[發明專利]確定循環核酸的線性和環狀形式

在審

• 申請號: 202080020714.2
• 申請日: 2020-03-25
• 公開（公告）號: CN114072527A
• 公開（公告）日: 2022-02-18
• 發明（設計）人: 盧煜明;趙慧君;陳君賜;江培勇;吉璐;冼子君;張海強;鄧佳恩
• 申請（專利權）人: 香港中文大學;格里爾公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6883;C12M1/00
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

1.方法，其包括：

接收有機體的生物樣品，所述生物樣品包括多個染色體外環狀DNA(eccDNA)分子，其中所述多個eccDNA分子中的每一個包括連接處，在所述連接處，兩個分開的基因組位置處的核苷酸彼此直接相鄰；

切割所述多個eccDNA分子以形成一組線性化DNA分子，其各自包括所述連接處；

對于所述一組線性化DNA分子中的每一個：

對所述一組線性化DNA分子的至少兩個末端進行測序以獲得一個或多個序列讀??；

從所述一個或多個序列讀取中選擇所述線性化DNA分子的一對末端序列，所述一對末端序列不包括所述連接處；

反轉所述一對末端序列中的每一個的方向以獲得一對反向末端序列；以及

將所述一對反向末端序列映射到參考基因組；以及

分析映射的反向末端序列以測量所述生物樣品的特性。

2.如權利要求1所述的方法，其還包括：

基于映射到所述參考基因組的一對反向末端序列對所述多個eccDNA分子進行檢測；以及

確定檢測到的eccDNA分子的集合值，其中分析所述映射的反向末端序列以測量使用所述集合值的生物樣品的特性。

3.如權利要求2所述的方法，其中所述集合值包括使用檢測到的eccDNA分子確定的計數、尺寸或甲基化水平。

4.如權利要求1所述的方法，其中，對于所述線性化DNA分子中的每一個，所述一個或多個序列讀取包括所述連接處。

5.如權利要求4所述的方法，其中分析映射的反向末端序列包括：

將延伸超過所述映射的反向末端序列中的每一個的所述一個或多個序列讀取中的堿基與參考基因組進行比較，直到鑒定出錯配狀況；以及

基于所述參考基因組中錯配狀況的位置，鑒定形成eccDNA分子的線性化DNA分子的末端位置。

6.如權利要求5所述的方法，其中分析所述映射的反向末端序列還包括：

使用所述末端位置確定所述線性化DNA分子的尺寸。

7.如權利要求6所述的方法，其中分析所述映射的反向末端序列還包括：

確定針對所述多個eccDNA分子測量的尺寸的尺寸分布；以及

使用所述尺寸分布來測量所述生物樣品的特性。

8.如權利要求1所述的方法，其中分析所述映射的反向末端序列包括：

對映射到染色體區域的多個eccDNA分子的數目進行計數，其中所述生物樣品的特性是所述染色體區域的特性；以及

使用所述數目來測量所述染色體區域的特性。

9.如權利要求8所述的方法，其中所述特性是所述染色體區域中的拷貝數畸變，所述方法還包括：

使用所述生物樣品中的DNA分子測量所述染色體區域中的甲基化密度；以及

使用所述拷貝數畸變和所述甲基化密度來檢測所述有機體的病況。

10.如權利要求9所述的方法，其中所述甲基化密度通過與截止值進行比較而被確定為表現出高甲基化，并且其中所述病況是脆性X綜合征或三聯體重復擴增。

11.如權利要求8所述的方法，其中所述染色體區域的特性是所述染色體區域攜帶關于所述生物樣品的特性的信息或者具有所述生物樣品中的畸變，其包括序列改變、翻倍、擴展、缺失或擴增。

12.如權利要求11所述的方法，其中所述生物樣品獲自進行癌癥篩查的對象，所述方法還包括：

基于所述染色體區域具有所述畸變鑒定所述有機體中的癌癥水平。

13.如權利要求11所述的方法，其中所述生物樣品獲自懷有胎兒的女性，并且其中所述畸變在所述胎兒中。