[發(fā)明專利]用于制備核酸的等溫方法及相關(guān)組合物

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110571327.4
• 申請日: 2015-01-26
• 公開（公告）號: CN113388664A
• 公開（公告）日: 2021-09-14
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 喬舒阿·斯塔爾;賈森·邁爾斯
• 申請（專利權(quán)）人: 阿謝爾德克斯有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6844;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京集佳知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11227
• 代理人: 鄭斌;韓曉帆

1.制備用于分析的核酸的方法，所述方法包括：

a)破壞核酸以產(chǎn)生包含DNA模板序列的核酸片段，其中所述DNA模板序列包含靶區(qū)域和鄰接區(qū)域；

b)將寡核苷酸接頭連接至所述核酸片段以產(chǎn)生包含所述DNA模板序列的核酸模板，其中所述寡核苷酸接頭包含RNA聚合酶啟動子序列和共同序列；

c)在RNA聚合酶、逆轉(zhuǎn)錄酶、DNA聚合酶和具有RNA酶H活性的酶的存在下，對所述核酸模板進行等溫擴增反應(yīng)，所述等溫擴增反應(yīng)包括以下的兩個或多個循環(huán)：(i)RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄，(ii)cDNA合成，以及(iii)DNA聚合酶延伸，從而對所述DNA模板序列進行指數(shù)擴增，其中每個循環(huán)包括：

對包含靶特異性雜交序列的第一寡核苷酸進行的延伸；以及

對包含與所述共同序列互補之序列的第二寡核苷酸進行的延伸。

2.權(quán)利要求1所述的方法，其還包括對來自(c)的經(jīng)指數(shù)擴增產(chǎn)物的核酸分子或其一部分進行測序。

3.權(quán)利要求2所述的方法，其中所述核酸分子含有非模板序列，所述非模板序列充當(dāng)引發(fā)測序反應(yīng)之測序引物的雜交位點。

4.權(quán)利要求2或3所述的方法，其中在多重反應(yīng)中對所述核酸分子進行測序，所述多重反應(yīng)包括源自不同來源的不同核酸分子。

5.權(quán)利要求4所述的方法，其中所述不同來源為從其中獲得所述核酸分子的不同對象。

6.權(quán)利要求4所述的方法，其中所述不同來源為從其中獲得所述核酸分子的不同組織。

7.權(quán)利要求4至6中任一項所述的方法，其中所述不同核酸分子包含標(biāo)識來源的條形碼序列。

8.權(quán)利要求1至7中任一項所述的方法，其中所述核酸片段是包含基因重排部分的染色體區(qū)段。

9.權(quán)利要求8所述的方法，其中所述基因重排是倒位、缺失或易位。

10.權(quán)利要求1至9中任一項所述的方法，其中所述靶區(qū)域在所述鄰接區(qū)域的5’處。

11.權(quán)利要求1至9中任一項所述的方法，其中所述靶區(qū)域在所述鄰接區(qū)域的3’處。

12.權(quán)利要求1至11中任一項所述的方法，其中所述靶特異性雜交序列與所述靶區(qū)域或其一部分互補。

13.權(quán)利要求1至12中任一項所述的方法，其中所述靶區(qū)域包含第一基因的序列，并且所述鄰接區(qū)域包含第二基因的序列。

14.權(quán)利要求13所述的方法，其中所述第一基因是RET、ROS1或ALK。

15.權(quán)利要求1至14中任一項所述的方法，其中所述核酸模板是雙鏈DNA模板。

16.權(quán)利要求15所述的方法，其中通過RNA聚合酶酶促產(chǎn)生合成RNA，所述RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄所述RNA聚合酶啟動子序列下游的DNA。

17.權(quán)利要求1至16中任一項所述的方法，其中所述第一寡核苷酸或第二寡核苷酸包含另外的非互補序列。

18.權(quán)利要求17所述的方法，其中所述另外的非互補序列包含條形碼序列、索引序列、接頭序列或測序引物雜交序列中的至少一種。

19.權(quán)利要求1至18中任一項所述的方法，其中所述第一寡核苷酸或第二寡核苷酸包含所述RNA聚合酶啟動子序列。

20.權(quán)利要求1至19中任一項所述的方法，其中所述第一寡核苷酸或第二寡核苷酸的延伸為反轉(zhuǎn)錄。