[發(fā)明專利]一種循環(huán)腫瘤DNA中HER2基因異常擴(kuò)增的檢測(cè)方法及其應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110240984.0
• 申請(qǐng)日: 2021-03-04
• 公開（公告）號(hào): CN115011673A
• 公開（公告）日: 2022-09-06
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 杜冀暉;王紀(jì)東;劉厚聰;周和凱
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 華中科技大學(xué)協(xié)和深圳醫(yī)院
• 主分類號(hào): C12Q1/6851
• 分類號(hào): C12Q1/6851;C12Q1/6886;C12N15/11;C12N1/34;C12N1/00
• 代理公司: 北京品源專利代理有限公司 11332
• 代理人: 潘登

1.一種用于擴(kuò)增人外周血循環(huán)腫瘤DNA中HER2基因的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括：

擴(kuò)增HER2基因的特異性引物對(duì)和探針、擴(kuò)增參比基因的特異性引物對(duì)和探針和標(biāo)準(zhǔn)品。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于，所述內(nèi)參基因包括CEP17基因。

3.一種循環(huán)腫瘤DNA中HER2基因異常擴(kuò)增的檢測(cè)方法，其特征在于，所述檢測(cè)方法包括：

(1)合成HER2基因和參比基因的特異性擴(kuò)增引物和檢測(cè)探針，并分別構(gòu)建含有所述HER2基因和參比基因的質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品，得到如權(quán)利要求1或2所述的試劑盒；

(2)采用數(shù)字PCR的方法對(duì)所述標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行定量檢測(cè)，得到檢測(cè)循環(huán)腫瘤DNA中HER2基因的反應(yīng)條件；

(3)依據(jù)步驟(2)所得的反應(yīng)條件，檢測(cè)正常對(duì)照樣品和胃癌樣品中HER2基因和參比基因的含量，得到定量檢測(cè)結(jié)果，并將所述HER2基因和參比基因的拷貝數(shù)比值作為異常擴(kuò)增的初定判讀閾值；

(4)比較步驟(3)所得的定量檢測(cè)結(jié)果與病理分型結(jié)果，并進(jìn)行敏感性評(píng)價(jià)和特異性評(píng)價(jià)，得到異常擴(kuò)增的最佳判讀閾值；

(5)檢測(cè)待測(cè)樣品循環(huán)腫瘤DNA中HER2基因和參比基因的含量，并根據(jù)步驟(4)所述的最佳判讀閾值判斷所述待測(cè)樣品循環(huán)腫瘤DNA中HER2基因的擴(kuò)增情況。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的檢測(cè)方法，其特征在于，步驟(1)所述參比基因包括CEP17基因；

優(yōu)選地，步驟(2)中所述反應(yīng)條件包括反應(yīng)溫度、反應(yīng)時(shí)間以及反應(yīng)中使用的物質(zhì)濃度。

優(yōu)選地，步驟(3)中所述胃癌樣品為：經(jīng)免疫組化、FISH確認(rèn)HER2表達(dá)情況的胃癌組織的外周血循環(huán)腫瘤DNA。

5.根據(jù)權(quán)利要求3或4所述的檢測(cè)方法，其特征在于，步驟(4)中所述臨床病理分型結(jié)果包括IHC分型結(jié)果和/或FISH分型結(jié)果。

6.根據(jù)權(quán)利要求3～5任一項(xiàng)所述的檢測(cè)方法，其特征在于，步驟(5)所述待測(cè)樣品循環(huán)腫瘤DNA的提取方法包括：

取外周靜脈血并加入抗凝劑，采用QIAamp通過裂解、結(jié)合、洗滌和洗脫，獲得純化和濃縮游離的循環(huán)腫瘤DNA。

7.根據(jù)權(quán)利要求3～6任一項(xiàng)所述的檢測(cè)方法，其特征在于，步驟(5)中所述判斷的標(biāo)準(zhǔn)為：

所述HER2基因和參比基因的拷貝數(shù)比值小于等于最佳判讀閾值，則所述HER2基因未出現(xiàn)異常擴(kuò)增；

所述HER2基因和參比基因的拷貝數(shù)比值大于最佳判讀閾值，則所述HER2基因出現(xiàn)異常擴(kuò)增。

8.如權(quán)利要求1或2所述的試劑盒或如權(quán)利要求3～7任一項(xiàng)所述的試劑盒在制備用于診斷、治療或預(yù)后監(jiān)測(cè)胃癌的藥物或裝置中的應(yīng)用。

9.一種檢測(cè)循環(huán)腫瘤DNA中HER2基因異常擴(kuò)增的裝置，其特征在于，所述裝置包括：擴(kuò)增單元、檢測(cè)單元和分析單元；

其中，所述擴(kuò)增單元包括如權(quán)利要求1或2所述的試劑盒。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的裝置，其特征在于，所述檢測(cè)單元使用數(shù)字PCR方法對(duì)HER2基因的拷貝數(shù)進(jìn)行定量檢測(cè)；

優(yōu)選地，所述分析單元用于分析所述HER2基因與參比基因的拷貝數(shù)比值，并將所述拷貝數(shù)比值與最佳判讀閾值比較，得到待測(cè)樣品循環(huán)腫瘤DNA中HER2基因的擴(kuò)增情況。