[發(fā)明專利]一種生物信息學分析凝脂玉顏散抗皮膚炎作用機制方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110034157.6
• 申請日: 2021-01-12
• 公開（公告）號: CN112786121A
• 公開（公告）日: 2021-05-11
• 發(fā)明（設計）人: 郭超;黎榮;張其云
• 申請（專利權）人: 貴港市人民醫(yī)院;桂林醫(yī)學院;中山市日希生物科技有限公司
• 主分類號: G16C20/50
• 分類號: G16C20/50;G16C20/64;G16B15/30;G16H70/40
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• 代理人: 暫無信息

1.一種基于生物信息學分析凝脂玉顏散抗皮膚炎作用機制的方法。其特征在于，包括以下步驟：

S1、有效成分及活性作用靶點篩選

根據(jù)研究目標，設定篩選標準。運用在線數(shù)據(jù)庫(TCMSP、BATMAN)篩選凝脂玉顏散作用靶點。

S2、疾病候選靶點識別

在疾病靶標數(shù)據(jù)庫(DisGeNET、OMIM和GeneCard)中，以“Dermatitis”作為關鍵詞檢索查找皮膚炎候選靶點。然后與S1所得的成分作用靶點進行交集映射，獲得成分-疾病交集靶基因，即凝脂玉顏散抗皮膚炎的作用靶點。

S3、構建成分靶點-疾病靶點網(wǎng)絡及篩選核心靶點

采用STRING數(shù)據(jù)庫分析S2的交集靶點，得到靶點蛋白互作網(wǎng)絡關系圖(PPI網(wǎng)絡)及tsv.數(shù)據(jù)。運用Cytoscape3.7.1軟件分析網(wǎng)絡節(jié)點的拓撲結構特征參數(shù)，確定核心靶點篩選條件并進行后續(xù)篩選分析。

S4、對核心靶點富集分析以探討藥物成分作用機制

利用R語言相關包對核心靶點進行GO生物過程和KEGG通路注釋富集分析，輸出相應圖表，對照解析凝脂玉顏散抗皮膚炎的作用機制。

S5、“成分-靶點-通路-疾病”網(wǎng)絡構建與可視化

運用Cytoscape根據(jù)S4結果構建“藥物-靶點-通路-疾病”可視化圖形。

S6、分子對接驗證

對S3篩選所得的核心靶點進行分子對接驗證，具體為化合物和蛋白結構數(shù)據(jù)庫(PubChem、PDB)獲取活性成分化合物結構及蛋白結構，轉(zhuǎn)化為相應的.pdbqt格式后導入Autodock Vina軟件中判斷對接參數(shù)設置的合理性，再進行分子對接驗證。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，S1中所述的BATMAN數(shù)據(jù)庫篩選閾值為scorecutoff20、P0.05；TCMSP數(shù)據(jù)庫中篩選的條件為OB≥30％，DL≥0.18。

3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，S3中核心靶點篩選范圍上限為拓撲數(shù)據(jù)中的最大Degree值，下限為Degree中位數(shù)的2倍。

4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，S4中富集設定范圍為p-value cutoff＝0.05，q-value cutoff＝0.05。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，S6中判斷對接后配體構象與原配體構象吻合閾值為