[發(fā)明專利]鑒別內(nèi)蒙古地區(qū)主栽棗品種的SNP分子標(biāo)記引物及標(biāo)記方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110271567.2
• 申請日: 2021-03-12
• 公開（公告）號: CN113234845B
• 公開（公告）日: 2023-03-24
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 哈布爾;王思冉;白玉娥;包文泉
• 申請（專利權(quán)）人: 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 上海申蒙商標(biāo)專利代理有限公司 31214
• 代理人: 周宇凡

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，尤其是一種鑒別內(nèi)蒙古地區(qū)主栽棗品種的SNP分子標(biāo)記引物及標(biāo)記方法，其特征在于：該SNP分子標(biāo)記用于鑒別“蒙棗1號”、“蒙棗2號”、“蒙棗3號”，該SNP分子標(biāo)記引物的序列為：正向引物Mogsnp1?F：AGTGGTGGTTTGAAGTTGGAGT；反向引物：Mogsnp1?R：GAAGAAGATCATCGACGCAGTT；基于DNA堿基的INDEL（插入/缺失）或SNP位點(diǎn)的特異性對棗品種進(jìn)行鑒定，為解決內(nèi)蒙古地區(qū)主栽棗品種的識別提供了快速、準(zhǔn)確、有效的分子手段，有利于解決該地區(qū)棗種質(zhì)混雜栽培的問題，為該地區(qū)棗栽培、經(jīng)營、管理提供技術(shù)依據(jù)。本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)是：大大提高了檢測速度和效率，并且有效保證檢測精度和PCR擴(kuò)增的穩(wěn)定性。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，尤其是一種鑒別內(nèi)蒙古地區(qū)主栽棗品種的SNP分子標(biāo)記引物及標(biāo)記方法。

背景技術(shù)

棗（ZiziphusjujubaMill.）是鼠李科（Rhamnaceae）棗屬（Ziziphus Mill.）落葉小喬木，其葉片、果核、果實(shí)、樹皮、根部、刺兒等可制成藥品。棗抗性強(qiáng)、耐貧瘠，喜干燥氣候，根系發(fā)達(dá)，萌蘗能力強(qiáng)，常用于盆景制作、植物配置等園林綠化方面。棗果集觀賞、藥用、蜜源植物于一身，可食用，亦可藥用，含多糖、類黃酮、皂莢等多種生物活性物質(zhì)，具預(yù)防過敏、抗腫瘤、保肝減脂等多種藥理功效，兼具生態(tài)效益和經(jīng)濟(jì)價值。

目前，我國對棗樹資源的研究利用已取得較大進(jìn)展，但仍然存在一些問題，如棗遺傳多樣性丟失問題、抗病能力差、果實(shí)抗裂性差等，與此同時在長期栽培實(shí)踐中，產(chǎn)生種類繁多的品種及變型，并且生長環(huán)境又相似，使其具有相似的形態(tài)特征等原因，生產(chǎn)及市場上常有棗品種同物異名或同名異物現(xiàn)象。尤其內(nèi)蒙古地區(qū)最新選育的“蒙棗1號”、“蒙棗2號”、“蒙棗3號”主栽棗品種，由于其樹型、葉型、果型極其相似，難以鑒別，從而在生產(chǎn)實(shí)踐中常常出現(xiàn)同名異物現(xiàn)象。這嚴(yán)重影響了棗果園的管理、采收和產(chǎn)量。因此，在市場流通時需要準(zhǔn)確辨別“蒙棗1號”、“蒙棗2號”、“蒙棗3號”棗品種，指導(dǎo)棗果園的經(jīng)營管理，對內(nèi)蒙古地區(qū)棗產(chǎn)業(yè)的健康發(fā)展具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。

目前，對內(nèi)蒙古地區(qū)主栽棗品種“蒙棗1號”、“蒙棗2號”、“蒙棗3號”的鑒定主要通過傳統(tǒng)的形態(tài)特征鑒別法來完成，而傳統(tǒng)鑒定方法需要4-5年的生長周期，并且易受環(huán)境的影響，不利于推廣。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是根據(jù)上述現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供了一種鑒別內(nèi)蒙古地區(qū)主栽棗品種的SNP分子標(biāo)記引物及標(biāo)記方法，通過SNP分子標(biāo)記引物的設(shè)計，篩選DNA堿基的INDEL和特異SNP位點(diǎn)的多寡，利用6個特異SNP位點(diǎn)對內(nèi)蒙古主栽棗品種進(jìn)行鑒別，大大提高了檢測速度和效率，并且有效保證檢測精度。

本發(fā)明目的實(shí)現(xiàn)由以下技術(shù)方案完成：

一種鑒別內(nèi)蒙古地區(qū)主栽棗品種的SNP分子標(biāo)記引物，其特征在于：該SNP分子標(biāo)記用于鑒別“蒙棗1號”、“蒙棗2號”、“蒙棗3號”，該SNP分子標(biāo)記引物的序列為：正向引物Mogsnp1-F：AGTGGTGGTTTGAAGTTGGAGT；反向引物：Mogsnp1-R：GAAGAAGATCATCGACGCAGTT。

一種涉及前述 鑒別內(nèi)蒙古地區(qū)主栽棗品種的SNP分子標(biāo)記引物的分子標(biāo)記方法，其特征在于：該分子標(biāo)記方法包括以下步驟：

1）分別采集“蒙棗1號”、“蒙棗2號”、“蒙棗3號”這三個棗品種的幼葉在零下一定溫度進(jìn)行保存，并通過幼葉提取三個棗品種的總基因組DNA；

以所提取的三個棗品種的總基因組DNA為模板進(jìn)行所述SNP分子標(biāo)記引物的PCR擴(kuò)增反應(yīng)；

對成功擴(kuò)增的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行純化、測序，并比對所測序列。