[發明專利]從離體血清中分析HBV DNA整合事件的系統及方法

有效

• 申請號: 202110224666.5
• 申請日: 2021-03-01
• 公開（公告）號: CN113096735B
• 公開（公告）日: 2023-05-16
• 發明（設計）人: 黃愛龍;陳娟;龍泉鑫;鄧海君
• 申請（專利權）人: 重慶醫科大學
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B20/30
• 代理公司: 北京元本知識產權代理事務所(普通合伙) 11308
• 代理人: 黎昌莉

1.從離體血清樣本中分析HBV?DNA整合事件的系統，其特征在于，所述系統包括數據獲取模塊和數據分析模塊；所述數據獲取模塊基于捕獲測序技術獲得血清樣本高通量測序序列數據；所述數據分析模塊包括數據過濾模塊、高質量序列拼接模塊、序列比對模塊、整合事件鑒定模塊和整合事件注釋分析模塊；

所述數據過濾模塊用于過濾高通量測序得到的序列數據中的低質量序列；采用Trimmomatic軟件，切除序列頭尾堿基質量值小于15的堿基，丟棄平均堿基質量值小于13的序列，丟棄序列長度小于30bp的序列；

所述高質量序列拼接模塊用于將所述數據過濾模塊過濾后的高質量序列進行去冗余，合并完全相同的序列，將去冗余后的序列根據序列之間的overlap拼接成一致性序列片段；

所述序列比對模塊用于利用bwa?mem將所述高質量序列拼接模塊拼接成的一致性序列與人和HBV基因組序列進行比對，比對至人基因組序列和HBV基因組序列，得到初步比對結果；

所述整合事件鑒定模塊用于分析樣本中包含的HBV?DNA整合到人基因組DNA上的整合事件；提取比對結果中，包含斷點clip的比對結果，并且將clip的兩段其中一段比對到人基因組，另一段比對上HBV基因組；

所述整合事件注釋分析模塊用于解析整合事件發生在人類基因組的位置、整合事件發生頻率、整合事件與人基因的關系；利用基因組注釋文件，對整合事件位點進行定位，根據支持整合事件的序列數，計算整合事件發生頻率，根據已報道熱點整合事件，對整合事件進行功能注釋。

2.根據權利要求1所述的系統，其特征在于，所述人基因組序列為decoy序列hs37d5版本。

3.根據權利要求1所述的系統，其特征在于，所述HBV基因組序列為HBVA/B/C/D/E/F/G/H亞型的參考基因組序列的合并序列。

4.根據權利要求1所述的系統，其特征在于，所述整合事件鑒定模塊處理程序包括如下內容：

1)比對中clip的處理；

2)比對中discordant的處理；

3)clip位點兩側含有poly的處理；

4)鄰近breakpoint位點的處理；

5)重復區段的處理。

5.根據權利要求4所述的系統，其特征在于，所述步驟5)包括：

A.選取Hotspot?list中存在的已報道的事件；

B.選取整合發生在基因上的事件；

C.選取在染色體上基因間區比對reads數最多的事件；

D.其他序列上比對reads數最多的事件。

6.根據權利要求1所述的系統，其特征在于，所述數據過濾模塊處理步驟如下：

1)切除序列頭尾堿基質量值小于13的堿基；

2)從序列5’至3’方向，以5bp為窗口滑動，當窗口平均質量值小于15時，切除該窗口至序列3’末位的序列；

3)去掉序列憑借質量值低于15的序列；

4)去掉trim之后序列長度小于30bp的序列。

7.根據權利要求1所述的系統，其特征在于，所述高質量序列拼接模塊處理步驟如下：

1)去冗余，將相同的序列根據數據比對進行合并，得到unique序列；

2)根據參考基因組對所述unique序列進行聚類并拼接得到consensus序列。

8.根據權利要求7所述的系統，其特征在于，所述序列比對模塊用于將所述consensus序列與人類基因組合乙肝病毒基因組進行比對，得到初步比對結果，進行過濾篩選。