[發(fā)明專利]腫瘤分子分型方法及裝置、終端設(shè)備及可讀存儲介質(zhì)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110374936.0
• 申請日: 2021-04-08
• 公開（公告）號: CN112766428B
• 公開（公告）日: 2021-07-02
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 周楊;趙義;方璐;楊瀅;何驥;杜波
• 申請（專利權(quán)）人: 臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精準醫(yī)學檢驗實驗室無錫有限公司
• 主分類號: G06K9/62
• 分類號: G06K9/62;G16B40/30
• 代理公司: 常州佰業(yè)騰飛專利代理事務(wù)所(普通合伙) 32231
• 代理人: 王巍巍

1.一種腫瘤分子分型方法，其特征在于，包括：

獲取多個腫瘤組織樣本的測序數(shù)據(jù)，并基于預(yù)先構(gòu)建的覆蓋深度基線計算各基因的拷貝數(shù)數(shù)值；

根據(jù)預(yù)設(shè)的拷貝數(shù)變異數(shù)閾值和計算得到的拷貝數(shù)數(shù)值篩選各腫瘤組織樣本中發(fā)生變異的基因；

基于篩選的發(fā)生變異的基因的拷貝數(shù)數(shù)值對腫瘤組織樣本進行無監(jiān)督聚類得到針對不同變異特征的多個樣本類別；

篩選各樣本類別樣本間基因拷貝數(shù)變異達到預(yù)設(shè)差異的基因；

針對篩選得到的基因進一步進行無監(jiān)督聚類得到針對不同變異特征的多個基因類別；

基于拷貝數(shù)變異分別計算各基因類別中基因的第一主成分，并通過回歸分析的方法確定各基因類別第一主成分對患者預(yù)后的影響；

根據(jù)基因第一主成分對患者預(yù)后的影響計算各腫瘤組織樣本的拷貝數(shù)變異分值CNVscore，并根據(jù)無監(jiān)督聚類結(jié)果和拷貝數(shù)變異分值CNV score進一步對各樣本類別的樣本進行分類，完成對腫瘤的分子分型；其中，拷貝數(shù)變異分值CNV score為：

其中，PC1表示腫瘤組織樣本中基因拷貝數(shù)變異的第一主成分，i表示不利于患者預(yù)后的第一主成分，j表示利于患者預(yù)后的第一主成分；

分別對各基因類別中包含基因的第一主成分進行回歸分析確定相關(guān)方向；

根據(jù)確定的相關(guān)方向確定回歸系數(shù)方向；

根據(jù)回歸系數(shù)的方向確定各基因類別中基因拷貝數(shù)變異的第一主成分對患者預(yù)后的影響；其中，當回歸系數(shù)為負方向，表示相應(yīng)基因利于患者預(yù)后；當回歸系數(shù)為正方向，表示相應(yīng)基因不利于患者預(yù)后；

所述根據(jù)無監(jiān)督聚類結(jié)果和拷貝數(shù)變異分值CNV score進一步對各樣本類別的樣本進行分類，完成對腫瘤的分子分型中，包括：

根據(jù)計算得到的拷貝數(shù)變異分值CNV score、通過遍歷的方法選定基因拷貝數(shù)變異分值閾值，使得同一樣本類別中不同分組的腫瘤組織樣本對應(yīng)患者的預(yù)后差異最大；

根據(jù)選定的基因拷貝數(shù)變異分值閾值分別對各樣本類別中的腫瘤組織樣本進行亞組細分，完成對腫瘤的分子分型。

2.如權(quán)利要求1所述的腫瘤分子分型方法，其特征在于，

在所述基于選定基因的拷貝數(shù)數(shù)值對腫瘤組織樣本進行無監(jiān)督聚類得到針對不同變異特征的多個樣本類別及在所述針對篩選得到的基因進一步進行無監(jiān)督聚類得到針對不同變異特征的多個基因類別中，均采用PAM算法進行無監(jiān)督聚類，并通過輪廓系數(shù)確定最優(yōu)聚類數(shù)目；

和/或在所述篩選各樣本類別樣本間基因拷貝數(shù)變異達到預(yù)設(shè)差異的基因中，采用秩和檢驗的方法篩選各樣本類別樣本間基因拷貝數(shù)變異達到預(yù)設(shè)差異的基因，其中，當秩和檢驗p值小于預(yù)設(shè)閾值，確定相應(yīng)基因達到預(yù)設(shè)差異。

3.如權(quán)利要求1所述的腫瘤分子分型方法，其特征在于，所述基于選定基因的拷貝數(shù)數(shù)值對腫瘤組織樣本進行無監(jiān)督聚類得到針對不同變異特征的多個樣本類別中，包括：

對各選定基因的拷貝數(shù)數(shù)值進行z-score標準化處理；

基于計算得到z-score值對腫瘤組織樣本進行無監(jiān)督聚類得到針對不同變異特征的多個樣本類別。

4.如權(quán)利要求1所述的腫瘤分子分型方法，其特征在于，所述獲取多個腫瘤組織樣本的測序數(shù)據(jù)，基于預(yù)先構(gòu)建的覆蓋深度基線得到各基因的拷貝數(shù)數(shù)值中，包括：

獲取多個腫瘤組織樣本的測序數(shù)據(jù)并對其進行預(yù)處理操作；

根據(jù)健康人的白細胞測序數(shù)據(jù)為每個基因捕獲區(qū)域構(gòu)建覆蓋深度基線；

根據(jù)預(yù)處理操作后的腫瘤組織樣本測序數(shù)據(jù)計算每個基因捕獲區(qū)域的覆蓋深度；

依次計算各基因捕獲區(qū)域的拷貝數(shù)數(shù)值，其中，針對一基因捕獲區(qū)域，基于該基因捕獲區(qū)域在腫瘤組織樣本中的覆蓋深度和構(gòu)建的覆蓋深度基線比值的log2轉(zhuǎn)化值計算得到拷貝數(shù)數(shù)值；

根據(jù)計算得到的基因捕獲區(qū)域的拷貝數(shù)數(shù)值得到基因的拷貝數(shù)數(shù)值，其中，針對一基因，其拷貝數(shù)數(shù)值由該基因覆蓋的所有基因捕獲區(qū)域的拷貝數(shù)數(shù)值的集中趨勢計算得到。