[發明專利]一種基于染色體特異探針的鼠疫耶爾森菌鑒定方法

有效

• 申請號: 202110239688.9
• 申請日: 2021-03-04
• 公開（公告）號: CN112980974B
• 公開（公告）日: 2021-11-23
• 發明（設計）人: 王恒樑;呂宇飛;劉先凱;王東澍;朱力;潘超;馮爾玲
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/04;C12N15/11;C12R1/01
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 張立娜

本發明公開了一種基于染色體特異探針的鼠疫耶爾森菌鑒定方法。本發明提供了用于鑒定或者輔助鑒定鼠疫耶爾森菌的探針組，由SEQ ID No.1至SEQ ID No.97所示的97個探針組成。本發明探針對于未知樣品的測序結果(包括二代或三代)進行檢測，由于采用多達97條特異探針，只要有任何一條探針檢測出來，就可以判定為陽性，檢測出來的探針越多，可信度越高，并且這些探針均勻分布在整個染色體上，從而保證了即使測序質量差及覆蓋度不高的基因組序列，也可以用這些電子探針進行查詢，快速簡便高效地鑒定出該樣品是否攜帶有鼠疫菌。

技術領域

本發明涉及生物技術領域，具體涉及一種基于染色體特異探針的鼠疫耶爾森菌鑒定方法。

背景技術

鼠疫是由鼠疫耶爾森菌引起的人獸共患傳染病。鼠疫菌屬于甲類傳染病致病菌，人通過接觸感染的動物，食入污染的食物或被鼠蚤類動物叮咬等途徑而感染，引起腺鼠疫和致命的肺鼠疫和敗血癥鼠疫。我國地緣遼闊，現有12塊已知的鼠疫自然疫源地，每年基本都會有鼠疫疫情出現，造成社會恐慌，影響我們的正常生產生活。面對頻繁出現并且涉及區域廣泛的鼠疫疫情，選擇快速、準確的鼠疫菌鑒定方法是至關重要的。

傳統的鑒定方法為培養鑒定法，病原體經過培養后利用生化指標進行鑒定，如糖醇酵解試驗及亞硝酸鹽生成試驗、色素沉著試驗等，但耗時耗力。隨著分子生物學的飛速發展，聚合酶鏈式反應技術(PCR)是鼠疫菌檢測的常規技術方法。然而，鼠疫菌是由假結核耶爾森菌進化而來，兩者DNA同源性很高。鼠疫菌攜帶有3個質粒，即pCD1、pMT1和pPCP1，而pCD1質粒為鼠疫菌和假結核菌所共有，pMT1和pPCP1質粒則是鼠疫菌在進化過程中由外源性獲得的，與鼠疫菌的致病性密切相關。這些因素給鼠疫菌分子鑒定帶來很大的障礙。早先用來鑒定的靶標都是使用特有質粒上的序列，在遇到非典型菌株(如質粒丟失的菌株)不能夠有效進行鑒別。還有一些染色體上的引物用來區分這兩種菌，但采用的菌株數目太少，引物特異性有限。

隨著分離的菌株越來越多和測序技術的迅速發展，耶爾森菌屬細菌基因組文庫變得更加繁雜。NCBI中的鼠疫菌基因組數據庫包含了一些非鼠疫菌基因組數據，該數據來自簡單的序列比對，混入了鼠疫菌基因組數據庫中，誤導相關人員進行后續分析。建立一個簡單明確、快速高效的鑒定鼠疫菌的方法是迫切需要的。

發明內容

本發明的目的是提供一種基于染色體特異探針的鼠疫耶爾森菌鑒定方法。

第一方面，本發明要求保護用于鑒定或者輔助鑒定鼠疫耶爾森菌的探針組。

本發明要求保護的用于鑒定或者輔助鑒定鼠疫耶爾森菌的探針組，由如下組成：

探針1：SEQ ID No.1所示單鏈DNA；

探針2：SEQ ID No.2所示單鏈DNA；

探針3：SEQ ID No.3所示單鏈DNA；

探針4：SEQ ID No.4所示單鏈DNA；

探針5：SEQ ID No.5所示單鏈DNA；

探針6：SEQ ID No.6所示單鏈DNA；

探針7：SEQ ID No.7所示單鏈DNA；

探針8：SEQ ID No.8所示單鏈DNA；

探針9：SEQ ID No.9所示單鏈DNA；

探針10：SEQ ID No.10所示單鏈DNA；

探針11：SEQ ID No.11所示單鏈DNA；

探針12：SEQ ID No.12所示單鏈DNA；

探針13：SEQ ID No.13所示單鏈DNA；