[發明專利]檢測腫瘤患者的突變和HRD評分指導用藥的方法

在審

• 申請號: 202110226064.3
• 申請日: 2021-03-01
• 公開（公告）號: CN112820351A
• 公開（公告）日: 2021-05-18
• 發明（設計）人: 武欣;楊文婷
• 申請（專利權）人: 江蘇醫聯生物科技有限公司
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50;G16B20/20;G16B40/00;G16H20/10
• 代理公司: 北京盛凡智榮知識產權代理有限公司 11616
• 代理人: 馬婷

本發明涉及一種檢測腫瘤患者的突變和HRD評分指導用藥的方法，基于BAM文件作為輸入文件，對腫瘤組織樣本和其對照白細胞樣本進行檢測，檢測不同樣本類型panel中的HRR通路的突變信息和基因重組修復缺陷導致的大片段的染色體異常HRD，對腫瘤組織樣本進行檢測的步驟包括：1)檢測HRR通路的單核苷酸突變；2)檢測HRR區域的雜合性缺失(LOH)、端粒等位基因失衡(TAI)、大片段狀態轉移(LST)，HRD評分＝LOH、TAI和LST評分的加權后總和。本發明提供的腫瘤患者的突變和HRD評分用藥指導的方法。該方法優化了傳統通過全基因組檢測計算HRD值評分并不利于臨床實效的方法，并且提升了計算速度，檢測效果好，檢測結果準確，可以很好地滿足實際應用的需要。

技術領域

本發明涉及基因檢測技術領域，具體是指檢測腫瘤患者的突變和HRD評分指導用藥的方法。

背景技術

隨著二代測序的技術成熟和經濟成本的下降，基因組測序在醫學領域上得到各種廣泛的應用。以腫瘤的藥物使用和臨床實驗為例，研究人員可以取癌組織或是血漿樣本來研究具有不同生物標志物的癌癥類型對藥物的有效性、癌癥發生轉移的過程機制和產生的標志物、篩查腫瘤早期或是復發的標志物等。

基因具有多種突變類型，單個點突變為單核苷酸突變(SNV)，根據突變發生的時間不同，分為胚系突變和體細胞突變。胚系突變又叫生殖細胞突變，是來源于精子或卵子這些生殖細胞的突變，因此通常身上所有細胞都帶有突變；體細胞突變又叫獲得性突變，是在生長發育過程中或者環境因素影響下后天獲得的突變。不同癌癥類型都會有不同的突變類型特征，目前最常用于組織上體細胞SNV檢測的軟件是GATK-mutect2，胚系突變SNV檢測的軟件是GATK-HaplotypeCaller，該軟件很好的對測序數據做嚴格質量校正，還利用經大量臨床醫學數據訓練出可靠貝葉斯模型和馬爾可夫模型來檢測SNV變異。

HRR基因是負責人類同源重組修復的基因，主要負責修復雙鏈斷裂。當這類基因發生突變或缺失，基因組斷裂不能及時修復，會容易出現以染色體斷裂(LST)、雜合性缺失(LOH)、端粒不穩定(TAI)為主的基因組缺陷癥狀。通過衡量這三個基因組缺陷程度，可以評估HRD的分數。HRD大多數是因為HRR(同源重組修復)途徑中的基因突變導致的。

目前對HRD評分的計算基于采用WGS測序策略。該策略的優點是，可以檢測整個基因組的染色體斷裂、雜合性缺失、端粒不穩定的基因組缺陷癥狀，檢測范圍覆蓋廣泛；但其缺點相當明顯，首先WGS檢測會因數據量和覆蓋范圍限制而導致整體測序深度相對全外顯子或自定義基因集panel檢測的低，并且價格昂貴，不適應在臨床批量應用。但如果以檢測HRR通路突變的自定義基因集作為panel，其檢測深度和相對精度對極大的增加。在HRD評分中，由于檢測覆蓋范圍原因，panel檢測出的HRD相關各指標值會不同于WGS檢測后的計算分值，但在基因組染色體整體判斷預測中，仍有一定的相關性和代表性。對于panel中計算分值有不可避免的偏差，普遍表現為Tel值和LST值顯著比WGS所檢出的值低，TAI值略低。基于WGS中HRD＝Tel+LS+TAI的評分算法，panel的HRD評分相對WGS顯著降低。從而難以將WGS中HRD分值的高低作為參照，直接應用在Panel的HRD評分中，因此也導致無法將WGS中HRD分值高低(＞42)所對應的用藥指導或藥效評估應用在panel檢測后計算的HRD結果中。因此對檢測自定義基因panel中，通過加權處理后，將檢測計算出同WGS樣、有效且可靠的HRD值，以此來判斷基因組缺陷程度及用藥指導的方法，是有利于在臨床中推廣應用的。

發明內容

為解決上述技術問題，本發明提供的技術方案為：針對上述現有技術中存在的問題，本發明的目的在于提供一種可避免出現上述技術缺陷的，在自定義panel中檢測腫瘤患者的突變和HRD指導用藥的方法。

為了實現上述發明目的，本發明提供的技術方案如下：

HRD中LOH、TAI和LST評分panel加權計算檢驗