[發明專利]一種與大豆農藝性狀相關的SNP位點組合、基因芯片及應用

有效

• 申請號: 202011632698.0
• 申請日: 2020-12-31
• 公開（公告）號: CN112746121B
• 公開（公告）日: 2023-08-18
• 發明（設計）人: 馮獻忠;于慧;冷建田;唐寬強;周煌凱;李廣;趙北方
• 申請（專利權）人: 中國科學院東北地理與農業生態研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京德崇智捷知識產權代理有限公司 11467
• 代理人: 郜彥茹

本發明涉及一種與大豆農藝性狀相關的SNP位點組合、基因芯片及應用,與大豆農藝性狀相關的SNP位點組合，包括2193個SNP位點，每個SNP位點包含兩個不同堿基變異位點，用于檢測該位點的等位基因變化，所述2193個SNP位點的物理位置是基于大豆品種Williams82的全基因組序列比對確定的，所述大豆品種Williams82的全基因組序列的版本號為Glycine?max?Wm82.a2.v1，所述2193個SNP位點的變異信息如SS0001?2193所示。本發明所采用的2193個SNP位點與大豆的重要農藝性狀相關，可通過測定大豆植株DNA中這2193個SNP位點的基因型來評估大豆植株的農藝性狀，將其應用于大豆的分子輔助育種或全基因組育種時，加快了育種進程。

技術領域

本發明屬于分子植物育種領域，具體涉及一種與大豆農藝性狀相關的SNP位點組合、基因芯片及應用。

背景技術

SNP標記的開發是以DNA測序為基礎的，自從2005年454測序儀問世以來的十多年時間，二代測序技術不斷完善，基因組測序效率得到極大提高，測序成本也大幅度下降，大量物種的全基因組序列完成，極大地推進了功能基因組研究的進展。

大豆作為全球最重要的經濟作物，同時也是全球最重要的糧食作物，目前在大豆的遺傳育種過程中，仍舊采用的是傳統的表型性狀評估方法，其需要對種子進行種植后，通過觀察其株高、測定蛋白含量等方式來獲得其性狀指標，周期較長，而隨著SNP標記技術的快速發展，對不同的品種進行重測序，利用重測序發現的SNP標記，利用全基因組關聯分析(Genome-wide?Association?Mapping,GWAS)對重要農藝性狀進行關聯分析，確定重要農藝性狀相關的候選基因位點，建立起一套高效快速、成熟穩定、成本低、通量高的基因型鑒定方法，是分子生物學研究人員優先考慮的方向。

發明內容

本發明的目的在于克服現有技術的缺陷，提供一種與大豆農藝性狀相關的SNP位點組合、基因芯片及應用。

為了實現上述目的，本發明采取的技術方案如下：

一種與大豆農藝性狀相關的SNP位點組合，包括2193個SNP位點，每個SNP位點包含兩個不同堿基變異位點，用于檢測該位點的等位基因變化，所述2193個SNP位點的物理位置是基于大豆品種Williams82的全基因組序列比對確定的，所述大豆品種Williams82的全基因組序列的版本號為Glycine?max?Wm82.a2.v1，所述大豆品種Williams82的全基因組序列的獲取網址為：https://phytozome.jgi.doe.gov.；所述SNP位點的變異信息采用染色體編號_物理位置參考基因型/等位基因型的形式進行表示，所述2193個SNP位點的變異信息如SS0001-2193所示。