[發明專利]一種疾病蛋白質生物標志物鑒定方法

有效

• 申請號: 202110297187.6
• 申請日: 2021-03-19
• 公開（公告）號: CN115112778B
• 公開（公告）日: 2023-08-04
• 發明（設計）人: 劉曉慧;熊悅婷;楊芃原
• 申請（專利權）人: 復旦大學
• 主分類號: G01N30/02
• 分類號: G01N30/02;G01N30/06;G01N30/32;G01N30/34;G01N30/72;G01N30/86;G01N33/68;G16B20/00;G16B40/00
• 代理公司: 上海科盛知識產權代理有限公司 31225
• 代理人: 褚明偉

本發明涉及一種疾病蛋白質生物標志物鑒定方法，包括以下步驟：S1、針對單一或復雜疾病篩選候選蛋白；S2、通過確認疾病靶蛋白，進而預測靶肽段以及其保留時間和可檢出性；S3、通過預測靶肽段以及其保留時間和可檢出性信息構建靶向蛋白組學方法列表；S4、進行靶向蛋白組學驗證。與現有技術相比，本發明的方法可用于復雜疾病相關蛋白的獨特性肽段篩選、保留時間預測以及可檢出性信息獲取，在大規模樣本集中同時有效地精確測量大量候選蛋白質標志物。采用本發明的方法，一次PRM分析(60min)可同時采集300?400條靶肽段，極大地縮短了時間成本與經濟成本，說明該方法極其適用于復雜疾病成百上千候選標志物的驗證工作，具有廣泛適用性。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，尤其是涉及一種疾病蛋白質生物標志物鑒定方法。

背景技術

隨著質譜技術的快速發展，蛋白質組學研究產生了數以千計的候選蛋白標志物(Polanski?M,Anderson?N?L.A?List?of?Candidate?Cancer?Biomarkers?for?TargetedProteomics[J].Biomarker?Insights,2006,1(2):1-48.；Lee?B?T?K,Liew?L,Lim?J,etal.Candidate?List?of?yoUr?Biomarker(CLUB):A?Web-based?Platform?to?Aid?CancerBiomarker?Research[J].Biomarker?insights,2008,3(3):65-71.)。遺憾的是，寥寥無幾的候選標志物能成功轉化為FDA批準的臨床標志物(Anderson?N?L.The?Clinical?PlasmaProteome:A?Survey?of?Clinical?Assays?for?Proteins?in?Plasma?and?Serum[J].Clinical?Chemistry,2010,56(2):177.；Anderson,Leigh.Six?decades?searching?formeaning?in?the?proteome[J].Journal?of?Proteomics,2014,107:24-30.)。一個重要的原因是缺乏強大的蛋白質定量工具，無法在大規模樣本集中同時有效地精確測量大量候選蛋白質標志物。

近年來，靶向蛋白質組學技術已成為一種功能強大的蛋白質定量工具，諸如選擇反應監測(Selected?Reaction?Monitoring，SRM)，多反應監測(Multiple?ReactionMonitoring，MRM)以及平行反應監測(Parallel?Reaction?Monitoring，PRM)之類的靶向蛋白質組學方法越來越受歡迎，因為它們可以對預先選擇的蛋白質進行靈敏而快速的分析(Shi?T,Song?E,Nie?S,et?al.Advances?in?targeted?proteomics?and?applications?tobiomedical?research[J].other,2016,16(15-16).；Peterson?A?C,Russell?J?D,BaileyD?J,et?al.Parallel?Reaction?Monitoring?for?High?Resolution?and?High?MassAccuracy?Quantitative,Targeted?Proteomics[J].MolecularCellular?ProteomicsMcp,2012,11(11):1475.；Picotti?P,Aebersold?R.Selected?reaction?monitoring-based?proteomics:workflows,potential,pitfalls?and?future?directions[J].NatureMethods,2012,9(6):555.)。然而，SRM和MRM兩種方法都需要根據先前的實驗、科學文獻或以往的知識來預先選擇目標蛋白的目標肽段和最佳母子離子，優化分析參數，而后進行分析檢測與定量蛋白質。