[發明專利]基于新冠蛋白質異構網絡聚類的中藥處方推薦方法及系統有效
| 申請號： | 202110038417.7 | 申請日： | 2021-01-12 |
| 公開（公告）號： | CN112863634B | 公開（公告）日： | 2022-09-20 |
| 發明（設計）人： | 楊帆;薛付忠;季曉康;仉率杰 | 申請（專利權）人： | 山東大學 |
| 主分類號： | G16H20/10 | 分類號： | G16H20/10;G16B15/30;G16C20/50;G06K9/62 |
| 代理公司： | 濟南圣達知識產權代理有限公司 37221 | 代理人： | 李琳 |
| 地址： | 250002 山東省*** | 國省代碼： | 山東;37 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 基于 蛋白質 網絡 中藥 處方 推薦 方法 系統 | ||
1.一種基于新冠蛋白質異構網絡聚類的中藥處方推薦方法，其特征在于，包括：
構建候選中藥與其化合物的邊連接，以及化合物與新冠蛋白質靶標的邊連接，根據上述邊連接構建中藥-化合物-蛋白質異構網；
確定中藥-化合物-蛋白質異構網的元路徑，計算元路徑下異構節點間的相似度，以此得到中藥-蛋白質的轉移概率矩陣，根據轉移概率矩陣得到異構節點的嵌入向量；
根據由嵌入向量計算的中藥和蛋白質的歐式距離對蛋白質進行聚類，得到分別以結構蛋白質、非結構蛋白質及輔助蛋白質為中心的中藥聚類組合；
根據中藥數據庫對中藥聚類組合中的候選中藥進行篩選，得到推薦中藥。
2.如權利要求1所述的基于新冠蛋白質異構網絡聚類的中藥處方推薦方法，其特征在于，使用分子對接方法計算化合物與新冠蛋白質的結合親和力，根據對結合親和力的判斷建立化合物和新冠蛋白質靶標之間的邊連接。
3.如權利要求1所述的基于新冠蛋白質異構網絡聚類的中藥處方推薦方法，其特征在于，所述元路徑包括中藥-化合物-中藥、中藥-化合物-蛋白質、蛋白質-化合物-中藥、蛋白質-化合物-蛋白質。
4.如權利要求1所述的基于新冠蛋白質異構網絡聚類的中藥處方推薦方法，其特征在于，確定元路徑后，采用隨機游走方法計算異構節點之間的一階相似度和二階相似度。
5.如權利要求1所述的基于新冠蛋白質異構網絡聚類的中藥處方推薦方法，其特征在于，所述中藥-蛋白質的轉移概率為：
其中，s(vi,vj|ρ)表示在元路徑ρ下，節點ci和節點vj的相似度，l是元路徑長度的閾值。
6.如權利要求1所述的基于新冠蛋白質異構網絡聚類的中藥處方推薦方法，其特征在于，采用結構化網絡嵌入模型SDNE得到異構節點的嵌入向量。
7.一種基于新冠蛋白質異構網絡聚類的中藥處方推薦系統，其特征在于，包括：
網絡構建模塊，被配置為構建候選中藥與其化合物的邊連接，以及化合物與新冠蛋白質靶標的邊連接，根據上述邊連接構建中藥-化合物-蛋白質異構網；
相似度計算模塊，被配置為確定中藥-化合物-蛋白質異構網的元路徑，計算元路徑下異構節點間的相似度，以此得到中藥-蛋白質的轉移概率矩陣，根據轉移概率矩陣得到異構節點的嵌入向量；
聚類模塊，被配置為根據由嵌入向量計算的中藥和蛋白質的歐式距離對蛋白質進行聚類，得到分別以結構蛋白質、非結構蛋白質及輔助蛋白質為中心的中藥聚類組合；
推薦模塊，被配置為根據中藥數據庫對中藥聚類組合中的候選中藥進行篩選，得到推薦中藥。
8.一種電子設備，其特征在于，包括存儲器和處理器以及存儲在存儲器上并在處理器上運行的計算機指令，所述計算機指令被處理器運行時，完成權利要求1-6任一項所述的方法。
9.一種計算機可讀存儲介質，其特征在于，用于存儲計算機指令，所述計算機指令被處理器執行時，完成權利要求1-6任一項所述的方法。
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