[發明專利]一種mNGS病原體數據分析方法

有效

• 申請號: 202110362053.8
• 申請日: 2021-04-02
• 公開（公告）號: CN113066533B
• 公開（公告）日: 2023-04-04
• 發明（設計）人: 李川;馬麗娟;侯倩倩;舒小婷;魏少華
• 申請（專利權）人: 歐蒙醫學診斷（中國）有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16H50/70
• 代理公司: 北京市金杜律師事務所 11256
• 代理人: 孟凡宏

本發明提供了一種宏基因組二代測序mNGS數據分析的方法，其包括如下步驟：1)樣本核酸提取、建庫測序；2)數據處理；3)計算RPM(Micro)、RPM(Micro)subgt;比例/subgt;、覆蓋度、深度、離散度、微生物豐度、屬內豐度等，NTC過濾；4)顯著性分析：將計算結果與背景庫比較，以確認是否為背景微生物；5)病原體置信度判斷(Species?Reads數、種豐度、屬內豐度、覆蓋度等)，確定可能致病微生物。本發明還涉及了所述分析方法在感染性疾病病原體鑒定中的應用。

技術領域

本發明涉及一種宏基因組二代測序mNGS數據分析的方法或系統，及其在感染性疾病病原體數據分析中的用途。

背景技術

感染性疾病是危重患者死亡的主要原因。病原學鑒定是感染性疾病診斷中最重要的環節。傳統的病原體鑒定方法包括培養分離、形態學檢測、生化檢測、免疫學檢測以及核酸檢測(例如PCR檢測)，是針對一種或幾種病原體目標性的鑒別。宏基因組二代測序(metagenomics?next?generation?sequencing,mNGS)直接對樣本中的核酸進行高通量測序然后與數據庫進行比對分析，通過核酸序列信息判斷病原體種類，能廣泛覆蓋病原體，只要是數據庫中的物種都能覆蓋，不需要預先猜測可能的病原體。

mNGS在感染性疾病中的應用最早是在中樞神經系統感染中(1：Wilson?MR,Naccache?SN,Samayoa?E,et?al.Actionable?diagnosis?of?neuroleptospirosis?bynext-generation?sequencing[J].N?Engl?J?Med,2014,370(25):2408-2417.DOI:10.1056/NEJMoa1401268.2：Brown?JR,Bharucha?T,Breuer?J.Encephalitis?diagnosisusing?metagenomics:application?of?next?generation?sequencing?for?undiagnosedcases[J].J?Infect,2018,76(3):225-240.DOI:10.1016/j.jinf.2017.12.014)。

中樞神經系統感染的特征不明確，和自免腦炎、腦腫瘤等疾病外在表現相似難以區分；此外，細菌、真菌、病毒感染雖然生化指標有一定的提示作用，但仍然難以判斷具體的感染病原體。mNGS對于這種疑難感染的鑒定分析有著很大優勢，比如2017年華山醫院張文宏團隊確診了豬皰疹病毒的跨物種傳播導致的腦炎(Ai?JW,Weng?SS,Cheng?Q,etal.Human?endophthalmitis?caused?by?pseudorabies?virus?infection,China,2017[J].Emerg?Infect?Dis,2018,24(6):1087-1090.DOI:10.3201/eid2406.171612.)；2018年報道了深圳的一例mNGS確診的罕見阿米巴腦炎(Wang?Q,Li?J,Ji?J,et?al.A?case?ofNaegleria?fowleri?related?primary?amoebic?meningoencephalitis?in?Chinadiagnosed?by?next-generation?sequencing[J].BMC?infectious?diseases,2018,18(1),349.DOI:10.1186/s12879-018-3261-z)。