[發(fā)明專利]與長白豬總?cè)轭^數(shù)相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用和獲取方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110129387.0
• 申請(qǐng)日: 2021-01-29
• 公開（公告）號(hào): CN112725463B
• 公開（公告）日: 2023-08-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 翁亞煩;趙云翔;郭猛;朱琳;孫昌輝;黃坤;盧飛帆;李俊樂;余鋒平
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 廣西揚(yáng)翔股份有限公司;廣西揚(yáng)翔農(nóng)牧有限責(zé)任公司;廣西揚(yáng)翔豬基因科技有限公司;廣西貴港秀博基因科技股份有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 廣西中知科創(chuàng)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 45130
• 代理人: 牙斐穎

本發(fā)明涉及分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及一種與長白豬總?cè)轭^數(shù)相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用和獲取方法，該SNP分子標(biāo)記通過采集長白豬耳樣，提取DNA并進(jìn)行質(zhì)量檢測，進(jìn)行基因分型得到SNP分型數(shù)據(jù)，獲得?種與長白豬總?cè)轭^數(shù)相關(guān)的分子標(biāo)記，該SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ?ID?NO：1所示，在序列的第101位堿基處存在一個(gè)A/G的等位基因突變，引起所示序列的核苷酸產(chǎn)生多態(tài)性，當(dāng)該核苷酸序列上的第101位核苷酸為G時(shí)，長白豬有更多的總?cè)轭^數(shù)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子生物標(biāo)記技術(shù)和遺傳育種領(lǐng)域，具體涉及一種與長白豬總?cè)轭^數(shù)相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用和獲取方法。

背景技術(shù)

豬乳頭數(shù)性狀屬中等遺傳力(h2)性狀(0.22h20.41)，其數(shù)目與產(chǎn)仔數(shù)有較強(qiáng)的相關(guān)性。(許儒祥,衛(wèi)寧,楊公社,等.豬乳頭數(shù)性狀QTL研究進(jìn)展[J].家畜生態(tài)學(xué)報(bào),2013,34(11):1-5.)該性狀，可以直接影響母豬的泌乳率和仔豬成活率，是育種中遺傳改良的重要指標(biāo)。(周李生,趙為民,涂楓,等.豬乳頭性狀生理學(xué)和遺傳學(xué)研究進(jìn)展[J].遺傳,2019,41(5):384-390.)。產(chǎn)仔數(shù)的遺傳改良已取得實(shí)質(zhì)性進(jìn)展，隨著產(chǎn)仔數(shù)的增加，母豬的奶頭數(shù)量也必須增加，才能夠滿足需求(Felleki?M,Lundeheim?N.Genetic?heteroscedasticityof?teat?count?in?pigs[J].J?Anim?Breed?Genet,2015,132(5):392-8.)。

全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome-wide?association?studies，GWAS)是一種綜合了遺傳學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)，利用全基因組范圍內(nèi)篩選出的高密度的分子標(biāo)記，對(duì)所研究的對(duì)象群體進(jìn)行全基因組范圍內(nèi)的掃描，通過統(tǒng)計(jì)學(xué)方法分析掃描所得的分子標(biāo)記數(shù)據(jù)與表型性狀之間的關(guān)聯(lián)，然后結(jié)合遺傳學(xué)知識(shí)對(duì)表型性狀的遺傳變異或影響表型性狀的相關(guān)候選基因進(jìn)行分析鑒定的方法。(謝健,喻昌燕,許瑤,等.可樂豬乳頭數(shù)性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析[J].中國畜牧獸醫(yī),2016,43(11):2866-2872.)隨著高密度SNP標(biāo)記的高通量檢測技術(shù)的發(fā)展，全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)已成為鑒定畜禽重要經(jīng)濟(jì)性狀基因的重要途徑。(李聰,孫東曉,姜力,等.奶牛重要經(jīng)濟(jì)性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展[J].遺傳,2012,34(5):545-550.)奶頭數(shù)量限制了母豬可以有效哺乳的仔豬數(shù)，Lee?JB等通過全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)，鑒定了影響長白豬和韓國本地豬雜交種群F2中奶頭數(shù)量的SNP標(biāo)記。(Lee?JB,JungEJ,Park?HB,et?al.Genome-wide?association?analysis?to?identify?SNP?markersaffecting?teat?numbers?in?an?F2?intercross?population?between?Landrace?andKorean?native?pigs[J].Mol?Biol?Rep,2014,41(11):7167-73.)

本專利使用412頭長白豬耳樣，提取DNA并進(jìn)行質(zhì)量檢測，由GeneSeek?Porcine50K?SNP高密度芯片進(jìn)行基因分型得到基因型數(shù)據(jù)，使用R語言的MVP包(X?Liu?etal.Iterative?Usage?of?Fixed?and?Random?Effect?Models?for?Powerful?andEfficient?Genome-Wide?Association?Studies[J].Plos?Genetics,2016,12(2):e1005767.；Yin?L,Zhang?H,Tang?Z,et?al.rmvp:A?memory-efficient,visualization-enhanced,and?parallel-accelerated?tool?for?genome-wide?association?study[J].bioRxiv,2020.)，結(jié)合MLM、GLM和FarmCPU模型，篩選出與長白豬總?cè)轭^數(shù)相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，為長白豬總?cè)轭^數(shù)的選擇和提高提供新的分子標(biāo)記，對(duì)豬的育種具有重要意義。本發(fā)明篩選的SNP分子標(biāo)記與長白豬總?cè)轭^數(shù)的相關(guān)性達(dá)到顯著水平，為總?cè)轭^數(shù)性狀的相關(guān)研究提供新的遺傳基礎(chǔ)。

發(fā)明內(nèi)容