[發明專利]基于腫瘤浸潤性免疫細胞篩選肺腺癌的潛在預后生物標志物的方法在審
| 申請號： | 202110467905.X | 申請日： | 2021-04-28 |
| 公開（公告）號： | CN113140258A | 公開（公告）日： | 2021-07-20 |
| 發明（設計）人： | 陳湫揚;孔薇 | 申請（專利權）人： | 上海海事大學 |
| 主分類號： | G16B35/20 | 分類號： | G16B35/20;G16B40/00;G16B50/00 |
| 代理公司： | 上海元好知識產權代理有限公司 31323 | 代理人： | 賈慧琴;包姝晴 |
| 地址： | 201306 上海市*** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 基于 腫瘤 浸潤 免疫 細胞 篩選 腺癌 潛在 預后 生物 標志 方法 | ||
1.一種基于腫瘤浸潤性免疫細胞篩選肺腺癌的潛在預后生物標志物的方法，其特征在于，包括下述步驟：
S1：獲得正常人與肺腺癌患者肺部細胞的轉錄本數據，對所述轉錄本數據進行數據處理，篩選出差異表達基因；
S2：使用EPIC計算肺腺癌組織中免疫細胞浸潤的豐度，得到預后相關免疫細胞類型；根據所述預后相關免疫細胞類型，從步驟S1得到的差異表達基因中，篩選出與預后相關免疫細胞類型相關的差異基因；
S3：使用WGCNA對步驟S2得到的與預后相關免疫細胞類型相關的差異基因進行聚類分析，將其分為若干個聚類模塊；
S4：對包含基因最多且聚類效果最好的聚類模塊進行蛋白質互作分析，比較蛋白質之間的相互作用的強度，篩選3-6個肺腺癌候選基因；
S5：對步驟S4得到的肺腺癌候選基因進行生存分析，得到肺腺癌潛在預后生物標志物。
2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟S1中，獲得正常人與肺腺癌患者肺部細胞轉錄本數據的方法包括：從TCGA數據庫中下載。
3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟S1中，對轉錄本數據進行數據處理包括：
(1)數據過濾，去除數值為0的轉錄本數據；
(2)使用RESM對過濾后的轉錄本數據進行定量處理；
(3)分離mRNA矩陣；
(4)基因表達差異分析。
4.如權利要求3所述的方法，其特征在于，所述基因表達差異分析通過edgeR實現，差異表達基因的篩選標準為|log2fold change|＞1且Padjust＜0.05。
5.如權利要求4所述的方法，其特征在于，所述差異表達基因是指：與肺腺癌患者相比，正常人肺部細胞中上調表達的基因。
6.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟S4中，肺腺癌候選基因為5個。
7.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：驗證步驟，所述驗證步驟是指：將步驟S5篩選得到的肺腺癌潛在預后生物標志物在GEPIA數據庫中進行驗證。
8.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述肺腺癌潛在預后生物標志物為GNG7和ADRB2。
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