[發(fā)明專利]一種基因測(cè)序方法和裝置

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110353942.8
• 申請(qǐng)日: 2021-04-01
• 公開（公告）號(hào): CN112992270A
• 公開（公告）日: 2021-06-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 崔坤磊
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 山東英信計(jì)算機(jī)技術(shù)有限公司
• 主分類號(hào): G16B30/00
• 分類號(hào): G16B30/00;G16B50/30
• 代理公司: 北京連和連知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11278
• 代理人: 劉小峰;陳黎明

1.一種基因測(cè)序方法，其特征在于，包括執(zhí)行以下步驟：

基于參數(shù)文件創(chuàng)建項(xiàng)目目錄樹并在所述項(xiàng)目目錄樹中生成具有多個(gè)分析任務(wù)作業(yè)的作業(yè)流；

獲取基因測(cè)序數(shù)據(jù)，并基于所述參數(shù)文件在所述作業(yè)流中依次調(diào)用每個(gè)所述分析任務(wù)來處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

響應(yīng)于有分析任務(wù)在處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)請(qǐng)求調(diào)用應(yīng)用軟件，而允許所述分析任務(wù)基于所述參數(shù)文件從應(yīng)用軟件平臺(tái)調(diào)用所述應(yīng)用軟件以處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

響應(yīng)于有分析任務(wù)或所述應(yīng)用軟件在處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)請(qǐng)求調(diào)用測(cè)序參考數(shù)據(jù)，而允許所述分析任務(wù)或所述應(yīng)用軟件基于所述參數(shù)文件從數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)調(diào)用所述測(cè)序參考數(shù)據(jù)以處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

響應(yīng)于有分析任務(wù)完成并輸出臨時(shí)結(jié)果，而將所述臨時(shí)結(jié)果輸入所述作業(yè)流中的下一個(gè)分析任務(wù)以繼續(xù)處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)直到獲得基因測(cè)序結(jié)果。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，還包括：

響應(yīng)于有分析任務(wù)在處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)發(fā)生中斷，而獲取在中斷時(shí)生成的任務(wù)狀態(tài)信息和錯(cuò)誤信息；

響應(yīng)于接收到使發(fā)生報(bào)錯(cuò)中斷的所述作業(yè)流繼續(xù)執(zhí)行的指示，而基于所述任務(wù)狀態(tài)信息和所述錯(cuò)誤信息在中斷位置重新執(zhí)行所述分析任務(wù)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述參數(shù)文件包括工程名、工程類型、和工程主目錄；基于參數(shù)文件創(chuàng)建項(xiàng)目目錄樹包括：基于所述工程名、所述工程類型、和所述工程主目錄創(chuàng)建所述項(xiàng)目目錄樹。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述工程主目錄包括中間數(shù)據(jù)、結(jié)果輸出、命令腳本、和監(jiān)控日志；

基于參數(shù)文件在所述項(xiàng)目目錄樹中生成具有多個(gè)分析任務(wù)作業(yè)的作業(yè)流包括：使每個(gè)所述分析任務(wù)的所述中間數(shù)據(jù)、所述結(jié)果輸出、所述命令腳本、和所述監(jiān)控日志均存儲(chǔ)在所述項(xiàng)目目錄樹的所述工程主目錄中。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，基于所述參數(shù)文件在所述作業(yè)流中依次調(diào)用每個(gè)所述分析任務(wù)來處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)包括：

基于所述工程主目錄中的所述命令腳本在所述作業(yè)流中依次調(diào)用每個(gè)所述分析任務(wù)，其中所述命令腳本聲明了多個(gè)所述分析任務(wù)之間的數(shù)據(jù)處理順序。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述參數(shù)文件包括多個(gè)所述應(yīng)用軟件的調(diào)用參數(shù)；

允許所述分析任務(wù)基于所述參數(shù)文件從應(yīng)用軟件平臺(tái)調(diào)用所述應(yīng)用軟件包括：基于所述調(diào)用參數(shù)確定所述應(yīng)用軟件是否可用、以及所述應(yīng)用軟件啟動(dòng)時(shí)的必要配置。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述參數(shù)文件包括多個(gè)測(cè)序參考數(shù)據(jù)組的名稱、編號(hào)、和引用目錄；

允許所述分析任務(wù)或所述應(yīng)用軟件基于所述參數(shù)文件從數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)調(diào)用所述測(cè)序參考數(shù)據(jù)包括：基于被調(diào)用的所述測(cè)序參考數(shù)據(jù)確定所在的所述測(cè)序參考數(shù)據(jù)組，并通過訪問所述測(cè)序參考數(shù)據(jù)組的所述引用目錄來獲取所述測(cè)序參考數(shù)據(jù)。

8.一種基因測(cè)序裝置，其特征在于，包括：

處理器；和

存儲(chǔ)器，存儲(chǔ)有所述處理器可運(yùn)行的程序代碼，所述程序代碼在被運(yùn)行時(shí)依次執(zhí)行以下步驟：

基于參數(shù)文件創(chuàng)建項(xiàng)目目錄樹并在所述項(xiàng)目目錄樹中生成具有多個(gè)分析任務(wù)作業(yè)的作業(yè)流；

獲取基因測(cè)序數(shù)據(jù)，并基于所述參數(shù)文件在所述作業(yè)流中依次調(diào)用每個(gè)所述分析任務(wù)來處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

響應(yīng)于有分析任務(wù)在處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)請(qǐng)求調(diào)用應(yīng)用軟件，而允許所述分析任務(wù)基于所述參數(shù)文件從應(yīng)用軟件平臺(tái)調(diào)用所述應(yīng)用軟件以處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

響應(yīng)于有分析任務(wù)或所述應(yīng)用軟件在處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)請(qǐng)求調(diào)用測(cè)序參考數(shù)據(jù)，而允許所述分析任務(wù)或所述應(yīng)用軟件基于所述參數(shù)文件從數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)調(diào)用所述測(cè)序參考數(shù)據(jù)以處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

響應(yīng)于有分析任務(wù)完成并輸出臨時(shí)結(jié)果，而將所述臨時(shí)結(jié)果輸入所述作業(yè)流中的下一個(gè)分析任務(wù)以繼續(xù)處理所述基因測(cè)序數(shù)據(jù)直到獲得基因測(cè)序結(jié)果。