[發(fā)明專利]使用天然微生物條形碼的植物定殖測定

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• 申請?zhí)枺?/td>: 202080017673.1
• 申請日: 2020-01-07
• 公開（公告）號: CN114929874A
• 公開（公告）日: 2022-08-19
• 發(fā)明（設計）人: D·希金斯;A·A·普賴爾
• 申請（專利權(quán)）人: 皮沃特生物股份有限公司
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;A01H3/00;C12N15/74
• 代理公司: 北京律盟知識產(chǎn)權(quán)代理有限責任公司 11287
• 代理人: 林彥

1.一種對宿主細胞進行條形碼編碼的方法，所述方法包括：

(a)獲得供體細胞；

(b)選擇并分離所述供體細胞的基因組中的第一核苷酸序列，

選擇并分離所述供體細胞的基因組中的第二核苷酸序列，

以及選擇并分離所述供體細胞的基因組中的第三核苷酸序列；

(c)創(chuàng)建天然條形碼多核苷酸盒，其包含從5’至3’取向的所述第一核苷酸序列、所述第二核苷酸序列和所述第三核苷酸序列作為：

(i)所述第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物結(jié)合位點，

(ii)所述第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是條形碼，和

(iii)所述第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物結(jié)合位點；以及

(d)將所述天然條形碼多核苷酸盒插入與(a)中所述供體細胞為同一物種的宿主細胞的基因組中；其中(i)、(ii)和(iii)的所述核苷酸序列對于所述宿主細胞是天然的。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述供體細胞和所述宿主細胞選自細菌細胞、真菌細胞、植物細胞、動物細胞、原生動物細胞和昆蟲細胞。

3.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述供體細胞和所述宿主細胞中的每一種是細菌細胞。

4.如上述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一種的所述核苷酸序列是從核糖體DNA或內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)DNA分離的。

5.如權(quán)利要求1所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一種的所述核苷酸序列是從16S rDNA或18S rDNA分離的。

6.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述引物結(jié)合位點中的至少一個選自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)。

7.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述供體細胞的基因組中的所述第一核苷酸序列和所述供體細胞的基因組中的所述第三核苷酸序列以彼此相同的取向存在。

8.如權(quán)利要求1所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一種非天然地彼此緊鄰地存在于所述宿主細胞的基因組中。

9.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述條形碼由少于100個核苷酸組成。

10.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述引物結(jié)合位點中的一個或多個由少于30個核苷酸組成。

11.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述引物結(jié)合位點和所述條形碼的所述核苷酸序列共同由少于160個核苷酸組成。

12.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述條形碼包含恒定條形碼區(qū)域和可變條形碼區(qū)域。

13.如權(quán)利要求1所述的方法，其中將所述盒插入所述宿主細胞的基因組中在所述宿主細胞中引入在任一取向上的一個或多個終止密碼子。

14.如權(quán)利要求1所述的方法，其中將所述盒插入所述宿主細胞的基因組中由終止子區(qū)分隔的兩個編碼區(qū)之間。

15.如權(quán)利要求14所述的方法，其中將所述盒插入所述終止子區(qū)與所述兩個編碼區(qū)之一之間。

16.如權(quán)利要求1所述的方法，其中(d)中的所述宿主細胞與(a)中的所述供體細胞屬于同一菌株。

17.如權(quán)利要求3所述的方法，其中所述細菌宿主細胞是轉(zhuǎn)基因的。