[發明專利]肝移植后巨細胞病毒的檢測方法、應用及系統

在審

• 申請號: 202110376806.0
• 申請日: 2021-04-08
• 公開（公告）號: CN113061666A
• 公開（公告）日: 2021-07-02
• 發明（設計）人: 司中洲;李杰群;滕祥云
• 申請（專利權）人: 中南大學湘雅二醫院
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6869;G16B30/10;G16B20/20;G16B35/10;C12R1/93
• 代理公司: 安化縣梅山專利事務所 43005
• 代理人: 李琦

本發明公開一種肝移植后巨細胞病毒的檢測方法、應用及系統，該檢測方法包括獲取進行肝移植后受體樣本的游離DNA，并進行游離DNA測序文庫構建和測序；將所述游離DNA的測序數據與預設人類參考基因組進行比對，將所述游離DNA測序數據中與所述預設人類參考基因組未比對成功片段設置為的非人源片段；將所述非人源片段與預設巨細胞病毒基因組進行比對，將所述非人源片段中與所述預設巨細胞病毒基因組比對成功的片段設置為巨細胞病毒片段；計算所述巨細胞病毒片段與所述非人源片段的數量比例。本發明提供的檢測方法靈敏度高。

技術領域

本發明涉及基因檢測技術領域，具體涉及一種肝移植后巨細胞病毒的檢測方法、應用及系統。

背景技術

肝移植是治療各種終末期肝病的唯一有效辦法。肝移植后的感染問題目前已成為影響患者長期存活的主要原因，發生率高達53％-80％。巨細胞病毒(CMV)是肝移植后較為常見的條件性致病病毒，而巨細胞病毒感染往往是導致并發癥發生率和病死率升高的主要原因之一。接受免疫抑制劑治療的移植患者發生巨細胞病毒感染的風險增加，在沒有使用預防性抗病毒治療的情況下，肝移植后患者巨細胞病毒的感染率為25％-85％，而其中有18％-29％的患者會發展為巨細胞病毒病。因此，盡早提高巨細胞病毒的檢測發現，并應用于患者的診斷、預防和治療過程中，可顯著提高患者存活時間，并直接或間接減小其他感染的發生率。

目前臨床上檢測巨細胞病毒感染主要通過CMV抗體檢查、pp65抗原檢查及CMV DNA檢查，具體檢測方法包括ELISA、qPCR技術等。但CMV抗體檢查、pp65抗原檢查不能同時評估肝損傷的嚴重程度；上述檢查方式也不能排除人體其他器官(如肺、腎)感染巨細胞病毒的情況；由于上述檢測方法靈敏度低，從而容易導致誤判斷。

因此有必要提供一種新型的肝移植后巨細胞病毒的檢測方法，以解決上述技術問題。

發明內容

本發明的主要目的是提供一種肝移植后巨細胞病毒的檢測方法、應用及系統，以解決現有巨細胞病毒的檢測方法靈敏度低的技術問題。

為實現上述目的，本發明提出的肝移植后巨細胞病毒的檢測方法，包括以下步驟：

獲取進行肝移植后受體樣本的游離DNA，并進行游離DNA測序文庫構建和測序；

將所述游離DNA的測序數據與預設人類參考基因組進行比對，將所述游離DNA測序數據中與所述預設人類參考基因組未比對成功片段設置為的非人源片段；

將所述非人源片段與預設巨細胞病毒基因組進行比對，將所述非人源片段中與所述預設巨細胞病毒基因組比對成功的片段設置為巨細胞病毒片段；

計算所述巨細胞病毒片段與所述非人源片段的數量比例。

優選地，所述檢測方法還包括:

獲取進行肝移植前受體樣本原始DNA，并進行受體基因組測序文庫構建和測序，獲取供體肝組織DNA并進行供體基因組測序文庫構建和測序；

將所述游離DNA測序數據中與所述預設人類參考基因組比對成功的片段設置為人源片段；

根據所述人源片段、所述供體肝組織DNA的測序數據和所述受體樣本原始DNA的測序數據，比對得到供體人源片段，計算所述供體人源片段與所述人源片段的比例。

優選地，所述根據所述人源片段、所述供體肝組織DNA的測序數據和所述受體樣本原始DNA的測序數據，比對得到供體人源片段，計算所述供體人源片段與所述人源片段的比例的步驟，包括：

將所述受體樣本原始DNA測序數據、所述供體肝組織DNA測序數據分別與所述預設人類參考基因組進行比對，檢測得到受體DNA變異位點和供體肝組織DNA變異位點；

比對所述受體樣本變異位點中的純合子和所述供體肝組織變異位點中的純合子，將不相同的純合子對應的位點設置為第一分析位點；