[發(fā)明專利]一種新的腦膠質(zhì)瘤分子分型方法

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• 申請?zhí)枺?/td>: 202110231797.6
• 申請日: 2021-03-02
• 公開（公告）號(hào): CN112735537A
• 公開（公告）日: 2021-04-30
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 盧韜源;劉灶渠;李天曉;唐垚;郭德華;段林;劉伊瀅;何艷艷;賀迎坤
• 申請（專利權(quán)）人: 鄭州大學(xué)
• 主分類號(hào): G16B50/00
• 分類號(hào): G16B50/00;G16B20/50;G16B40/00;G16H50/30
• 代理公司: 深圳市蘭鋒盛世知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44504
• 代理人: 李岱

本發(fā)明公開了一種新的腦膠質(zhì)瘤分子分型方法，包括如下步驟：步驟一：收集數(shù)據(jù)，從數(shù)據(jù)庫中獲取基因表達(dá)譜和臨床信息數(shù)據(jù)，從公開數(shù)據(jù)庫收集了四個(gè)獨(dú)立的免疫治療隊(duì)列，包括：①Roh隊(duì)列：抗CTLA?4、抗PD?1治療隊(duì)列；②GSE100797：過繼性T細(xì)胞治療隊(duì)列；③GSE78220：抗PD?1治療隊(duì)列。本發(fā)明通過大量數(shù)據(jù)得到GRI值，不僅可以對不同的患者腦膠質(zhì)瘤分子進(jìn)行劃分，而且提高了腦膠質(zhì)瘤分子劃分的精準(zhǔn)度，方便輔助醫(yī)生對患者進(jìn)行不同類型的劃分，利用不同的治療方式對患者進(jìn)行科學(xué)的治療，提高患者的治療康復(fù)率，解決了傳統(tǒng)腦膠質(zhì)瘤分子分型精準(zhǔn)度低的問題。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及腦膠質(zhì)瘤技術(shù)領(lǐng)域，具體為一種新的腦膠質(zhì)瘤分子分型方法。

背景技術(shù)

腦膠質(zhì)瘤是最常見的顱內(nèi)惡性腫瘤，具有高度的異質(zhì)性，手術(shù)治療輔以放療和化療的標(biāo)準(zhǔn)化方案是當(dāng)前腦膠質(zhì)瘤的主要治療手段，但整體情況仍不理想，預(yù)后極差，特別是膠質(zhì)母細(xì)胞瘤，在體細(xì)胞中，各種機(jī)制引起DNA損傷，進(jìn)而發(fā)生體細(xì)胞突變，使得細(xì)胞基因組不斷變化，各種類型的突變不斷積累，形成一個(gè)個(gè)獨(dú)特的突變積累組合，每種組合即為一種“突變特征”，突變特征系統(tǒng)地表征了導(dǎo)致癌癥的突變積累，并將突變過程與DNA損傷機(jī)制、臨床特點(diǎn)等聯(lián)系起來，為深入分析和掌握腫瘤的分子特征提供了新的機(jī)會(huì)，鑒于此，我們以突變特征著手進(jìn)行研究，從基因組變異的角度提出一種新的腦膠質(zhì)瘤分子分型方法并進(jìn)行初步轉(zhuǎn)化，建立預(yù)測個(gè)體預(yù)后及免疫治療反應(yīng)的評(píng)估體系。

隨著生物信息學(xué)的迅速發(fā)展和分子診斷技術(shù)的興起，精密治療和免疫治療使膠質(zhì)瘤的治療擺脫目前的困境成為可能，將膠質(zhì)瘤分為不同的分子表型，如IDH突變型和IDH野生型膠質(zhì)瘤，1p/19q共缺失和1p/19q完整性膠質(zhì)瘤，積累的證據(jù)表明，IDH突變和1p/19q 共缺失的膠質(zhì)瘤患者對放療和化療相對敏感，預(yù)后良好，然而，這種分類只關(guān)注一種或幾種基因組改變特征，它缺乏全局性的視角，也不能完全顧及膠質(zhì)瘤的高分子異質(zhì)性，因此，有必要對膠質(zhì)瘤的基因組改變進(jìn)行系統(tǒng)的研究，進(jìn)行更加精細(xì)的分型傳統(tǒng)的腦膠質(zhì)瘤分子分型方法的局限性較大，無法精準(zhǔn)的對患者進(jìn)行分類，提升了患者治療的難度。

因此亟需設(shè)計(jì)一種新的腦膠質(zhì)瘤分子分型方法來解決上述問題。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種新的腦膠質(zhì)瘤分子分型方法，以解決上述背景技術(shù)中提出的傳統(tǒng)腦膠質(zhì)瘤分子分型方法精準(zhǔn)度低的問題。

為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供如下技術(shù)方案：一種新的腦膠質(zhì)瘤分子分型方法，包括如下步驟：

步驟一：收集數(shù)據(jù)

從數(shù)據(jù)庫中獲取基因表達(dá)譜和臨床信息數(shù)據(jù)，五個(gè)膠質(zhì)瘤隊(duì)列納入本研究：TCGA-GBMLGG隊(duì)列(n＝892)，三個(gè)CGGA隊(duì)列(mRNA-array (n＝301)，mRNAseq_325(n＝325)和mRNAseq_693(n＝693))和 Rembrandt隊(duì)列(n＝475)，從公開數(shù)據(jù)庫收集了四個(gè)獨(dú)立的免疫治療隊(duì)列，包括：①Roh隊(duì)列：抗CTLA-4、抗PD-1治療隊(duì)列；② GSE100797：過繼性T細(xì)胞治療隊(duì)列；③GSE78220：抗PD-1治療隊(duì)列；④GSE35640：抗MAGE-A3治療隊(duì)列，根據(jù)recistv1.1標(biāo)準(zhǔn)，完全緩解(CR)或部分緩解(PR)患者被視為免疫治療有反應(yīng)者，疾病穩(wěn)定(SD)或疾病進(jìn)展(PD)患者被視為免疫治療無反應(yīng)者，不可評(píng)估(NE)患者則被剔除；

步驟二：突變特征譜

突變特征庫(第二版)聚焦于堿基置換突變，突變點(diǎn)的堿基置換包含六種類型：CA，CG，CT，TA，TC和TG，突變點(diǎn)兩側(cè)(5' 和3'端)各可搭配四種堿基(A、T、C、G)，最終可產(chǎn)生96種可能的突變類型(6種突變位點(diǎn)的堿基替換類型×4種，5'堿基×4種， 3'堿基)，在體細(xì)胞中，各種機(jī)制引起DNA損傷，進(jìn)而發(fā)生體細(xì)胞突變，使得細(xì)胞基因組不斷變化，各種類型的突變不斷積累，最終，在96種突變類型上具有不同的積累，形成一個(gè)個(gè)獨(dú)特的突變積累組合，檢測到的每種組合即為一種“突變特征”；

步驟三：亞型識(shí)別