[發明專利]與豬生長育肥性狀關聯的遺傳標記及應用

有效

• 申請號: 202110574878.6
• 申請日: 2021-05-26
• 公開（公告）號: CN113088576B
• 公開（公告）日: 2022-02-11
• 發明（設計）人: 左波;趙詩瑜;徐在言;呂威;靳建軍;魏泓
• 申請（專利權）人: 華中農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;C12Q1/6858
• 代理公司: 武漢宇晨專利事務所(普通合伙) 42001
• 代理人: 張紅兵

本發明屬于豬的遺傳標記篩選和應用領域，具體涉及與豬生長育肥性狀關聯的遺傳標記及應用，所述豬生長育肥性狀為達100kg體重日齡和眼肌面積，所述豬的品種為美系大白豬，所述遺傳標記從豬SYISL基因中篩選得到，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1和圖1所示。上述序列第123位和第126位堿基存在兩個等位基因替換，即G/A和T/C替換，所述替換導致SYISL基因產生多態性。本發明為豬的標記輔助選擇提供了新的標記資源。

技術領域

本發明屬于豬的分子標記篩選及應用技術領域，具體涉及一種與豬生長育肥性狀關聯的遺傳標記。所述的遺傳標記分離自SYISL基因片段，本發明還包括所述的遺傳標記在豬輔助選擇關聯分析中的應用。

背景技術

遺傳標記經歷了從傳統的標記即形態學標記、細胞學標記、生物化學標記到現代分子標記的發展，分子標記具有很多優勢，也促進了動植物育種的改革。分子標記作為一種遺傳標記，以個體間核苷酸序列的變異為基礎，能夠直接反映出DNA水平的遺傳多態性，反映生物個體或種群間基因組中的差異。利用與數量性狀相關的分子標記，以標記信息為輔助信息，可以從分子水平準確快速地分析個體的遺傳組成，從而實現對基因型的選擇，此外，能夠充分利用遺傳標記、系譜和表型信息，與常規育種方法相比，信息量更豐富、選擇準確性更高^[1]。

目前所發現的分子標記一共包括四類特征序列：VNTR、STR、SNP、CNV。單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指基因組DNA序列中由于單個核苷酸(A、T、C或G)的突變而引起的多態性，形式包括單堿基的插入、缺失、轉換和顛換等，是繼限制性片段長度多態性和微衛星標記之后的第三代遺傳標記。因其遺傳穩定性高、位點豐富且分布廣泛及檢測快速易實現自動化分析等顯著特點，而得到眾多研究和應用。測序法是SNP的經典檢測方法，是最直接、最準確的方法，該方法對于發現未知的SNP十分有效，檢出率可達到100％，還可區分SNP的突變堿基類型和突變位置^[2]。

本實驗室前期發現一個隨著小鼠C2C12成肌細胞的分化，表達水平持續升高的一個lncRNA SYISL(SYNPO2 intron sense-overlapping lncRNA)。前期研究發現SYISL可以招募PRC2蛋白至細胞周期素依賴性激酶抑制因子p21基因啟動子上，從而促進細胞增殖，也可招募至成肌分化相關基因MyoG、MCK、myh4等基因啟動子區域，抑制肌細胞的分化^[3]。且通過保守性分析發現，豬基因組SYNPO2基因內含子處也存在一個全長1472bp的lncRNAAK238214，該lncRNA在豬骨骼肌中也呈現出高表達狀態，在豬活體水平上驗證了該lncRNA在骨骼肌細胞的增殖分化過程中發揮重要作用。

發明內容

本發明的目的是篩選與豬生長育肥性狀關聯的遺傳標記。通過克隆大白豬SYISL基因外顯子序列，運用直接測序法尋找SNP位點并進行基因分型，分析該突變位點與大白豬生長育肥性狀的關聯性。從而為豬的生長育肥性狀建立新的標記輔助選擇位點。

本發明通過以下技術方案實現：

本發明獲得了大白豬SYISL基因外顯子片段，片段長度為1440bp，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1所述，通過在NCBI網站對上述序列進行blast比對，在該擴增片段內發現有2處核苷酸多態性(即SNP)位點，該SNP位點如圖2所示。在SEQ ID NO：1所述所述序列的第123位堿基和126位堿基處，分別發生一個等位基因突變，申請人將該突變的位點分別命名為c.123GA和c.126TC。

本發明以美系大白豬為試驗材料，從豬血液中提取全基因組DNA，根據NCBI數據庫公布的豬SYISL基因序列設計引物對，該引物對的序列如下所示：

正向引物F：5'-GTGTTTAAACATCCAGAGAAT-3'，

反向引物R：5'-GGAGTATAGCAGATTCCCTT-3'。