[發明專利]一種用于檢測奶牛產奶性狀的COL5A3基因SNPs標記及其應用

有效

• 申請號: 202110446583.0
• 申請日: 2021-04-25
• 公開（公告）號: CN113151498B
• 公開（公告）日: 2022-09-27
• 發明（設計）人: 孫東曉;林珊;韓博;楊宇澤;唐韶青;劉林;麻柱;劉亞楠;呂小青
• 申請（專利權）人: 中國農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 白艷

本發明公開了一種用于檢測奶牛產奶性狀的COL5A3基因SNPs標記及其應用。本發明提供了用于檢測SNP甲基因型的物質和/或用于檢測SNP乙基因型的物質在鑒定或輔助鑒定奶牛產奶性狀中的應用；所述SNP甲為7:g.14587807CA；所述SNP乙為7:g.14587168GA。本發明公開的分子標記可以應用于輔助鑒定具有優良產奶性狀的牛群體，具有如下優點：簡便、快速、靈敏，結果可靠、穩定、準確，適合實驗室大群體規模檢測的需要。

技術領域

本發明涉及一種分子標記及其應用，特別涉及一種用于檢測奶牛產奶性狀的COL5A3基因SNPs標記及其應用，屬于生物技術領域。

背景技術

V型膠原α3鏈(collagen type V alpha 3chain，COL5A3)編碼一個低豐度纖維膠原的α鏈。原纖維膠原分子是由一種或多種α鏈組成的三聚體。V型膠原存在于含有I型膠原的組織中，并且由I型和V型膠原組成的異型纖維。COL5A3基因產物與XI型膠原密切相關，V型和XI型膠原鏈可能構成具有組織特異性鏈組合的單一膠原類型。

膠原V廣泛表達為α1(V)和α2(V)異源三聚體，調節膠原纖維的幾何結構和強度，α1(V)、α2(V)和α3(V)異質三聚體特異性較差，在各種組織中廣泛表達，如白色脂肪組織(WAT)、胰島和骨骼肌。研究表明，COL5A3缺失會導致雌性小鼠皮膚脂肪減少，對高脂肪飲食誘導的體重增加有抵抗力。同時導致雄性和雌性突變小鼠存在葡萄糖不耐受、胰島素抵抗和高血糖，并且這些代謝缺陷隨著年齡的增長而惡化。COL5A3缺失小鼠顯示胰島數量減少，胰島更易受鏈脲佐菌素誘導的凋亡影響，從突變小鼠分離的胰島顯示葡萄糖刺激的胰島素分泌減弱。COL5A3缺失會抑制響應胰島素分泌時骨骼肌葡萄糖攝取和細胞內GLUT4葡萄糖轉運，進而影響特殊細胞(如脂肪細胞、β細胞和骨骼肌)的正常發育和功能(Huang等人，2011年)。另外，對糖尿病小鼠與非糖尿病小鼠肝臟組織進行RNA測序后發現COL5A3基因表達存在顯著差異(Abu-Toamih等人，2019年)。細胞周α3(V)膠原可以影響細胞的功能，如脂肪細胞和胰島β細胞。另有研究表明α3(V)鏈是正常乳腺基底細胞的豐富產物，并且在小鼠乳腺腫瘤模型中α3(V)消融通過降低腫瘤細胞的增殖潛能來抑制乳腺腫瘤的進展(Huang等人，2017年)。

牛的COL5A3基因位于第7號染色體上，全長44703bp(ARS-UCD1.2)，包含67個外顯子和66個內含子。其mRNA全長6216bp，共編碼1745個氨基酸。

聚合酶鏈式反應(PCR)技術是一種特異性DNA體外擴增技術。以少量的DNA為模板，經過變性-退火-延伸的多次循環，以接近指數擴增的形式產生大量的目標DNA分子，目前，該技術已經成為最常用、也最重要的分子生物學技術之一。PCR產物經過瓊脂糖凝膠電泳后測序即可進行基因多態的鑒定工作，檢測方法簡單易行。

發明內容

本發明一個目的是提供用于檢測SNP甲基因型的物質和/或用于檢測SNP乙基因型的物質的如下應用。

本發明提供了用于檢測SNP甲基因型的物質和/或用于檢測SNP乙基因型的物質在鑒定或輔助鑒定奶牛產奶性狀中的應用；

所述SNP甲為7:g.14587807CA；

所述SNP乙為7:g.14587168GA。

上述SNP甲和/或SNP乙作為檢測靶標在鑒定或輔助鑒定奶牛產奶性狀中的應用也是本發明保護的范圍；

所述SNP甲為7:g.14587807CA；

所述SNP乙為7:g.14587168GA。

上述應用中，所述產奶性狀為產奶量和/或乳脂量和/或乳蛋白量。

在本發明的實施例中，上述用于檢測SNP甲基因型的物質為用于擴增該位點的引物對5F和5R或特異結合該位點的探針1；