[發(fā)明專利]基于全基因組測序篩選的與東蘭烏雞體重、體尺相關(guān)的SNP分子標(biāo)記組合及應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110053159.X
• 申請日: 2021-01-15
• 公開（公告）號: CN112831569B
• 公開（公告）日: 2022-07-05
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 楊秀榮;楊祝良;鄧?yán)^賢
• 申請（專利權(quán)）人: 廣西大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南寧市吉昌知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 45125
• 代理人: 滕藝瓊

本發(fā)明提供了基于全基因組測序篩選的與東蘭烏雞體重、體尺相關(guān)的SNP分子標(biāo)記組合，由68個SNP標(biāo)記組成，它們的信息如表1所示，這些SNP分子標(biāo)記組合可用于東蘭烏雞的分子標(biāo)記輔助育種，在早期可以直接在基因組水平上選育個體，不依賴表型信息，可顯著提高選擇效率，加快育種進(jìn)程，節(jié)省中間飼養(yǎng)費(fèi)用，提高了育種效率，降低了育種成本，具有廣泛的應(yīng)用前景。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，涉及基于全基因組測序篩選的與東蘭烏雞體重、體尺相關(guān)的SNP分子標(biāo)記組合及應(yīng)用。

背景技術(shù)

廣西具有豐富的地方雞種質(zhì)資源，東蘭烏雞，俗稱三烏雞，因羽、肉、骨呈烏黑色而得名。主產(chǎn)于廣西壯族自治區(qū)東蘭縣，是中國特有的肉用、藥用、觀賞兼用型地方優(yōu)良家禽品種之一。東蘭烏雞毛色以全黑為主，片狀羽，少數(shù)頸部有鑲金邊或鑲銀邊的羽毛，個別有鳳頭。單冠直立，冠齒4～7個，公雞冠較大，母雞冠較小，冠、肉髯耳垂、喙、腳呈黑色，皮膚、骨全為烏黑色。東蘭烏雞體型中小型，結(jié)實(shí)緊湊、體態(tài)勻稱、小巧玲瓏、骨骼硬且細(xì)致、肉質(zhì)細(xì)嫩、味鮮，覓食能力強(qiáng)、耐粗飼，生活力強(qiáng)，行動敏捷，適于山區(qū)和丘陵地區(qū)放牧飼養(yǎng)。

體重和體尺性狀是動物遺傳選育中重要的表型性狀，與重要經(jīng)濟(jì)性狀有著密切的關(guān)系，也是衡量雞體健康狀況的標(biāo)志?；铙w重是肉雞上市的重要指標(biāo)，同時，體尺性狀(脛圍、脛長、體斜長等)作為能夠準(zhǔn)確反應(yīng)肉雞體型外觀的量化指標(biāo)，在遺傳選育過程中也具有重要作用。

利用傳統(tǒng)的選育方法，國內(nèi)外已經(jīng)成功地培育了大量的畜禽品種。但是，傳統(tǒng)育種主要憑借育種經(jīng)驗(yàn)依據(jù)表型對后代進(jìn)行選擇，無法對目標(biāo)基因的基因型進(jìn)行直接選擇，因此，選育耗時長，表型的測量復(fù)雜，選擇效率和準(zhǔn)確性較低。目前，將分子生物學(xué)技術(shù)應(yīng)用于育種中，可在分子水平上進(jìn)行育種，通過分子標(biāo)記輔助育種或遺傳修飾育種(轉(zhuǎn)基因育種)，可以大大提高育種的選擇效率，縮短選育時間。通過有效利用分子標(biāo)記輔助育種，可以加快東蘭烏雞在體重、體尺相關(guān)性狀上的選育進(jìn)程，提高生產(chǎn)應(yīng)用的價值。

在早期關(guān)于復(fù)雜表型的研究中，主要利用QTL定位(QTL mapping)來尋找表型變異和基因組變異之間的關(guān)聯(lián)。自20世紀(jì)90年代，QTL的連鎖分析法廣泛應(yīng)用于雞生長、胴體、肉質(zhì)等性狀的研究中。雖然該方法是一種經(jīng)典的基因定位方法，但其更適用于單基因疾病或單基因控制性狀的遺傳研究，所以其對于復(fù)雜疾病和遺傳力低的性狀，檢測效果有限，獲得的QTL置信區(qū)間較大，可能包括數(shù)以百計(jì)的基因，不利于后續(xù)功能基因的精準(zhǔn)定位，同時，在不同群體中的可重復(fù)性較差。

相比QTL連鎖分析的方法，全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide associationstudies,GWAS)具有從整個基因組水平檢測SNP和整體分析關(guān)聯(lián)性的特點(diǎn)，不再是單一的考慮個別SNP的關(guān)聯(lián)性，具有結(jié)果更加可靠等優(yōu)點(diǎn)。GWAS最早由Risch等人提出，其概念是應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬計(jì)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)為分子遺傳標(biāo)記，進(jìn)行全基因組水平上的對照分析或相關(guān)性分析，通過比較發(fā)現(xiàn)影響復(fù)雜性狀的基因變異的一種新策略，目前已經(jīng)成為畜禽目的性狀精細(xì)定位強(qiáng)有效的方法之一。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于針對現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供基于全基因組測序篩選的與東蘭烏雞體重、體尺相關(guān)的SNP分子標(biāo)記組合。

本發(fā)明的另一個目的在于提供上述SNP標(biāo)記組合的應(yīng)用。