[發明專利]一種用于預測胰腺癌轉移風險的基因表達分類器、體外診斷試劑盒

在審

• 申請號: 202110020856.5
• 申請日: 2021-01-07
• 公開（公告）號: CN112626218A
• 公開（公告）日: 2021-04-09
• 發明（設計）人: 鄭慧琳;薛珂;張蕾;萬健;范容麗;王麥秋
• 申請（專利權）人: 浙江科技學院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;G16B40/20
• 代理公司: 杭州天勤知識產權代理有限公司 33224
• 代理人: 沈金龍

1.一種用于預測胰腺癌轉移風險的基因表達分類器，其特征在于，為5-基因表達分類器，5個基因分別為HMGA2、PPL、DTX4、CDH3和ST6GALNAC2。

2.根據權利要求1所述的基因表達分類器，其特征在于，HMGA2、PPL、DTX4、CDH3和ST6GALNAC2的權重系數分別為：0.2056、0.1985、0.1366、0.1209和0.0688。

3.根據權利要求2所述的基因表達分類器，其特征在于，

其中Coef_i是基因表達分類器中各基因的權重系數，x_i是基因表達分類器中各基因的表達量，n是基因表達分類器中基因的數量；

風險評分越高，則胰腺癌轉移風險越高。

4.一種基因表達分類器的構建方法，所述基因表達分類器用于預測胰腺癌轉移風險，其特征在于，所述構建方法包括

(1)使用TCGA數據庫中胰腺腺癌患者的基因表達信息和臨床信息，以及GEO數據庫中關于轉移的胰腺癌細胞株的數據集，采用有監督的機器學習方法來篩選與轉移風險高度相關的基因；

(2)篩選R0切除后發生轉移和未發生轉移的患者作為轉移組和非轉移組，獲得訓練集；

(3)在訓練集中，數據輸入中胰腺癌轉移組賦值1，胰腺癌非轉移組賦值0，根據風險評分公式如下：

其中Coef_i是基因表達分類器中各基因的權重系數，x_i是基因表達分類器中各基因的表達量，n是基因表達分類器中基因的數量，

使用LASSO算法篩選最佳的基因類別和數目，并通過logistic回歸建立所述基因表達分類器。

5.根據權利要求4所述的構建方法，其特征在于，還包括：篩選TNM分期中T3期時發生淋巴結轉移和未發生淋巴結轉移的患者作為轉移組和非轉移組，獲得驗證集；在驗證集上驗證構建的基因表達分類器的準確性。

6.一種用于預測胰腺癌轉移風險的體外診斷試劑盒，其特征在于，包括分別用于檢測HMGA2、PPL、DTX4、CDH3和ST6GALNAC2這5個基因表達量的檢測試劑。

7.檢測基因標簽組表達量的試劑在制備用于預測胰腺癌轉移風險的體外診斷試劑盒中的應用，其特征在于，基因標簽組包括HMGA2、PPL、DTX4、CDH3和ST6GALNAC2。

8.根據權利要求7所述的應用，其特征在于，HMGA2、PPL、DTX4、CDH3和ST6GALNAC2的權重系數分別為：0.2056、0.1985、0.1366、0.1209和0.0688；

其中Coef_i是各基因的權重系數，x_i是各基因的表達量，n是基因表達分類器中基因的數量；

風險評分越高，則胰腺癌轉移風險越高。

9.根據權利要求7所述的應用，其特征在于，檢測基因標簽組表達量的試劑包括用RT-PCR方法檢測基因標簽組中各基因表達量的試劑。