[發明專利]一種鑒別內蒙古產黃芩的SNP分子標記及其方法與應用

有效

• 申請號: 202110005136.1
• 申請日: 2021-01-05
• 公開（公告）號: CN112322778B
• 公開（公告）日: 2021-04-20
• 發明（設計）人: 王繼永;鄭司浩;曾燕;劉美娟;尚興樸;趙莎;王浩;劉國城;靜一;孫文靜;朱亞兵
• 申請（專利權）人: 中國中藥有限公司;深圳華大基因科技服務有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京知聯天下知識產權代理事務所(普通合伙) 11594
• 代理人: 史光偉;張迎新

本發明涉及一種鑒別內蒙古產黃芩的SNP分子標記及其方法與應用，所述分子標記包括19個SNP分子標記，所述19個SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.19所示。本發明的鑒別內蒙古產黃芩的SNP分子標記物及其方法與應用，采用基因組學技術，在黃芩基因組層面獲得SNP標記，能夠快速準確確定所檢測的黃芩產地是否為內蒙古產地。

技術領域

本發明屬于分子生物學分子標記領域，特別涉及一種鑒別內蒙古產黃芩的SNP分子標記物及其方法與應用。

背景技術

黃芩是一種廣泛使用的中藥材，其以根入藥，味苦、性寒，有清熱燥濕、瀉火解毒、止血、安胎等功效。主治溫熱病、上呼吸道感染、肺熱咳嗽、濕熱黃膽、肺炎、痢疾、咳血、目赤、胎動不安、高血壓、癰腫癤瘡等癥。黃芩的臨床抗菌性比黃連好，而且不產生抗藥性。據相關資料統計，目前市場上70％的中成藥都含有黃芩，如常用的中成藥清開靈口服液、雙黃連顆粒/口服液/凍干粉針、銀黃片/銀黃顆粒/銀黃口服液、小柴胡膠囊/小柴胡片/小柴胡顆粒、龍膽瀉肝丸、固經丸等。黃芩主要產于河北、遼寧、吉林、內蒙古、山東、山西、陜西等地，不同產地的黃芩藥材的藥效質量差異較大。藥材的“道地性”是由于各個地區生態環境差異導致藥材的藥效不同，特定的地理氣候種植的特定的藥材，才能更好地發揮藥效，也是道地藥材的精髓。

黃芩產地的鑒別一直是黃芩物種鑒定的技術難點，也是當前中藥資源產業面臨的行業難題。當前黃芩產地鑒別多運用性狀鑒別及顯微鑒別等方法，依賴個人經驗及主觀判斷，準確性不高，技術可推廣性不強。

而對于黃芩生產量較大的內蒙古地區，如何將其生產的黃芩與其他地區生產的黃芩進行區分，是中藥鑒別人員急需解決的問題。

發明內容

針對上述問題，本發明提供了一種鑒別內蒙古產黃芩的SNP分子標記物及其方法與應用。

一種鑒別內蒙古產黃芩的SNP分子標記，所述分子標記包括19個SNP分子標記，所述19個SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.19所示。

進一步地，所述19個SNP分子標記的位點堿基如下所示。

進一步地，所述方法包括以下步驟：

獲取待測樣本DNA；

對檢測合格的待測樣本DNA進行建庫測序，獲得樣本DNA測序數據；

對所述樣本DNA測序數據進行質控，獲得樣本DNA質控數據；

將所述樣本DNA質控數據與參考序列進行比對、去重以及SNP檢測得到待測樣本SNP基因；

將相同染色體位置處的所述待測樣本SNP基因與內蒙古產黃芩的SNP分子標記進行比對，判斷是否有18-19個所述待測樣本SNP基因與所述內蒙古產黃芩的SNP分子標記相同：

若有，則判斷待測樣本為內蒙古產地黃芩；若沒有則待測樣本為非內蒙古產地黃芩。

進一步地，所述待測樣本DNA的測序采用高通量測序。

進一步地，所述對所述樣本DNA測序數據進行質控包括：

對所述樣本DNA測序數據的原始reads進行過濾；

所述過濾規則包括：

去掉接頭序列；

去掉序列中N的數量小于等于序列長度2%的reads；

去掉測序質量低于20的堿基數量超過序列長度的40%的reads。

進一步地，所述將所述樣本DNA質控數據與參考序列進行比對、去重以及SNP檢測得到待測樣本SNP基因包括：