[發(fā)明專利]一種基于時(shí)序稀疏回歸及加性模型影像相關(guān)性檢測(cè)方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011642586.3
• 申請(qǐng)日: 2020-12-31
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN112614129B
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-08-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 黃美燕;馮前進(jìn);陳秀美
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 南方醫(yī)科大學(xué)
• 主分類號(hào): G06T7/00
• 分類號(hào): G06T7/00;G06T7/11;G06T5/00;G16B20/20;G06T9/00
• 代理公司: 北京科億知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11350
• 代理人: 趙蕊紅

1.一種基于時(shí)序稀疏回歸及加性模型影像相關(guān)性檢測(cè)方法,其特征在于，包括步驟有：

步驟一、收集多個(gè)對(duì)象大腦區(qū)域在不同時(shí)間點(diǎn)的MRI圖像及對(duì)象對(duì)應(yīng)的基因數(shù)據(jù)；

步驟二、分別對(duì)MRI圖像進(jìn)行預(yù)處理得到處理后MRI圖像,對(duì)基因數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制及篩選得到處理后基因數(shù)據(jù)；

步驟三、將處理后基因數(shù)據(jù)和處理后MRI圖像代入基于時(shí)序組稀疏回歸與加性模型的目標(biāo)函數(shù)；

步驟四、通過(guò)交替凸搜索法求解目標(biāo)函數(shù),得到SNP對(duì)表型關(guān)于時(shí)間的平滑函數(shù)和ROI的權(quán)重；

所述步驟二具體步驟為：

步驟2.1、分別對(duì)MRI圖像進(jìn)行預(yù)處理得到處理后MRI圖像；

步驟2.2、對(duì)基因數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制得到預(yù)處理基因數(shù)據(jù)；

步驟2.3、分別對(duì)每個(gè)預(yù)處理基因數(shù)據(jù)中的原始SNP基因型進(jìn)行編碼，得到經(jīng)編碼后的預(yù)處理基因數(shù)據(jù)并進(jìn)入步驟2.4；

步驟2.4、對(duì)經(jīng)編碼后的預(yù)處理基因數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選得到經(jīng)SNPs篩選后的處理后基因數(shù)據(jù)；

所述步驟2.4步驟為：

步驟2.4.1、分別對(duì)在步驟2.3得到的預(yù)處理基因數(shù)據(jù)中的SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選,篩選出缺失值大于或等于5％的SNP數(shù)據(jù)，進(jìn)入步驟2.4.2；

步驟2.4.2、篩選出次要等位基因頻率小于或等于5％的SNP數(shù)據(jù)，進(jìn)入步驟2.4.3；

步驟2.4.3、篩選出Hardy-Weinberg平衡p值小于10^-6的SNP數(shù)據(jù),定義為該基因數(shù)據(jù)為處理后基因數(shù)據(jù),并定義處理后基因數(shù)據(jù)的SNP數(shù)據(jù)為處理后SNP數(shù)據(jù)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于時(shí)序稀疏回歸及加性模型影像相關(guān)檢測(cè)方法,其特征在于：所述步驟2.1包括有：

步驟2.1.1、分別對(duì)MRI圖像進(jìn)行分別前聯(lián)合和后聯(lián)合校正，進(jìn)入步驟2.1.2；

步驟2.1.2、刪除腦殼區(qū)域和小腦區(qū)域，進(jìn)入步驟2.1.3；

步驟2.1.3、對(duì)不均勻強(qiáng)度進(jìn)行校正，得到強(qiáng)度校正圖像；

步驟2.1.4、對(duì)步驟2.1.3得到的強(qiáng)度校正圖像中的灰質(zhì)、白質(zhì)、腦側(cè)室和腦脊液組織進(jìn)行分割，得到灰質(zhì)分割區(qū)域、白質(zhì)分割區(qū)域、腦側(cè)室分割區(qū)域和腦脊液分割區(qū)域；

步驟2.1.5、在步驟2.1.3得到的強(qiáng)度校正圖像中選取步驟2.1.4的灰質(zhì)分割區(qū)域、白質(zhì)分割區(qū)域、腦側(cè)室分割區(qū)域或者腦脊液分割區(qū)域，并對(duì)強(qiáng)度校正圖像進(jìn)行配準(zhǔn)得到ROI標(biāo)記圖像，然后進(jìn)行解剖得到多個(gè)ROI；

步驟2.1.6、分別對(duì)步驟2.1.5得到的多個(gè)ROI進(jìn)行計(jì)算繪制組織體積，得到多個(gè)ROI體積數(shù)據(jù)。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的基于時(shí)序稀疏回歸及加性模型影像相關(guān)檢測(cè)方法,其特征在于：所述步驟2.2包括有：

步驟2.2.1、多個(gè)對(duì)象對(duì)應(yīng)的基因數(shù)據(jù)進(jìn)行性別檢查，去除性別信息錯(cuò)誤的基因數(shù)據(jù)及該對(duì)象對(duì)應(yīng)的MRI圖像，進(jìn)入步驟2.2.1；

步驟2.2.2、根據(jù)基因數(shù)據(jù)對(duì)多個(gè)對(duì)象進(jìn)行分組，進(jìn)入步驟2.2.5；

步驟2.2.3、分別每個(gè)對(duì)象的基因數(shù)據(jù)進(jìn)行血緣關(guān)系檢查，刪除與該對(duì)象具有血緣關(guān)系對(duì)象的基因數(shù)據(jù)及對(duì)應(yīng)的MRI圖像，進(jìn)入步驟2.2.4；

步驟2.2.4、對(duì)每個(gè)對(duì)象的基因數(shù)據(jù)及基因數(shù)據(jù)中的每個(gè)SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)記，然后篩選出SNP檢出率大于等于95％以上的SNP數(shù)據(jù)及對(duì)應(yīng)的基因數(shù)據(jù)，進(jìn)入步驟2.2.5；

步驟2.2.5、刪除基因數(shù)據(jù)中的次要等位基因頻率,進(jìn)入步驟2.2.6；

步驟2.2.6、進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)，得到基因數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的預(yù)處理SNP數(shù)據(jù)，進(jìn)入步驟2.3；

所述步驟2.3、在基因數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的預(yù)處理SNP數(shù)據(jù)中的原始SNP基因型進(jìn)行編碼，并定義該基因數(shù)據(jù)為預(yù)處理基因數(shù)據(jù)進(jìn)入步驟2.4。