取方法，其特征在于，包括以下步驟:

步驟1、選取母本、父本的F₂單株多個，構(gòu)建耐淹和不耐淹基因池，結(jié)合兩親本進行BSA測序，針對雙親SNP進行過濾，分析統(tǒng)計雙親差異SNP，分別檢測耐淹池與不耐淹池的SNP分布，采用差減法進行全基因組滑窗分析，找到1個連鎖區(qū)間，并選定范圍作為候選區(qū)段；

步驟2、對候選區(qū)段進行效應(yīng)驗證：針對候選區(qū)段設(shè)計了多對SSR標記，利用初定位兩端的標記對以多個BC₂F₂單株的基因型和表型進行考察，對隨機群體母本基因型材料和父本基因型材料的低氧胚芽鞘長度進行統(tǒng)計學(xué)分析，確定該候選區(qū)段是否能夠與萌發(fā)耐淹性狀連鎖，若連鎖則進行下一步，否則重復(fù)第一步選取新的候選區(qū)段；

步驟3、對區(qū)間進行進一步篩選，利用側(cè)翼標記對多個BC₂F₂群體的極端材料進行重組單株的篩選，共篩選到15種類型的重組子，利用區(qū)間內(nèi)開發(fā)的多態(tài)性分子標記對重組單株進行基因型分析，精細定位目標基因；

步驟4、獲得與水稻萌發(fā)耐淹性主效QTL緊密連鎖的分子標記。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種水稻萌發(fā)耐淹性主效QTL及分子標記的選取方法，其特征在于，所述步驟1中，利用1086個F₂單株，構(gòu)建耐淹和不耐淹基因池，結(jié)合母本852、父本IR42進行BSA測序，以日本晴作為參考基因組。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種水稻萌發(fā)耐淹性主效QTL及分子標記的選取方法，其特征在于，所述步驟1中，所述水稻萌發(fā)耐淹性主效QTL的物理位置在13.95-17.34Mb范圍內(nèi)，為新的萌發(fā)耐淹性主效QTL。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種水稻萌發(fā)耐淹性主效QTL及分子標記的選取方法，其特征在于，所述步驟2中，針對定位區(qū)間設(shè)計了177對SSR標記，利用初定位兩端的標記對186個BC₂F₂單株的基因型和表型進行了連鎖分析。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種水稻萌發(fā)耐淹性主效QTL及分子標記的選取方法，其特征在于，在步驟1之前還包括篩選雙親萌發(fā)耐淹性差異步驟，選取父本、母本及F₁代進行淹水7d與不淹水7d發(fā)芽實驗，以胚芽鞘生長的長度作為芽期耐淹性指標，闡明水稻萌發(fā)耐淹性為多基因控制的復(fù)雜數(shù)量性狀并進行下一步驟。