[發(fā)明專利]一種華山松基因組SNP的開發(fā)方法和應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110290767.2
• 申請日: 2021-03-18
• 公開（公告）號: CN113151542B
• 公開（公告）日: 2023-05-05
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 辛培堯;曹正英;王正德;葉鵬;劉成;王飛;辛靜;董章宏;瞿紹宏
• 申請（專利權(quán)）人: 西南林業(yè)大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;G16B20/20
• 代理公司: 西安合創(chuàng)非凡知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 61248
• 代理人: 黃海紅

本發(fā)明涉及基因領(lǐng)域，具體涉及一種華山松基因組SNP的開發(fā)方法及應(yīng)用，以SLAF?seq技術(shù)為核心，對209份華山松優(yōu)良單株進行多態(tài)性SNP標記開發(fā)，共獲得了3469074個SNP標記；經(jīng)GWAS關(guān)聯(lián)分析后，獲得了與胸徑相關(guān)的SNP位點6個，與樹高相關(guān)的SNP位點7個，利用SNP的序列在NCBI數(shù)據(jù)庫進行Blast比對之后，發(fā)現(xiàn)2個基因可能與胸徑生長相關(guān)，分別為SNP?Marker227806位點相近的與纖維素合成相關(guān)的CesA2基因，以及Marker227806位點相近的與木質(zhì)素合成相關(guān)的CCoAOMT基因，為華山松育種性狀的遺傳機理及分子標記選擇奠定了理論基礎(chǔ)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因領(lǐng)域，具體涉及一種華山松基因組SNP的開發(fā)方法和應(yīng)用。

背景技術(shù)

華山松( Pinus?armandii?Franch.)系松科(Pinaceae)，松屬( Pinus)單維管束亞屬的高大喬木植物，是我國特有的五針松高大喬木、同時也是高海拔地區(qū)重要的造林樹種之一。由于其生長周期較長、基因組高度雜合以及多種因素的影響，使得華山松在基因組學(xué)分子標記輔助選擇方面的研究相對滯后。

發(fā)明內(nèi)容

為解決上述問題，本發(fā)明提供了一種華山松基因組SNP的開發(fā)方法和應(yīng)用。

為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采取的技術(shù)方案為：

一種華山松基因組SNP的開發(fā)方法，包括如下步驟：

S1、以?SLAF-seq技術(shù)為核心，對209份華山松優(yōu)良單株進行多態(tài)性?SNP標記開發(fā)，用EcoRV-HF?+ScaI-HF?酶來構(gòu)建簡化基因組測序文庫，最后在?IlluminaHiSeq2500system上測序，得到SLAF標簽，用軟件BWA把測序得到的reads進行比對，以次等位基因頻率（MAF）和位點完整度為依據(jù)，過濾掉MAF5%和完整度小于80%的低質(zhì)量SNPs，而后結(jié)合GATK和SAMTOOLS軟件作為開發(fā)?SNP標記的方法，共獲得了?3469074?個?SNP標記；

S2、利用開發(fā)的華山松基因組?SNP，對表型樹高（Height）和胸徑（DBH）性狀進行GWAS分析，采用GLM模型獲得了與胸徑相關(guān)的?SNP位點?6?個，與樹高相關(guān)的SNP位點7個，利用SNP的序列在NCBI數(shù)據(jù)庫進行?Blast比對之后，發(fā)現(xiàn)2?個基因可能與胸徑生長相關(guān)，分別為SNPMarker227806?位點相近的與纖維素合成相關(guān)的 CesA2基因（登錄號：AC241331.1），以及Marker227806?位點相近的與木質(zhì)素合成相關(guān)的 CCoAOMT基因（登錄號：AC241331.1）。

所述?SNPMarker227806可用于挑選華山松優(yōu)良單株。

本發(fā)明首次開發(fā)了華山松基因組?SNP?3469074?個，獲得與胸徑、樹高性狀相關(guān)聯(lián)的?SNP?標記?13?個，2?個候選基因 CesA2和 CCoAOMT，為華山松育種性狀的遺傳機理及分子標記選擇奠定了理論基礎(chǔ)。

附圖說明

圖1為本發(fā)明的技術(shù)路線圖。

圖2為信息分析流程圖。

圖?3為DNA?提取部分結(jié)果圖。

圖?4為華山松測序質(zhì)量分布圖。

圖?5為華山松堿基分布圖。