[發明專利]用于富集條形碼的方法和系統

在審

• 申請號: 202080016166.6
• 申請日: 2020-01-06
• 公開（公告）號: CN113874521A
• 公開（公告）日: 2021-12-31
• 發明（設計）人: Z·K·貝爾霍辛;K·法伊弗;E·P·R·伊耶;K·沙利文-比比
• 申請（專利權）人: 10X基因組學有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 岑曉東

1.一種核酸分析方法，其包括

(a)提供多個條形碼化核酸分子，所述多個條形碼化核酸分子包括多個不同的條形碼序列；

(b)從所述多個不同的條形碼序列中鑒定至少一個條形碼序列；以及

(c)富集包括所述至少一個條形碼序列的核酸分子。

2.根據權利要求1所述的方法，其中(c)包括使用(i)包括所述至少一個條形碼序列的核酸分子和(ii)包括對所述至少一個條形碼序列特異的序列的引物進行核酸延伸反應，以產生富集的多個包括所述至少一個條形碼序列的核酸分子。

3.根據權利要求2所述的方法，其中所述核酸延伸反應是聚合酶鏈式反應(PCR)。

4.根據權利要求3所述的方法，其進一步包括對所述富集的多個包括所述至少一個條形碼序列的核酸分子進行另外的PCR。

5.根據權利要求4所述的方法，其中所述另外的PCR包括使用另外的引物，所述另外的引物包括對所述富集的多個包括所述至少一個條形碼序列的核酸分子特異的序列。

6.根據權利要求5所述的方法，其中所述另外的引物包括一個或多個功能序列，所述一個或多個功能序列有助于對所述富集的多個核酸分子測序。

7.根據權利要求6所述的方法，其中所述一個或多個功能序列包括測序引物序列。

8.根據權利要求6或7中任一項所述的方法，其中所述一個或多個功能序列包括被配置為附接到測序儀的流動池的序列。

9.根據權利要求2所述的方法，其中所述引物包括親和基團，并且其中所述富集的多個核酸分子包括所述親和基團。

10.根據權利要求9所述的方法，其中所述親和基團包括生物素。

11.根據權利要求2-10中任一項所述的方法，其進一步包括，在所述核酸延伸反應之后，進行尺寸選擇以除去未摻入的引物。

12.根據權利要求9-11中任一項所述的方法，其中(c)進一步包括將所述富集的多個包括所述親和基團的核酸分子偶聯到對所述親和基團特異的固體支持物上。

13.根據權利要求12所述的方法，其中所述固體支持物是珠粒。

14.根據權利要求12-13中任一項所述的方法，其中所述親和基團包括生物素，并且其中所述固體支持物包括抗生物素蛋白或鏈霉親和素。

15.根據權利要求12-14中任一項所述的方法，其進一步包括對所述富集的多個核酸分子進行聚合酶鏈式反應(PCR)。

16.根據權利要求2-15中任一項所述的方法，其進一步包括，在所述核酸延伸反應之前，(i)雜交(1)與所述至少一個條形碼序列的第一部分互補的第一核酸分子和(2)與所述至少一個條形碼序列的第二部分互補的第二核酸分子；以及(ii)將所述第一核酸分子連接到所述第二核酸分子，以產生包括對所述至少一個條形碼序列特異的所述序列的所述引物。

17.根據權利要求1-16中任一項所述的方法，其中(b)的所述鑒定包括對所述多個條形碼化核酸分子進行測序以產生多個測序讀段以及分析所述多個測序讀段以鑒定所述至少一個條形碼序列。

18.根據權利要求1-17中任一項所述的方法，其中所述多個條形碼化核酸分子中的每一個還包括一個或多個功能序列，所述一個或多個功能序列選自測序引物序列和被配置為附接于測序儀的流動池的序列。