[發明專利]一種青蒿素抗瘧作用靶基因的篩選方法

有效

• 申請號: 202110303165.6
• 申請日: 2021-03-22
• 公開（公告）號: CN113130000B
• 公開（公告）日: 2022-09-16
• 發明（設計）人: 孫軍
• 申請（專利權）人: 同濟大學
• 主分類號: G16B15/30
• 分類號: G16B15/30;C12Q1/6893
• 代理公司: 上海科盛知識產權代理有限公司 31225
• 代理人: 褚明偉

1.一種青蒿素抗瘧作用靶基因的篩選方法，其特征在于，包括以下步驟：

建立瘧原蟲感染紅細胞不同時期蟲體對青蒿素作用不同時間的反應效果的單細胞測序后的降維展示的UMAP圖；

將候選瘧原蟲基因定位于UMAP圖，根據其定位，推測其作為青蒿素靶基因的可能性；

如果其分布與感染18小時蟲體分布達到90％以上重疊，不包括90％，可推測其作為青蒿素靶基因的可能性較大，

如果其分布與感染18小時的蟲體分布區有60-90％重疊，包括60％以及90％，則推測其可能存在一定靶向關系，但較弱，作為青蒿素靶基因；

如果其分布與感染18小時蟲體分布60％以下重疊，不包括60％，則推定認為該候選瘧原蟲基因與青蒿素沒有靶向關系，不能作為青蒿素靶基因；

所述可能性較大是指其作為青蒿素靶基因的概率大于60％；

所述可能存在一定靶向關系，但較弱是指候選瘧原蟲基因作為青蒿素靶基因的概率為1％-60％之間；

該候選瘧原蟲基因與青蒿素沒有靶向關系是指選瘧原蟲基因作為青蒿素靶基因的概率小于1％。

2.根據權利要求1所述的一種青蒿素抗瘧作用靶基因的篩選方法，其特征在于，所述建立瘧原蟲感染紅細胞6h、12h、18h、24h、36h和42h不同時期蟲體對青蒿素作用不同時間0h、3h、9h和24h的反應效果的單細胞測序后的降維展示的UMAP圖。

3.根據權利要求1所述的一種青蒿素抗瘧作用靶基因的篩選方法，其特征在于，建立瘧原蟲感染紅細胞不同時期蟲體對青蒿素作用不同時間的反應效果的單細胞測序后的降維展示的UMAP圖的方法包括以下步驟：

1)瘧原蟲感染小鼠模型建立；

2)在瘧原蟲感染小鼠的蟲體收獲期收獲蟲體：

3)利用流式分選儀分選純化瘧原蟲；

4)單細胞測序分析；

5)各期marker genes的選擇參見下表：

對于瘧原蟲Plasmodium yoelii，選用表1各感染期對映的標記基因，對于其它瘧原蟲種類，可通過此表找出對應同源基因即可；

6)根據分析結果，做出UMAP圖。

4.根據權利要求3所述的一種青蒿素抗瘧作用靶基因的篩選方法，其特征在于，步驟1)中瘧原蟲感染小鼠模型建立的方式包括：

利用帶熒光標記的瘧原蟲株感染小鼠；或，

用不帶熒光標記瘧原蟲感染小鼠，通過熒光染料染色后，利用流式分選儀分選純化瘧原蟲。

5.根據權利要求3所述的一種青蒿素抗瘧作用靶基因的篩選方法，其特征在于，步驟2)中在瘧原蟲感染小鼠的蟲體收獲期收獲蟲體包括：(1)瘧原蟲早期較多的混合群；(2)瘧原蟲發育后期較多的混合群；(3)瘧原蟲發育早期和瘧原蟲發育后期蟲體數量相當的混合群。

6.根據權利要求3所述的一種青蒿素抗瘧作用靶基因的篩選方法，其特征在于，步驟3)中利用流式分選儀分選純化瘧原蟲的過程中，收獲細胞時，收集液中要保持一定量的胎牛血清。

7.根據權利要求6所述的一種青蒿素抗瘧作用靶基因的篩選方法，其特征在于，步驟3)中利用流式分選儀分選純化瘧原蟲的過程中，收獲細胞時，保證血清終濃度在10％以下。