[發明專利]芳烴受體(AHR)活化特征和用于確定AHR信號傳導狀態的方法

在審

• 申請號: 202080032442.8
• 申請日: 2020-03-28
• 公開（公告）號: CN114127311A
• 公開（公告）日: 2022-03-01
• 發明（設計）人: 克里斯蒂娜·A·奧皮茨;艾哈邁德·薩迪克;薩斯基亞·特朗普;蘇美亞·R·莫哈帕特拉;薩沙·朔伊布勒;埃里克·費斯勒;路易斯·F·索馬里巴斯帕特森
• 申請（專利權）人: 德國癌癥研究公共權益基金會
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6886;C12Q1/6876
• 代理公司: 中原信達知識產權代理有限責任公司 11219
• 代理人: 金海霞;劉慧

1.一種確定病癥的芳烴受體(AHR)活化特征的方法，所述方法包括：

(a)提供所述病癥的至少兩個生物樣品，其中所述至少兩個生物樣品代表所述病癥的至少兩種不同結果；

(b)對于所述至少兩個生物樣品檢測表1的每種AHR生物標志物的生物學狀態；

(c)在與對照相比每種標志物的生物學狀態的變化的基礎上將所述AHR生物標志物分類成至少兩個組：

(d)在AHR信號傳導的至少一種功能性結果的基礎上將所述至少兩個組分類成至少兩個亞組；

(e)將所述至少兩個亞組中與至少兩種不同結果相關的標志物指定為所述病癥的AHR活化特征。

2.根據權利要求2所述的方法，其中所述生物學狀態是RNA表達。

3.根據權利要求2所述的方法，所述方法還包括：

(f)檢測所述至少兩個樣品的至少一種生物標志物的第二生物學狀態，其中所述第二生物學狀態選自突變狀態、甲基化狀態、拷貝數、蛋白質表達、代謝物豐度和酶活性；

(g)將所述至少一種生物標志物的第二生物學狀態與所述與至少兩種不同結果相關的至少兩個亞組相關聯；并且

(h)如果所述至少一種生物標志物的第二生物學狀態與所述與至少兩種不同結果相關的至少兩個亞組相關，則將所述至少一種生物標志物指定為所述病癥的可選AHR活化特征。

4.根據權利要求1所述的方法，其中所述AHR信號傳導的至少一種功能性結果選自血管生成、藥物代謝、外部脅迫反應、造血、脂類代謝、細胞運動和免疫調節。

5.根據權利要求4所述的方法，其中所述AHR信號傳導的至少一種功能性結果包括血管生成、藥物代謝、外部脅迫反應、造血、脂類代謝、細胞運動或免疫調節。

6.根據權利要求1所述的方法，其中步驟(c)中的分類包括將表現出所述生物學狀態的至少1.5的絕對上調倍數或至少0.67的絕對下調倍數的AHR生物標志物分組在一起。

7.根據權利要求1所述的方法，其中所述AHR活化特征包含約5個、約10個、約20個、約30個表1的AHR生物標志物或表1的AHR生物標志物中的至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％或更多或所有。

8.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中分類步驟通過監督聚類來實現。

9.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中分類步驟通過無監督聚類來實現。

10.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中所述生物樣品選自包含生物標志物的生物流體、細胞、組織和細胞系。

11.根據權利要求10所述的方法，其中所述生物樣品選自原代細胞、誘導多能細胞(IPC)、雜交瘤、重組細胞、全血、干細胞、癌細胞、骨細胞、軟骨細胞、神經細胞、膠質細胞、上皮細胞、皮膚細胞、頭皮細胞、肺細胞、粘膜細胞、肌細胞、骨骼肌細胞、橫紋肌細胞、平滑肌細胞、心臟細胞、分泌細胞、脂肪細胞、血細胞、紅細胞、嗜堿性粒細胞、嗜酸性粒細胞、單核細胞、淋巴細胞、T-細胞、B-細胞、嗜中性粒細胞、NK細胞、調節性T-細胞、樹突狀細胞、Th17細胞、Th1細胞、Th2細胞、髓系細胞、巨噬細胞、單核細胞來源的基質細胞、骨髓細胞、脾細胞、胸腺細胞、胰細胞、卵母細胞、精子、腎細胞、成纖維細胞、腸細胞、雌性或雄性生殖道細胞、前列腺細胞、膀胱細胞、眼細胞、角膜細胞、視網膜細胞、感覺細胞、角質細胞、肝細胞、腦細胞、腎細胞和結腸細胞以及所述細胞類型的轉化對應物。

12.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中所述病癥選自癌癥、糖尿病、自身免疫障礙、退行性障礙、炎癥、感染、藥物治療、化學品暴露、生物脅迫、機械脅迫和環境脅迫。