[發(fā)明專(zhuān)利]m5c修飾調(diào)節(jié)基因組在制備腫瘤預(yù)后評(píng)估試劑或試劑盒中的應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110147153.9
• 申請(qǐng)日: 2021-02-03
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN112725453B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-07-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 祝鴻程;趙快樂(lè);張軍華;劉明;張致遠(yuǎn);曾怡瑄;李芳芳;翟瑞萍
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6886
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 上海順華專(zhuān)利代理有限責(zé)任公司 31203
• 代理人: 蔣駿杰

1.m5c修飾調(diào)節(jié)基因組在制備腫瘤預(yù)后評(píng)估試劑或試劑盒中的應(yīng)用，其特征在于，該基因組包括NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF；所述腫瘤為肺腺癌。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其特征在于：

其中，所述預(yù)后評(píng)估試劑為檢測(cè)生物樣品中NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF表達(dá)量的試劑，

所述試劑盒包含了檢測(cè)生物樣品中NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF表達(dá)量的試劑。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其特征在于：

其中，所述的檢測(cè)生物樣品中NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF表達(dá)量的試劑，選自：對(duì)各個(gè)基因具有檢測(cè)特異性的PCR引物。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的應(yīng)用，其特征在于：

其中，對(duì)NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF具有檢測(cè)特異性的PCR引物如SEQ ID NO:1～14所示。

5.一種腫瘤預(yù)后評(píng)估試劑盒，其特征在于：所述腫瘤為肺腺癌，所述的預(yù)后評(píng)估試劑盒是由逆轉(zhuǎn)錄系統(tǒng)、引物系統(tǒng)和擴(kuò)增系統(tǒng)組成，所述的引物系統(tǒng)包括如SEQ ID NO.1～14所示的PCR引物。

6.一種腫瘤預(yù)后評(píng)估系統(tǒng)，其特征在于，所述腫瘤為肺腺癌，所述預(yù)后評(píng)估系統(tǒng)包括預(yù)后評(píng)估試劑盒以及安裝在終端載體上的m5c-score模型，

預(yù)后評(píng)估試劑盒如權(quán)利要求5所述；

所述m5c-score模型包括PCA分析模塊、打分提取模塊以及m5c-score計(jì)算模塊，所述PCA分析模塊基于NSUN2、NSUN5、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2和ALYREF的表達(dá)量對(duì)每個(gè)基因進(jìn)行分析；所述打分提取模塊提取每個(gè)基因的PC1和PC2打分；所述m5c-score計(jì)算模塊基于下式計(jì)算樣本的m5c-score：

m5c-score＝∑PC1i+PC2i

其中，i為1～7。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的腫瘤預(yù)后評(píng)估系統(tǒng)，其特征在于：

其中，所述PCA分析模塊通過(guò)R語(yǔ)言prcomp函數(shù)進(jìn)行PCA分析。