[發明專利]一種鑒定蘿卜抗根腫病的InDel分子標記及其開發方法和應用

有效

• 申請號: 202110422358.3
• 申請日: 2021-04-20
• 公開（公告）號: CN113186329B
• 公開（公告）日: 2023-03-24
• 發明（設計）人: 甘彩霞;崔磊;鄧曉輝;於校青
• 申請（專利權）人: 湖北省農業科學院經濟作物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11;A01H1/04
• 代理公司: 武漢河山金堂專利事務所(普通合伙) 42212
• 代理人: 胡清堂

本發明公開了一種鑒定蘿卜抗根腫病的InDel分子標記及其開發方法和應用，屬于蘿卜育種技術領域。采用本發明提供的分子標記進行PCR擴增，能有效確定蘿卜材料是否具有對根腫病的抗性，為蘿卜育種提供技術支持，準確性高，成本低，并加快育種進程。

技術領域

本發明涉及蘿卜育種技術領域，具體涉及一種鑒定蘿卜抗根腫病的InDel分子標記及其開發方法和應用。

背景技術

根腫病是一種由蕓苔根腫菌引起的十字花科植物病害，感病植物有甘藍、白菜、蘿卜、芥菜等。植物受根腫菌侵染后，在根部形成大小不一、光滑或龜裂粗糙的腫瘤；而植株的地上部分生長遲緩、缺水蔫萎。近年來，根腫菌在湖北、四川、云南等蘿卜產區蔓延，對蘿卜產業構成威脅。

由于根腫菌的孢子囊能在土壤中休眠越冬，休眠孢子囊抗逆性較強，且該真菌在土壤中能存活10年以上，因此僅通過物理防治和化學防治很難有效解決根腫菌的危害。抗病品種的選育和應用是解決根腫病危害的根本途徑。

相較于十字花科蕓苔屬作物，蘿卜對根腫病的抗性相關研究要少，抗病遺傳規律還不是十分明確，目前已公開報道的抗根腫病分子標記多集中在蕓苔屬作物上。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的在于提供一種能夠鑒定蘿卜抗根腫病的InDel分子標記，以輔助選育具有抗根腫病基因的蘿卜品種。

為了實現上述目的，本發明的技術方案具體如下：

本發明提供了一種鑒定蘿卜抗根腫病的InDel分子標記，所述InDel分子標記為PA05引物對，所述PA05引物對的正向引物的核苷酸序列具體為：GGCATGATCTTTCGGAAATGTTTTGG(SEQ ID NO.1)，所述PA05引物對的反向引物的核苷酸序列具體為：CACTCCATCTCTTAATTTTATGCCGC(SEQ ID NO.2)。

本發明還提供了一種鑒定蘿卜抗根腫病的InDel分子標記的開發方法，具體包括以下步驟：

S1、將抗病親本和感病親本雜交獲得F₁代，F₁代自交獲得F₂群體；

S2、從F₂群體中選擇多個高抗單株和多個高感單株，分別構建抗病混合池和感病混合池并對其進行測序，進而確定與根腫病相關的目標基因的候選區間；

S3、在步驟S2所述候選區間開發若干SNP標記，通過靶向測序技術分析上述標記在F₂抗病單株中的基因型，獲得可用的SNP標記，進一步縮小目標基因的候選區間；

S4、對抗病親本和感病親本重測序，選擇兩個親本在步驟S3所述候選區間的變異位點，并對各變異位點設計擴增引物，篩選擴增引物得到具有特異性的InDel分子標記。

優選的，所述抗病親本對根腫病Pb10生理小種呈抗性，所述感病親本對根腫病Pb10生理小種呈感性。

優選的，步驟S2所述目標基因的候選區間為R08染色體的19.06至26.40Mb區間，步驟S3所述目標基因的候選區間為R08染色體的19.06至23.72Mb區間。

優選的，步驟S4所述變異位點的長度為3-10bp。

本發明還提供了上述技術方案所述的InDel分子標記在篩選具有抗根腫病性狀的蘿卜中的應用。

優選的，所述篩選的方法包括以下步驟：

(1)用PA01引物對或PA05引物對PCR擴增蘿卜DNA樣本，得到PCR擴增產物；

(2)對PCR擴增產物進行瓊脂糖凝膠電泳，可通過判斷擴增產物中是否含有124bp的條帶，直觀獲得蘿卜品種是否具有對根腫病的抗性。