[發明專利]一種DNA甲基化靶向富集的方法及其應用

有效

• 申請號: 202110002930.0
• 申請日: 2021-01-04
• 公開（公告）號: CN112646860B
• 公開（公告）日: 2022-10-11
• 發明（設計）人: 李小剛;賈鑫淼;肖盟;徐英春
• 申請（專利權）人: 中國醫學科學院北京協和醫院
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6895;C12Q1/04;C12R1/645
• 代理公司: 北京慧尚知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 11743
• 代理人: 鮑曉芳

1.一種DNA甲基化靶向富集的方法，其特征在于，該方法是體外方法，其包括如下步驟：

(1)樣本DNA片段化；

(2)以胸腺嘧啶DNA糖基化酶處理片段化的DNA，將DNA中5-羧基胞嘧啶切除，通過DNA剪切修復途徑，在5-羧基胞嘧啶切除位點加上非甲基化的胞嘧啶；

(3)利用轉糖酶將帶有葡糖基的糖化物共價連接到步驟(2)獲得的DNA的5-羥甲基胞嘧啶的羥甲基上，形成β-葡糖基-5-羥甲基胞嘧啶；

(4)利用雙加氧酶處理DNA或者利用其他化學法，將DNA中5-甲基胞嘧啶轉變為5-羧基胞嘧啶或者5-醛基胞嘧啶；

(5)將步驟(4)的產物利用化學標記的方法繼續富集，之后進行建庫測序。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述的胸腺嘧啶DNA糖基化酶包括：全長的胸腺嘧啶DNA糖基化酶或其保留酶活性的片段或衍生物。

3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述轉糖酶包括但不限于βGT、αGT及其重組酶；所述葡糖基的糖化物包括但不限于尿嘧啶二磷酸葡萄糖或其他修飾的糖類。

4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述雙加氧酶包括Tet或其他雙加氧酶ALKB家族等，所述Tet雙加氧酶包括：Tet1、Tet2或Tet3或它們的保留催化結構域并具有催化活性的片段或衍生物。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述化學標記的方法繼續富集，具體是通過5caC的羧基和帶有伯胺基的生物素修飾小分子形成酰胺建。

6.權利要求1～5任意一項所述方法在制備微生物菌種分型鑒定產品中的應用。

7.權利要求1～5任意一項所述方法在制備分子診斷產品中的應用。

8.如權利要求7所述的應用，其特征在于，所述分子診斷包括無創性產前分子診斷，病原微生物檢測，腫瘤伴隨診斷。