[發(fā)明專利]基于等位基因頻率的功能喪失計(jì)算模型

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202080031940.0
• 申請(qǐng)日: 2020-02-27
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113748467A
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-12-03
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 卡塔林·巴爾巴西奧魯;馬爾辛·西科拉;達(dá)里婭·丘多瓦
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 夸登特健康公司
• 主分類號(hào): G16B20/20
• 分類號(hào): G16B20/20;G16H50/20;C12Q1/6886
• 代理公司: 北京安信方達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262
• 代理人: 韋昌金;李健

1.一種計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)用于在不顯示基因的種系缺失的樣品中區(qū)分所述基因的體細(xì)胞純合缺失和體細(xì)胞雜合缺失，所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括：

處理器，所述處理器被編程為：

經(jīng)由第一概率分布，基于與所述基因相關(guān)的一個(gè)或更多個(gè)種系單核苷酸多態(tài)性(SNP)位置生成等位基因計(jì)數(shù)的第一模型，所述第一模型代表所述體細(xì)胞純合缺失；

經(jīng)由第二概率分布，基于所述一個(gè)或更多個(gè)種系SNP位置生成所述樣品中等位基因計(jì)數(shù)的第二模型，所述第二模型代表所述體細(xì)胞雜合缺失；

比較所述第一模型的第一輸出和所述第二模型的第二輸出；和

基于所述比較，生成所述樣品中存在所述基因的體細(xì)胞純合缺失的預(yù)測(cè)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中所述第一模型代表所述樣品包含所述體細(xì)胞純合缺失的第一概率，并且所述第二模型代表所述樣品包含所述體細(xì)胞雜合缺失的第二概率。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中所述第一概率分布是與所述第二概率分布相同類型的概率分布。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中為了生成所述第一模型，所述處理器被編程以確定用于輸入到所述第一概率分布的一個(gè)或更多個(gè)參數(shù)。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中所述第一概率分布包括含有以下中的一種的概率分布類型：β-二項(xiàng)式分布、二項(xiàng)式分布或正態(tài)分布。

6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中為了生成等位基因計(jì)數(shù)的所述第一模型，所述處理器還被編程為：

確定用于輸入到所述第一概率分布的、樣品訓(xùn)練集中所述一個(gè)或更多個(gè)種系SNP雜合性的普遍率。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中所述樣品訓(xùn)練集包括未檢測(cè)到腫瘤(TND)的多于一個(gè)樣品。

8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中為了生成等位基因計(jì)數(shù)的所述第一模型，所述處理器還被編程為：

確定用于輸入到所述第一概率分布的、與所述樣品訓(xùn)練集中所述一個(gè)或更多個(gè)種系SNP相關(guān)的次要等位基因頻率(MAF)的標(biāo)準(zhǔn)差。

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中為了生成所述第一模型，所述處理器還被編程為：

確定用于輸入到所述第一概率分布的、所述樣品中支持突變等位基因的分子的數(shù)目。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中為了生成所述第一模型，所述處理器還被編程為：

確定用于輸入到所述第一概率分布的、所述樣品中分子的總數(shù)。

11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中為了生成所述第一模型，所述處理器還被編程為：

基于與所述體細(xì)胞純合缺失相關(guān)的分子覆蓋度，計(jì)算假設(shè)體細(xì)胞純合缺失的所述樣品中所述一個(gè)或更多個(gè)種系SNP位置的等位基因計(jì)數(shù)的第一似然度。

12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中為了生成所述第二模型，所述處理器還被編程為：

基于與所述體細(xì)胞雜合缺失相關(guān)的分子覆蓋度，計(jì)算假設(shè)體細(xì)胞雜合缺失的所述樣品中所述一個(gè)或更多個(gè)種系SNP位置的等位基因計(jì)數(shù)的第二似然度。

13.根據(jù)權(quán)利要求4所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中為了生成所述第二模型，所述處理器還被編程為：

確定用于輸入到所述第二模型的第二概率分布的、從所述樣品估計(jì)的腫瘤分?jǐn)?shù)的平均值。

14.根據(jù)權(quán)利要求13所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中所述腫瘤分?jǐn)?shù)是基于序列覆蓋度信息來(lái)估計(jì)的。