[發明專利]腦卒中多基因遺傳風險綜合評分的構建方法與裝置及應用

有效

• 申請號: 202110371906.4
• 申請日: 2021-04-07
• 公開（公告）號: CN113012761B
• 公開（公告）日: 2023-02-03
• 發明（設計）人: 魯向鋒;顧東風;邢小龍;黃建鳳;李建新
• 申請（專利權）人: 中國醫學科學院阜外醫院
• 主分類號: G16B40/00
• 分類號: G16B40/00;G16B20/20;G16H50/30
• 代理公司: 北京三友知識產權代理有限公司 11127
• 代理人: 張德斌;韓蕾

本發明提供了一種腦卒中多基因遺傳風險綜合評分(metaPRS)的構建方法與裝置及應用。本發明的腦卒中多基因遺傳風險綜合評分的構建方法包括：篩選與腦卒中相關或與腦卒中相關表型相關的SNP的集合；檢測個體的待測SNP的基因型；從全基因組關聯研究結果中分別提取所測SNP對應于多個亞表型的危險等位基因、效應值及P值，構建多個候選亞表型PRS并篩選最佳亞表型PRS；確定各個亞表型PRS的權重；將亞表型PRS的權重轉化為SNP水平的權重；構建腦卒中多基因遺傳風險綜合評分metaPRS；評價metaPRS對腦卒中風險預測和分層的作用。本發明對于評估腦卒中發病風險具有重要意義。

技術領域

本發明是關于一種腦卒中多基因遺傳風險綜合評分(metaPRS)的構建方法與裝置及其應用。

背景技術

腦卒中死亡是全球主要的健康威脅之一。據估計，全球25歲以上成人腦卒中終生風險約為25％，其中東亞人群風險最高，達到39％。在中國，腦卒中是居民死亡的主要原因，2017年腦卒中死亡人數達207萬。因此，盡早識別高危人群，針對主要危險因素(例如高血壓，糖尿病，血脂異常等)進行健康生活方式管理和藥物干預對于中國乃至全球的腦卒中一級預防具有重要意義。

腦卒中是由遺傳和環境因素共同引起的復雜疾病。全基因組關聯研究(Genome-wide associationstudy,GWAS)已確定至少42個與腦卒中相關的遺傳易感基因，以及上百個與腦卒中相關表型有關的遺傳基因，包括血壓、2型糖尿病(type 2 diabetes,T2D)、血脂水平、體質指數(body mass index,BMI)、房顫(atrialfibrillation,AF)等。整合這些遺傳變異構建腦卒中多基因遺傳風險評分(Polygenic risk score，PRS)將有助于開展心血管疾病早期風險預測進而指導一級預防。

然而，現有腦卒中多基因遺傳風險評分的評估準確性有待提高。

此外，幾乎所有現有遺傳評分都是基于歐洲人群構建(Stroke 2014；45:394-402，Stroke 2014；45:403-412，Stroke 2014；45:2856-2862，BMJ 2018；363:k4168，JAMAcardiology 2018；3:693-702，Nat Commun 2019；10:5819)，而腦卒中的流行病學特征因國家而異，與西方人群相比，東亞人群特別是中國人群的腦卒中發病率和出血性腦卒中事件比例要高得多。現有的基于歐洲人群構建的腦卒中多基因遺傳風險評分并不適用于東亞人群。

因此，構建東亞人群腦卒中PRS并在前瞻性隊列人群中嚴格評估其遺傳風險預測價值至關重要。

發明內容

本發明的一個目的在于提供一種腦卒中多基因遺傳風險評分的構建方法。

本發明的另一目的在于提供一種構建腦卒中多基因遺傳風險評分的裝置。

一方面，本發明提供了一種腦卒中多基因遺傳風險評分的構建方法，其是一種腦卒中多基因遺傳風險綜合評分的構建方法，該方法包括步驟：

(1)篩選與腦卒中相關或與腦卒中相關表型相關(達到全基因組顯著關聯)的單核苷酸多態性位點(SNP)的集合；

(2)基于步驟(1)中的單核苷酸多態性位點進行基因分型；

(3)從全基因組關聯研究結果中分別提取所測SNP對應于多個亞表型的危險等位基因、效應值及P值，構建多個候選亞表型PRS并篩選最佳亞表型PRS；其中，所述多個亞表型包括：腦卒中，冠心病，2型糖尿病，房顫，收縮壓，舒張壓，平均動脈壓，脈壓，體質指數，腰圍，總膽固醇，低密度脂蛋白膽固醇，甘油三酯和高密度脂蛋白膽固醇；

(4)確定各個亞表型PRS的權重；

(5)將亞表型PRS的權重轉化為SNP水平的權重；