[發(fā)明專利]玉米耐鹽性相關(guān)的ZmNF-YA8基因SNP標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110356430.7
• 申請日: 2021-04-01
• 公開（公告）號: CN113005217B
• 公開（公告）日: 2022-05-27
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 徐妙云;王磊;朱明;靳禮安;邢利娟
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京誠呈知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11883
• 代理人: 楊凌波

本發(fā)明公開了一種玉米耐鹽性相關(guān)的ZmNF?YA8基因SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。所述SNP位點(diǎn)位于ZmNF?YA8基因的3’UTR下游5183bp處，存在兩種等位變異：CC和TT基因型；與CC基因型相比，含有TT基因型的玉米自交系苗期耐鹽性顯著增強(qiáng)。通過選擇該標(biāo)記位點(diǎn)的有利等位變異選擇耐鹽性高的玉米材料，可縮短耐鹽玉米材料的培育年限。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物育種技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及玉米耐鹽性相關(guān)的ZmNF-YA8基因SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

土壤鹽堿化趨勢在世界范圍內(nèi)不斷擴(kuò)展，嚴(yán)重限制了農(nóng)作物的生長，已經(jīng)成為制約農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的重要因素。耕地鹽堿化程度的逐年加劇嚴(yán)重影響了玉米的產(chǎn)量和品質(zhì)，為提高在鹽堿化土地上玉米的生物產(chǎn)量，進(jìn)行玉米的耐鹽育種十分必要。

研究和生產(chǎn)實(shí)踐表明，玉米耐鹽性狀是一個(gè)復(fù)雜的數(shù)量性狀，不同玉米自交系間耐鹽性存在顯著的基因型差異。玉米中響應(yīng)鹽脅迫機(jī)理復(fù)雜，對育種實(shí)踐具有較高利用價(jià)值的關(guān)鍵基因挖掘工作仍然很有限。

全基因組關(guān)聯(lián)分析是一種基于連鎖不平衡鑒定自然群體中表型性狀與遺傳標(biāo)記之間關(guān)系的分析方法，是挖掘優(yōu)良等位基因的有效途徑。隨著玉米全基因組數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的公布，以及芯片技術(shù)的發(fā)展，許多SNP分子標(biāo)記應(yīng)運(yùn)而生，關(guān)聯(lián)分析也已經(jīng)廣泛應(yīng)用于解析玉米復(fù)雜性狀的遺傳基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)的連鎖分析相比，關(guān)聯(lián)分析可以利用自然群體結(jié)合基因型和表型快速定位性狀的遺傳位點(diǎn)，具有高分辨率、檢測變異數(shù)目多等優(yōu)點(diǎn)。通過在全基因組水平上挖掘玉米抗鹽相關(guān)基因、開發(fā)功能標(biāo)記等可以加快玉米植株耐鹽品種的創(chuàng)制。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種玉米耐鹽性相關(guān)的ZmNF-YA8基因SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。

本發(fā)明在明確了玉米ZmNF-YA8基因?qū)梢蕴岣哂衩啄望}性的基礎(chǔ)上，對216份玉米關(guān)聯(lián)群體的自交系進(jìn)行苗期耐鹽性鑒定，并運(yùn)用ZmNF-YA8基因上下游約10k的區(qū)間在自然關(guān)聯(lián)群體自交系中存在的SNP位點(diǎn)，與苗期高鹽脅迫存活率進(jìn)行候選基因關(guān)聯(lián)分析，挖掘出ZmNF-YA8基因下游上一個(gè)SNP位點(diǎn)與耐鹽性性狀顯著相關(guān)。

一種玉米耐鹽性相關(guān)的ZmNF-YA8基因SNP標(biāo)記，所述SNP位點(diǎn)位于ZmNF-YA8基因的3’UTR區(qū)下游，有一個(gè)位點(diǎn)，存在兩種等位變異：CC和TT基因型。

與CC基因型相比，含有TT基因型的玉米自交系苗期耐鹽性顯著增強(qiáng)。

所述玉米耐鹽性相關(guān)的ZmNF-YA8基因SNP標(biāo)記在篩選耐鹽玉米中的應(yīng)用。

一種用于鑒定耐鹽玉米ZmNF-YA8基因SNP標(biāo)記的引物，所述引物的上下游引物核酸序列如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。

一種含有所述引物用于檢測耐鹽玉米的試劑盒。

一種耐鹽玉米的檢測方法，對待檢測樣品的基因組檢測所述的SNP標(biāo)記，若檢測為TT基因型，則所述樣品為耐鹽玉米。

所述待檢測樣品包括適宜于有性繁殖、無性繁殖或可再生的細(xì)胞的組織培養(yǎng)的材料。

所述適宜于有性繁殖的材料，如選自花粉、子房、胚珠等。

所述適宜于無性繁殖的材料如可以選自根、莖、原生質(zhì)體等。

所述適宜于可再生的細(xì)胞的組織培養(yǎng)的材料如可以選自葉、花粉、胚、子葉、下胚軸、幼胚、分生組織細(xì)胞、根、根端、花藥、花、種子和莖等。

進(jìn)一步地，所述檢測可以包括測序、PCR、雜交等。

本發(fā)明還提供了一種耐鹽玉米育種方法，挑選出上述的所述SNP標(biāo)記為TT基因型的玉米進(jìn)行雜交繁殖。

利用本發(fā)明的SNP標(biāo)記進(jìn)行耐鹽玉米輔助育種，能夠早期篩選目標(biāo)玉米，具有節(jié)省時(shí)間、成本低廉等優(yōu)點(diǎn)。