[發明專利]一種全基因組測序數據的分析方法及裝置

在審

• 申請號: 202110006620.6
• 申請日: 2021-01-05
• 公開（公告）號: CN112767999A
• 公開（公告）日: 2021-05-07
• 發明（設計）人: 范新平;黃宇
• 申請（專利權）人: 中國科學院上海藥物研究所
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20
• 代理公司: 北京金信知識產權代理有限公司 11225
• 代理人: 喻嶸

本申請公開了一種全基因組測序數據的分析方法及裝置，方法包括：從預設數據庫收集來自同一受檢對象的全基因組測序數據；計算受檢對象全基因組測序數據中每個P值下各個片段的拷貝數、非正常組織樣本純度和非正常組織細胞倍性；根據每個P值下各個片段的拷貝數、非正常組織樣本純度和非正常組織細胞倍性計算每個P值對應的各個片段的基因型；通過BIC算法獲取最優P值；獲取最優P值對應的各個片段的基因型、非正常組織樣本純度γ、非正常組織細胞倍性κ、各個片段的拷貝數以及等位基因拷貝數。采用本申請所提供的方案，從全基因組測序數據獲得更全面的信息，利用這些參數，能夠使得拷貝數計算結果更加精確。

技術領域

本申請涉及生物科學領域，特別涉及一種全基因組測序數據的分析方法及裝置。

背景技術

非正常組織的研究是生命醫學中的重要研究領域，對于腫瘤組織這類非正常組織的研究，對人類健康生活有重大影響。惡性腫瘤又稱為癌癥，是一類細胞惡性增殖的疾病，因其病理十分復雜，人類尚無法攻克這類疾病。精準醫療的提出，為攻克這一疾病帶來了希望。精準醫療可以針對每個病人的遺傳信息和癌癥發展狀況有目標地準確治療病人。二代測序(next generation sequencing)為快速檢測病人遺傳信息提供了可能。目前，有很多與癌癥相關的基因被證實與拷貝數變異相關。例如，與拷貝數增加相關的原癌基因有CDK4，CKD6，PIK3CA，EGFR等，與拷貝數減少相關的原癌基因有RB1，NF1，SMAD4等。對基因拷貝數的分析提供了這個基因的總拷貝數，但對其等位基因拷貝數的分析能提供關于這個基因的更多細節。

等位基因拷貝數的分析包含了基因拷貝數分析，同時它多了以下幾個優點。首先，它能檢測出更多類型的拷貝數變異事件。例如，某個基因的基因型從AB變為了AA，此時它的拷貝數沒有變，仍然為2，但是基因型卻從1∶1變為了2∶0，這種拷貝數沒有變化，因此雜合性丟失的變異事件不能通過拷貝數分析檢測到，但是可以通過等位基因拷貝數分析檢測到。其次，拷貝數分析只能得到某個基因拷貝數的變化，而分析等位基因拷貝數能得到某個基因特定等位基因拷貝數的變化，這提供了這個基因的更多信息。然而測序需要從病人組織中提取樣本，但通常癌癥組織并不是只單純地包含癌癥細胞，它還有非常豐富的微環境。另外，樣本純度對于基因拷貝數的影響也較大，因此，得到腫瘤樣本純度之后，通過腫瘤樣本的純度可以對基因的拷貝數進行校正從而得到準確的癌細胞基因拷貝數，其次，拷貝數的準確率還受非正常組織細胞倍性的影響，可見，等位基因、基因型、非正常組織樣本純度、非正常組織細胞倍性等多個參數都會影響拷貝數計算結果的準確度，可見，在分析拷貝數時，需要從測序數據中獲得更為全面的數據，才能使拷貝數計算結果更加準確。

因此，亟需提供一種全基因組測序數據的分析方法，用以從全基因組測序數據獲得更全面的信息。

發明內容

本申請實施例的目的在于提供一種全基因組測序數據的分析方法及裝置，用以從全基因組測序數據獲得更全面的信息。

為了解決上述技術問題，本申請的實施例采用了如下技術方案：一種全基因組測序數據的分析方法，包括：

從預設數據庫收集來自同一受檢對象的全基因組測序數據，所述全基因組測序數據包括正常組織樣本數據和非正常組織樣本數據；

計算所述受檢對象全基因組測序數據中每個P值下各個片段的拷貝數、非正常組織樣本純度和非正常組織細胞倍性；其中，所述P值為相鄰拷貝數對應的基因組片段的TRE的差值；

根據所述每個P值下各個片段的拷貝數、非正常組織樣本純度和非正常組織細胞倍性計算每個P值對應的各個片段的基因型；

通過BIC算法獲取最優P值；

獲取所述最優P值對應的各個片段的基因型、非正常組織樣本純度γ、非正常組織細胞倍性κ、各個片段的拷貝數以及等位基因拷貝數。