[發明專利]在血漿中檢測胰腺導管腺癌

在審

• 申請號: 202080028382.2
• 申請日: 2020-04-03
• 公開（公告）號: CN113811622A
• 公開（公告）日: 2021-12-17
• 發明（設計）人: 威廉·R·泰勒;約翰·B·基謝爾;道格拉斯·W·馬奧尼;大衛·A·阿爾奎斯特;哈特姆·T·阿拉維
• 申請（專利權）人: 梅約醫學教育與研究基金會;精密科學發展有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 成都超凡明遠知識產權代理有限公司 51258
• 代理人: 王暉;許洪潔

1.一種方法，所述方法包括：

通過以下步驟來測量人類個體的生物樣品中的一種或多種基因的甲基化水平：

將所述生物樣品中的基因組DNA用以甲基化特異性方式修飾DNA的試劑處理；

使用一組針對所選擇的一種或多種基因的引物擴增經過處理的基因組DNA；以及

通過聚合酶鏈式反應、核酸測序、質譜法、甲基化特異性核酸酶、基于質量的分離和靶標捕獲來確定所述一種或多種基因的甲基化水平；

其中所述一種或多種基因選自AK055957、CD1D、CLEC11A、FER1L4、GRIN2D、HOXA1、LRRC4、MAX.chr5.4295、NTRK3、PRKCB、RYR2、SHISA9和ZNF781。

2.如權利要求1所述的方法，其中將所述DNA用以甲基化特異性方式修飾DNA的試劑處理。

3.如權利要求2所述的方法，其中所述試劑包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依賴性限制酶和亞硫酸氫鹽試劑中的一種或多種。

4.如權利要求3所述的方法，其中將所述DNA用亞硫酸氫鹽試劑處理以產生經過亞硫酸氫鹽處理的DNA。

5.如權利要求1所述的方法，其中所述測量包括多重擴增。

6.如權利要求1所述的方法，其中測量至少一種甲基化標志物基因的量包括使用一種或多種選自由以下項組成的組的方法：甲基化特異性PCR、定量甲基化特異性PCR、甲基化特異性DNA限制酶分析、定量亞硫酸氫鹽焦磷酸測序、瓣狀核酸內切酶測定法、PCR-瓣測定法和亞硫酸氫鹽基因組測序PCR。

7.如權利要求1所述的方法，其中所述樣品包含血漿樣品、血液樣品或組織樣品(例如胰腺組織)中的一種或多種。

8.如權利要求1所述的方法，其中所述一組針對所選擇的一種或多種基因的引物在表2中敘述。

9.一種表征樣品的方法，所述方法包括：

a)測量來自所述樣品的DNA中的至少一種甲基化標志物基因的量，其中所述至少一種甲基化標志物基因是選自以下的一種或多種基因：AK055957、CD1D、CLEC11A、FER1L4、GRIN2D、HOXA1、LRRC4、MAX.chr5.4295、NTRK3、PRKCB、RYR2、SHISA9和ZNF781；

b)測量所述DNA中的至少一種參考標志物的量；以及

c)將在所述DNA中測量的所述至少一種甲基化標志物基因的所述量的值計算為在所述DNA中測量的所述參考標志物基因的所述量的百分比，其中所述值指示在所述樣品中測量的至少一種甲基化標志物DNA的量。

10.如權利要求9所述的方法，其中所述至少一種參考標志物包含選自B3GALT6 DNA和β-肌動蛋白DNA的一種或多種參考標志物。

11.如權利要求9所述的方法，其中所述樣品包含血漿樣品、血液樣品或組織樣品(例如胰腺組織)中的一種或多種。

12.如權利要求9所述的方法，其中從所述樣品提取所述DNA。

13.如權利要求9所述的方法，其中將所述DNA用以甲基化特異性方式修飾DNA的試劑處理。

14.如權利要求13所述的方法，其中所述試劑包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依賴性限制酶和亞硫酸氫鹽試劑中的一種或多種。

15.如權利要求14所述的方法，其中將所述DNA用亞硫酸氫鹽試劑處理以產生經過亞硫酸氫鹽處理的DNA。

16.如權利要求14所述的方法，其中使用一組針對所選擇的一種或多種基因的引物擴增經過修飾的DNA。