[發明專利]基于單分子測序檢測核苷酸變異方法與裝置

在審

• 申請號: 202110517844.3
• 申請日: 2021-05-12
• 公開（公告）號: CN113186255A
• 公開（公告）日: 2021-07-30
• 發明（設計）人: 李世勇;茅矛
• 申請（專利權）人: 深圳思勤醫療科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827;C12Q1/6869;C12Q1/6886;G16B30/00
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 肖陽

1.一種確定核酸樣本中單核苷酸變異的方法，其特征在于，包括：

對所述核酸樣本進行雙向低深度測序，以獲取所述核酸樣本的測序數據，所述測序數據包括所述核酸樣本的正向測序讀段和反向測序讀段；

基于所述測序數據，所述正向測序讀段和所述反向測序讀段各自獨立地與參考序列進行第一比對處理，以便獲得測序讀段在所述參考序列的位置和所述測序讀段的重疊區域；

基于所述重疊區域，獲得所述單核苷酸變異。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，基于所述正向測序讀段或所述反向測序讀段的長度，所述重疊區域的核酸數目不小于10bp。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，基于所述重疊區域，所述正向測序讀段和所述反向測序讀段中的核苷酸各自獨立地相同。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，進一步包括：

基于所述正向測序讀段和所述反向測序讀段，將所述重疊區域的至少部分與所述參考序列進行比對，以便獲得所述單核苷酸變異。

5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，所述比對是通過如下方式進行的：

確定所述正向測序讀段和所述反向測序讀段重疊區域的至少部分上的待定單核苷酸變異，所述待定單核苷酸變異是所述重疊區域的至少部分上的核苷酸與所述參考序列上的核苷酸不同的核苷酸；

所述待定單核苷酸變異與預知單核苷酸變異不在同一位點，是所述待定單核苷酸變異為目標單核苷酸變異的指示。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述待定單核苷變異與所述正向測序讀段和所述反向測序讀段末端距離不小于9bp。

7.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，進一步包括：

將所述待定核苷酸變異所在的所述正向測序讀段和所述反向測序讀段各自獨立地與所述參考序列進行第二比對處理，以便獲得第一測序讀段和第二測序讀段與所述參考序列的重疊區域，所述第二比對處理所使用的比對軟件與所述第一比對處理所使用的比對軟件不同，

所述第二比對處理的所述重疊區域與所述第一比對處理的所述重疊區域相同，是所述待定單核苷酸變異為目標單核苷酸變異的指示。

8.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述重疊區域中，所述正向測序讀段與所述反向測序讀段在同一位點具有不同核苷酸類型，是所述測序數據不作后續處理的指示。

9.一種確定核酸樣本中單核苷酸變異的裝置，其特征在于，包括：

測序數據模塊，所述測序數據獲取模塊被配置為對所述核酸樣本進行雙向低深度測序，以獲取所述核酸樣本的測序數據，所述測序數據包括所述核酸樣本的正向測序讀段和反向測序讀段；

重疊區域獲取模塊，所述重疊區域獲取模塊被配置為基于所述測序數據，所述正向測序讀段和所述反向測序讀段各自獨立地與參考序列進行第一比對處理，以便獲得所述測序讀段在所述參考序列上的位置和所述測序讀段的重疊區域；

單核苷酸變異獲取模塊，所述單核苷酸變異獲取模塊被配置為基于所述重疊區域，獲得所述單核苷酸變異。

10.根據權利要求9所述的裝置，其特征在于，基于所述正向測序讀段或所述反向測序讀段的長度，所述重疊區域的核酸數目不小于10bp。

11.根據權利要求9所述的裝置，其特征在于，基于所述重疊區域，所述正向測序讀段和所述反向測序讀段中的核苷酸各自獨立地相同。

12.根據權利要求9所述的裝置，其特征在于，進一步包括：

參考序列比對單元，所述參考序列比對單元被配置為基于所述正向測序讀段和所述反向測序讀段，將所述重疊區域的至少部分與所述參考序列進行比對，以便獲得所述單核苷酸變異。